Mavzu: Drosophila melanogaster genomidagi mutasion kontekstlar taxlil. Reja: I kirish II asosiy qism

Drozofilaning namunali organizm sifatidagi ahamiyati uni ketma-ketlashtirilgan birinchi genomlar qatoriga kiritishni yaqqol tanlovga aylantirdi va genomning evromatik qismining 1-chi ketma-ketligi 2000 yil mart oyida nashr etilgan. Bu yutuq butun bir genom ov miltig'i (WGS) strategiyasi bo'lishi mumkinligini ko'rsatdi. ishonchli metazoa genom ketma-ketligini hosil qiladi. Sekvensiyalash usullariga e'tibor qaratilishiga qaramay, nukleotidlar ketma-ketligi genom bo'yicha tahlillar uchun faqat boshlang'ich nuqtadir; hech bo'lmaganda, genom ketma-ketligi aniqlangan ketma-ketlik yorlig'i (EST) va qo'shimcha DNK (cDNK) dalillari va genlarni aniqlash va ularning RNK va oqsil mahsulotlarining tuzilmalarini bashorat qilish uchun hisoblash vositalaridan foydalangan holda talqin qilinishi kerak. Keyinchalik, ushbu mahsulotlarning funktsiyalari va ularning ifodasi va faoliyatini nazorat qilish usulini baholash kerak - bu aniq yakuniy nuqtaga ega bo'lmagan juda qiyin vazifa, bu turli xil eksperimental va hisoblash usullarini talab qiladi. Biz birinchi navbatda Drosophila melanogaster genom ketma-ketligining hozirgi holatini va uning strukturaviy izohini ko'rib chiqamiz, so'ngra dastlabki funktsional izohga erishish uchun qo'llaniladigan ba'zi istiqbolli yondashuvlarni qisqacha umumlashtiramiz.

Celera Genomics va Berkeley Drosophila Genome Project (BDGP) hamkorlikda butun genom ov miltig'i (WGS) yig'ilishini amalga oshirdi va an'anaviy P1 va bakterial sun'iy xromosoma (BAC) ga asoslangan sekvensiyani o'rnini bosuvchi euxromatin (1, 116) ketma-ketligini yaratdi. 1999 yil oxiriga kelib 29 Mb ketma-ketlikni (taxminan 25%) ishlab chiqardi. Birinchi yig'ilishda (WGS1) faqat plazmid va BAC-juftlangan so'nggi ketma-ketliklardan foydalanilgan, ikkinchisida esa BAC va P1-ga asoslangan tayyor va qoralama ketma-ketliklar qo'shilgan (3-jadvalga qarang). Tafsilotlar uchun (1) dan]. Ushbu qoʻshma yigʻilish GenBankga 1-reliz sifatida taqdim etildi. Bu ketma-ketlikda koʻplab boʻshliqlar va past ketma-ketlik sifatiga ega hududlar mavjud edi.