Muhandislik qilingan oqsil-oqsil kompleksining strukturasini aniqlash va termodinamik stabilizatsiyasi

Protein-oqsil o'zaro ta'siri
o'zgarishlar yon zanjir aylanishlarini va CH2 va CH3 o'zgarishlarining nisbiy yo'nalishini o'z ichiga oladi.
Bir nechta oqsillarning bir nechta bog'lovchi sheriklari bor va ularda a borligi kuzatilgan
interfeys maydoni, bog'lanish yaqinligiga kam ta'sir ko'rsatdi.
turli oqsillarni bog'lash uchun bir xil hotspotdan foydalanish tendentsiyasi. Issiq nuqtaning strukturaviy tahlillari
Fc ning turli oqsillar bilan bog'langan tuzilmalari konsensus mintaqasi ketma-ket o'tishini ko'rsatadi
ko'milgan sirt maydoni miqdori bilan bog'liq bo'lishi mumkin emas edi. Ayniqsa, hGHbp ning ikkita triptofan qoldig'idan birini
almashtirish kompleksni 4,5 kkal / mol dan ortiq barqarorlikni buzdi.
Ular, shuningdek, yarmiga to'g'ri keladigan jantdagi qoldiqlarni almashtirishni payqashdi
yadro o-ring sifatida ishlaydi, yadrodan erituvchini istisno qiladigan mahkam muhrni hosil qiladi.
Wells Science 2000). Barcha uchta izolyatsiya qilingan peptid bog'lovchilari konsensusga bog'lanish uchun raqobatlashdi
valin kamdan-kam uchraydi. Ular, shuningdek, atrofdagi hududning asosiy vazifasini taklif qilishdi
Fc mintaqasi, bu bir xil sirtni nishonga olishning funktsional sabablarini istisno qildi. Kristal
boshlang'ich nuqtasi sifatida foydalanish uchun tabiiy kichik molekula bog'lovchilar yo'qligi sababli. Yaqinda
issiq nuqtalardagi boshqa qoldiqlarga qaraganda tez-tez, leysin, metionin, serin, treonin va
Fc bilan bog'lanish fag-displey texnologiyasidan foydalangan holda tanlangan (5.1-bo'limda tasvirlangan) (De Lano)
nashr etilgan maqola Thanos va uning hamkasblari (Thanos va boshq. 2006) ishlab chiqilgan kichik molekulani tasvirlaydilar .
uzoq vaqt davomida; anchadan beri. Katta va tekis bog'lash joyi va shuningdek, qiyin deb hisoblangan
va Thorn 1998). Ular uchta aminokislotani aniqladilar; triptofan, tirozin va arginin paydo bo'ldi
20
CH2 va CH3 ni o'z ichiga oladi (Bogan va Thorn 1998; DeLano va boshq. 2000). Bir tadqiqotda peptidlar
Protein-oqsil interfeyslari bilan bog'laydigan kichik ligandlarning rivojlanishi tadqiqotchilarni qiyinlashtirdi
Bog'lanishning erkin energiyasining o'zgarishi ma'lum bo'lgan 22 oqsil-oqsil kompleksidan iborat (Bogan
protein G, revmatoid omil va neonatal Fc-retseptorlari) bir xil konsensus mintaqasidan foydalangan holda
bog'lovchilar ko'pincha o'zaro ta'sir qilish uchun issiq nuqtani maqsad qilib qo'ygandek tuyuladi (Pillutla va boshq. 2002; Sidhu 2003).
Xuddi shunday, gormonlarni bog'lovchi moddalarni tanlash uchun faj displey texnologiyasidan foydalanilganda
Bogan va Torn bog'lash interfeyslari ichida 2325 alanin mutantlarini tuzdilar va tahlil qildilar.
Qiziqarli misol, to'rtta nishonga (SPA, streptokokk) bog'langan IgG ning Fc domeni.
Har bir bog'lovchi oqsilga qo'shimcha sirt hosil qilish uchun konformatsion o'zgarishlar. Tezislar
hududlar turli maqsadli molekulalarga turli konformatsiyalarni qabul qilishlarini ko'rsatadi. An
4.5 Konsensusni ulash joyi va issiq nuqtalarda moslashish
Machine Translated by Google

---