Odamidur ilmu donish birla odam, yôq esa, Odamidur ilmu donish birla odam, yôq esa

MAKSIMAL CHEKLOV

• MAKSIMAL CHEKLOV
• Maksimal ixchamlik (MP) - kuzatilgan ketma-ketlik ma'lumotlarini hisobga olish uchun evolyutsion hodisalarning minimal umumiy sonini talab qiladigan potentsial filogenetik daraxtlarni aniqlash usuli. Daraxtni baholashning bir necha usullari evolyutsion hodisalarning ma'lum turlari bilan bog'liq "xarajat" ni o'z ichiga oladi, shu jumladan eng kam umumiy xarajat bilan daraxtni topishga urinish. Bu barcha mumkin bo'lgan hodisalar turlarining teng ravishda sodir bo'lishi ehtimoldan yiroq bo'lganda (masalan, ma'lum nukleotidlar yoki aminokislotalar boshqalardan ko'ra ko'proq o'zgaruvchanligi ma'lum bo'lganda) foydali yondashuvdir. Eng ixcham daraxtni aniqlashning eng sodda usuli - bu oddiy ro'yxatga olish.
• U har bir mumkin bo'lgan daraxtni ketma-ketlikda ko'rib chiqadi va eng kichik ball bilan daraxtni qidiradi. Biroq, bu faqat nisbatan kichik miqdordagi ketma-ketliklar yoki turlar uchun mumkin, chunki eng qisqa daraxtni aniqlash muammosi NP-qattiq deb nomlanadi. Shunday qilib, optimallashtirish uchun ko'plab evristik qidiruv usullari to'plamdagi eng yaxshi bo'lmasa ham, juda qisqacha daraxtlarni topish uchun ishlab chiqilgan. Bunday usullarning aksariyati daraxtlarni qayta joylashtirish mezonlari bo'yicha ishlaydigan eng keskin tushish uslubidagi minimallashtirish mexanizmini o'z ichiga oladi.

Filiallar va chegaralar Tarmoq va chegara algoritmi 1980-yillarning boshlarida filogeniyaga birinchi marta qo'llanilgan NP-qiyin muammolarning optimalga yaqin echimlarini izlash samaradorligini oshirish uchun ishlatiladigan keng tarqalgan usuldir. Shoxlanish va chegaralar, ayniqsa, filogenetik daraxt qurish uchun juda mos keladi, chunki ular muammoni daraxt tuzilishiga ajratishni talab qiladi, chunki u muammoli maydonni kichikroq hududlarga ajratadi. Nomidan ko'rinib turibdiki, shoxlanish qoidalari (filogenez uchun daraxtga keyingi tur yoki ketma-ketlikni qo'shing) va chegaralar (qidiruv maydonining ma'lum bir maydonini ko'rib chiqishdan chiqarib tashlang va shu bilan optimal echim ushbu hududni egallamaydi deb taxmin qiling).

• Filiallar va chegaralar Tarmoq va chegara algoritmi 1980-yillarning boshlarida filogeniyaga birinchi marta qo'llanilgan NP-qiyin muammolarning optimalga yaqin echimlarini izlash samaradorligini oshirish uchun ishlatiladigan keng tarqalgan usuldir. Shoxlanish va chegaralar, ayniqsa, filogenetik daraxt qurish uchun juda mos keladi, chunki ular muammoni daraxt tuzilishiga ajratishni talab qiladi, chunki u muammoli maydonni kichikroq hududlarga ajratadi. Nomidan ko'rinib turibdiki, shoxlanish qoidalari (filogenez uchun daraxtga keyingi tur yoki ketma-ketlikni qo'shing) va chegaralar (qidiruv maydonining ma'lum bir maydonini ko'rib chiqishdan chiqarib tashlang va shu bilan optimal echim ushbu hududni egallamaydi deb taxmin qiling).
• Yaxshi chegaralarni aniqlash algoritmlarni filogenezda qo'llashning eng qiyin jihati hisoblanadi. Chegaralarni aniqlashning oddiy usuli - bu har bir daraxtga ruxsat etilgan faraz qilingan evolyutsion o'zgarishlarning maksimal soni. Jarkix qoidasi deb nomlanuvchi mezonlar toʻplami barcha “eng ixcham” daraxtlarga tegishli xususiyatlarni belgilab, qidiruv maydonini keskin cheklaydi. Ikkita eng asosiy qoida bitta takroriy ketma-ketlikni (bir nechta kuzatishlar bir xil ma'lumotni bergan) va bir nechta turlarda bir nechta holat yuzaga kelmaydigan xususiyatlardan tashqari hamma narsani olib tashlashi kerak. Ideal sharoitlarda ushbu qoidalar va tegishli algoritmlar daraxtni to'liq belgilaydi.