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Les sciences

Science et philosophie agissent constamment l'une sur l'autre dans la pensée de Descartes, puisque sa méthode vise à permettre à l'homme de bien conduire sa raison et chercher la vérité dans les sciences, à nous rendre plus sages et plus habiles et à nous assurer non seulement la connaissance, mais, d'une certaine manière, la maîtrise et possession de la nature aussi bien que de nous-mêmes. Telle est la finalité de son système, finalité à laquelle se subordonnent tous les moyens mis en œuvre.
La métaphysique est pour Descartes le fondement de toutes les sciences. Il illustre sa conception du rapport entre les connaissances humaines par cette image :
« Ainsi toute la philosophie est comme un arbre, dont les racines sont la métaphysique, le tronc est la physique et les branches qui sortent de ce tronc sont toutes les autres sciences qui se réduisent à trois principales, à savoir la médecine, la mécanique et la morale, j'entends la plus haute et la plus parfaite morale, qui, présupposant une entière connaissance des autres sciences, est le dernier degré de la sagesse. Or comme ce n'est pas des racines, ni du tronc des arbres, qu'on cueille les fruits, mais seulement des extrémités de leurs branches, ainsi la principale utilité de la philosophie dépend de celles de ses parties qu'on ne peut apprendre que les dernières. »
Les Principes de la philosophie, lettre-préface de l'auteur
Descartes souligne par là l'importance qu'il accorde à la métaphysique, mais il s'agit d'une métaphysique « subjective » reposant sur des objets qui ne sont des idées claires et distinctes que pour autant qu'ils sont « abstraitement » conçus. Elle mélange philosophie et sciences, et structure les connaissances d'une manière radicalement différente du découpage de la philosophie que l'on connaissait à son époque.

Postérité philosophique

Descartes ne se destinait pas à une carrière philosophique. Ce furent surtout la controverse ptoléméo-copernicienne et le procès de Galilée (1633) qui orientèrent sa carrière vers la philosophie.

xvii^e siècle

Les œuvres de Descartes ont été mises à l'index en 1663⁶³.
Quelques philosophes aux Pays-Bas puis en France ont suivi Descartes (voir cartésianisme). Ultérieurement, la confirmation à la fin du xvii^e siècle des hypothèses héliocentriques grâce au formalisme mathématique élaboré conjointement par Newton et Leibniz a popularisé la philosophie de Descartes, engendrant une philosophie mécaniste.
Le dualisme de substance développé par Descartes, a posé des difficultés à ses successeurs. Spinoza explicita une théorie de la substance, tandis que Malebranche développa une philosophie originale sur le problème corps-esprit, l'occasionalisme, dans lequel intervient la foi.
Au xviii^e siècle, La Mettrie étend le concept d'animal-machine de Descartes à l'homme, mais se faisant, il s'oppose au dualisme de Descartes.
À la même époque, l'Église catholique^[Qui ?] qui jusque-là se méfiait de son rationalisme, manque de grands philosophes pour soutenir sa cause et elle fait appel aux méditations sur la philosophie première (1641) de Descartes pour donner un fondement métaphysique à la religion

xix^e et xx^e siècles

Au xix^e siècle, au sortir de la Révolution française, les idéologies saint-simonienne⁶⁴ et positiviste se sont inspirées des principes cartésiens.
En France, le discours de la méthode est devenu l'ouvrage philosophique le plus étudié. Condorcet avait fait remonter jusqu’à Descartes les origines de la Révolution française, en créant la « mythologie » selon laquelle il est le fondateur de l'égalité démocratique^{n 13} tandis que Louis-Sébastien Mercier le rend coupable de la terreur, alimentant les deux grands courants de ce siècle, gauche et droite orléanistes et l'ultramontanisme contre-révolutionnaire ultra-catholique. À la fin de ce siècle, il entre dans les manuels de littérature au titre de représentant de la grande prose française (comme en témoigne sa correspondance avec Jean-Louis Guez de Balzac⁶⁵).
La philosophie de Descartes continue d'alimenter les débats au xix^e siècle. Les auteurs de la troisième république comme Maurice Barrès opposent Pascal qui incarne la société de l'ordre à Descartes, vilipendé comme fondateur d'une société révolutionnaire source d'instabilités⁶⁶. Seul Charles Péguy parvient à réconcilier le Descartes rationaliste, ce « cavalier français parti un jour de si bon pas », et le Descartes profondément enraciné dans le sol français incarnant la « race française ». Dans l'Entre-deux-guerres, Hippolyte Taine voit en Descartes un penseur mondain incarnant l'intarissable bavardage parlementaire. Pour Alain le philosophe du radicalisme, Descartes incarne la liberté de penser, la vigilance de l'esprit et le progrès, considérant que « l’esprit maître de l’ordre a trouvé sa place dans le cartésianisme ». Entre les années 1960 et 1996, on compte 4 402 publications sur Descartes, dont 1 745 dans le monde anglo-saxon, et 1 334 francophones⁶⁷. Dans le monde anglo-saxon, les questions qui se posent portent sur le dualisme de substance, le langage, le statut des idées. Les débats français seraient trop étroitement centrés sur la méthode, la systématicité des arguments, et la metaphysica specialis des trois preuves d'existence⁶⁸. André Glucksmann publie Descartes, c’est la France en 1987 à l’occasion du 350^e anniversaire de la parution du Discours de la méthode et analyse en quoi sa philosophie devrait être considérée comme représentant de l'esprit national français⁶⁹.

xxi^e siècle

John Cottingham note que « la division cartésienne dualiste de la réalité en deux sortes d'entités fondamentalement distinctes (choses pensantes et choses étendues) a légué à la philosophie une énigme majeure à laquelle nous sommes toujours confrontés aujourd'hui : en quoi la conscience consiste-t-elle exactement, et quels rapports entretient-elle avec le monde physique ? […] [Tous les philosophes modernes] conviennent que le problème des relations entre l'esprit et le corps, est un casse-tête philosophico-scientifique d'une importance énorme, et que les idées émises par Descartes ont influé d'une façon extraordinaire sur les approches ultérieures de ce problème, pour le meilleur et pour le pire »⁷⁰.
Le sociologue italien Franco Ferrarotti remet en cause le rationalisme mécaniste, dont Descartes est l'une des sources⁷¹.
Selon Jean Bastaire, Descartes, par des formules telles que «Nous rendre comme Maîtres et Possesseurs de la nature» (Discours de la méthode, sixième partie) aurait incité les hommes en Occident à se comporter avec une mentalité d'exploitant, et non d'intendant, de gérant. L'homme se serait ainsi fait démiurge, et aurait adopté une attitude prométhéenne⁷², le conduisant à une surexploitation des ressources naturelles.
Selon Fabien Revol, la philosophie mécaniste de Descartes serait la racine historique de la crise écologique que nous traversons. En effet, dans le dualisme cartésien entre le corps et l'esprit, la « res extensa » (chose étendue) est dépourvue d'esprit, et elle n'est définie que par ses mesures physiques, ses dimensions quantifiables, et la position que ses objets occupent dans l'espace (le repère cartésien). Il est alors possible d'appliquer des lois mathématiques pour transformer la nature, et les hommes peuvent se rendre « comme maîtres et possesseurs de la nature », avec l'illusion d'une disponibilité infinie des biens de la planète. Les hommes auraient ainsi été poussés à surexploiter les ressources naturelles⁷³.