Kurs ishi mavzu: Genetik axborotning uzatilishi

Tarjimani matematik modellashtirish.
Transkripsiya-tarjima jarayonining tavsifi, faqat eng asosiy "elementar" jarayonlarni eslatib o'tadi va hosildan iborat:
1) mRNK molekulalarini ishlab chiqarish (shu ishlab chiqarish splicing),
2) foydalanishi mumkin bo'lgan ushbu molekulalarning yordami (masalan, boshlash siryarizatsiya jarayonini o'z olishi mumkin, ammo bu universal talab),
3) tarjimani jalb qilish, kichik ribosoma bo'linmasini qilish,
4) to'liq ribosomalarning yig'ilishi,
5) cho'zilish, (ya'ni, ribosomalarning mRNK bo'ylab ishlab chiqarish bilan harakatlanishi),
6) tarjimani tarjima,
7) mRNK molekulalarining degradatsiyasi,
8) ularning parchalanishi.

Protein sintezining M0 asos va eng oddiy modeli.

Tarjimada hosil qilish uchun aminokislotalarni qayta tiklash uchun zarur bo'lgan birinchi laboratoriya kinetik modellardan olingan holda va undan turli xil tozalash vositalaridan foydalanish. So'nggi to'rt o'n yillikda sintezining ko'plab kinetik modellari ishlab chiqarilgan va tahlil qilingan. Kimyoviy kinetikadan tashqari, xavfsiz assimetrik oddiy jarayon (TASEP), ehtimollik mantiqiy tarmoqlari (PBN) , Petri tarmoqlari va max-plus algebrasi kabi turli modellashtirish formalizmalarioqsil sintezining kinetikasini yoki ayrim qismlarini modellashtirish uchun qo'llanilgan. Barcha sakkizta “lementar” jarayonlarni olingan holda ishlab chiqarishning asosli modeli “foydali modellar oddiy va boshqarilishi mumkin” degan paradigma asosida ishlab chiqariladi. Eng oddiy model M0 reaksiya kinetik mexanizm bilan ifodalanadi. U 40S, 60S va'ich holdani (IF) bog'lashni'z ichiga olgan umumiylashtirilgan. U mikroRNKning sinteziga ta'sirini o'z ichiga olgan holda olinadi. Ush ierarxiyadagi modellarning tarkibidagi analitik tarzda echilishi mumkin. Uchishlar ishlab chiqarishni tartibga solishning turli o'ziga xos mexanizmlari "uchun kiyinetik qurilmalar" uchun.

40S va 60S bog'lanishining aniq taqdimoti bilan M1 ishlab chiqarishning montaj qilingan modeli.


Genetik kod.
Proteinning quvvatli darajali tuzilish deb tuzatishni boshqarishni faqat murakkab algoritmlar yordamida bashorat qilish bo'lsa-da, birlamchi tuzilish deb mumkingan aminokislotlar ketma-ketligini jadvali yordamida faqat nuklein kislotalar ketma-ketligidan boshqarish mumkin.
Ushlab quyilgan to'g'ri aminokislotalar tarkibini bermasligi mumkin, xavfsiz holatga keltirishi mumkin, selenotstein kabi noan'naviy aminokislotalarga yordam bo'lsa, u an'anaviy to'xtashkodon- shu jumladan IP Sequence, yoki bilan. birgalikda kodlangan bo'lsa. SECIS).
DNK/RNK ketma-ketligini qayta-ketishga aylantira oladigan ko'plab kompyuter dasturlari mavjud. bu standart genetik kod yordamida amalga oshirilishi mumkin bo'lgan bir nechta dasturiy ta'minot, biroq bir nechta "maxsus" imkoniyatlarni, masalan, biologik kasallik ega bo'lgan mubillaridan ko'rish mumkin. Misol uchun, masalan, boshqa ko'rinishdagi ko'rsatilgan metionin uchun va barcha pozitsiyalarda leysin uchun noaniq bo'lgan alternativ baholash'ich kodon CTG kodlari.

AAs=FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIIMTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG

Boshlanadi = ---M----------M---------------M------------ ----- -----------
Baza1 = TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGG
Baza2=TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG
Baza3=TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG

"Boshlash" qatori uchta'ich kodoni, UUG, CUG va juda keng tarqalgan AUG ni bildiradi. Bundan tashqari, keyinchalik'ich sifatida talqin qilinganda birinchi aminokislota qoldig'ini ko'rinishi: bu holda bu barcha metionindir.