Mavzu: Drosophila melanogaster genomidagi mutasion kontekstlar taxlil. Reja: I kirish II asosiy qism

2000-yil oktabr oyida 2-reliz 1-nashrda mavjud boʻlgan kichik iskalalarning tartibi va yoʻnalishidagi xatolarni tuzatdi va bir necha yuzlab kichik ketma-ketlik boʻshliqlarini toʻldirdi. Celniker va boshqalar. (26) Release 2 assambleyasining sifatini Release 3 yuqori sifatli evromatik ketma-ketligi bilan solishtirish orqali baholadi (pastga qarang), ular orasidagi har qanday farqlarni WGS yig'ilishidagi ketma-ketlik xatolariga bog'lash; Release 2 ketma-ketligi tugallangan ketma-ketlikning 97,7% dan ortig'ini ifodalaydi. Noyob ketma-ketlikning otosomal hududlarida 2-relizning xato darajasi 20 000 ta asosiy juftlikdan bittasini tashkil etdi (bp). Biroq, X xromosomadagi xato darajasi pastroq ketma-ketlikni qamrab olganligi sababli yuqoriroq edi va bu yig'ilishdagi takrorlanuvchi ketma-ketliklar faqat qoralama sifati edi.

Dastlabki WGS ketma-ketligi hisobotidan beri ikki yarim yil ichida BDGPda ishtirok etgan ikkita sekvensiya markazi (Lorens Berkli Milliy Laboratoriyasi Drosophila Genom Sequencing Center va Baylor Medical College of Human Genom Sequencing Center) bo'shliqlarni yopadigan tugatish jarayonini amalga oshirdi, ketma-ketlik sifati yaxshilandi va yig'ilish tasdiqlandi. Bu genomik ketma-ketlikning 3-chiqarishiga olib keldi (26). Jarayon har bir markazdagi tajriba va tajribadan foydalangan holda klon-klon va WGS yondashuvlari o'rtasidagi gibrid edi. WGS dan olingan ketma-ketlik izlari va alohida BAClarning qoralama ketma-ketliklari BAC o'lchamli segmentlarga yig'ildi. Ushbu segmentlar standart usullar bilan yuqori sifatga keltirildi va keyin har bir xromosoma qo'lini qayta tiklash uchun hisoblash usuli bilan birlashtirildi.

3-relizda 6 ta evromatik xromosoma qo'llari 116,9 Mb dan iborat 13 ta skafoldda ifodalangan. Iskala - bu bir-biriga nisbatan tartiblangan va yo'naltirilgan qo'shni ketma-ketlik kontiglari to'plami; iskala ichida qo'shni kontiglar orasidagi bo'shliqlar ma'lum hajmga ega va klonlar bilan qoplangan (1). 37 ta ketma-ketlik bo'shliqlari mavjud bo'lib, ularning barchasi takrorlanuvchi DNK mintaqalarida joylashgan. Release 3 ketma-ketligi 100 000 bpda bir xatodan kam bo'lgan taxminiy xato tezligini o'z ichiga oladi va umumiy yig'ilish uni barmoq izlari bilan olingan BAC klonlarining fizik xaritasi bilan solishtirish orqali tasdiqlangan. Hoskins va boshqalar. (64) genomik ketma-ketlikni sitogenetik xarita bilan bog'lash uchun BAC asosidagi floresan in situ gibridizatsiya (FISH) tahlilidan foydalangan va Release 3 euchromatik ketma-ketligi har bir xromosoma qo'lida markazlashtirilgan heterokromatinga cho'zilganligini aniqladi.