Asosiy maqola: Docking uchun skoring funktsiyalari Strukturaga asoslangan dori dizayni molekulyar tanib olish tamoyillarini qo'llash orqali yangi ligandlarni loyihalash uchun asos sifatida oqsillar tuzilishidan foydalanishga harakat qiladi . Maqsadga selektiv yuqori yaqinlik bilan bog'lanish odatda maqsadga muvofiqdir, chunki u kamroq yon ta'sirga ega bo'lgan samaraliroq dori-darmonlarga olib keladi. Shunday qilib, potentsial yangi ligandlarni loyihalash yoki olishning eng muhim tamoyillaridan biri ma'lum bir ligandning uning maqsadiga (va ma'lum antitargetlarga ) bog'lanish yaqinligini bashorat qilish va tanlash mezoni sifatida taxmin qilingan yaqinlikdan foydalanishdir.
Ligandlarning retseptorlari bilan bog'lanish energiyasini tavsiflash uchun dastlabki umumiy maqsadli empirik skoring funksiyasi Böhm tomonidan ishlab chiqilgan. Ushbu empirik skoring funktsiyasi quyidagi shaklni oldi:
{\displaystyle \Delta G_{\text{bind}}=\Delta G_ {\text{0}}+\Delta G_ {\text{hb}}\Sigma _{h-bonds}+\Delta G_{\text {ionik}}\Sigma _{ion-int}+\Delta G_{\text{lipofil}}\left\vert A\right\vert +\Delta G_{\text{rot}}{\mathit {NROT}} }
qayerda:
DG 0 - empirik ravishda olingan ofset, qisman bog'lanish paytida ligandning translatsiya va aylanish entropiyasining umumiy yo'qolishiga to'g'ri keladi.
DG hb - vodorod bog'lanishining hissasi
DG ion - ionli o'zaro ta'sirlarning hissasi
DG lab – lipofil o'zaro ta'sirlardan hissa bu erda |A lipo | ligand va retseptor o'rtasidagi lipofil kontaktning sirt maydoni
DG rot - bog'langanda ligand bog'ida aylanadigan narsaning muzlashi sababli entropiya jazosi
Umumiyroq termodinamik "master" tenglama quyidagicha:
{\displaystyle {\begin{massiv}{lll}\Delta G_{\text{bind}}=-RT\ln K_{\text{d}}\\[1.3ex]K_{\text{d}}= {\dfrac {[{\text{Ligand}}][{\text{Retseptor}}]}{[{\text{Kompleks}}]}}\\[1.3ex]\Delta G_{\text{bog'lash} }=\Delta G_{\text{desolvation}}+\Delta G_{\text{motion}}+\Delta G_{\text{konfiguratsiya}}+\Delta G_{\text{oʻzaro taʼsir}}\end{massiv} }} qayerda:
desolvatsiya - ligandni erituvchidan olib tashlash uchun entalpik jazo
harakat - ligand o'z retseptoriga bog'langanda erkinlik darajasini pasaytirish uchun entropik jazo.
konfiguratsiya - ligandni "faol" konformatsiyaga qo'yish uchun zarur bo'lgan konformatsion kuchlanish energiyasi
o'zaro ta'sir - ligandni uning retseptorlari bilan "hal qilish" uchun entalpik daromad
Asosiy g'oya shundan iboratki, umumiy bog'lovchi erkin energiya bog'lanish jarayoni uchun muhim bo'lgan mustaqil komponentlarga ajralishi mumkin. Har bir komponent ligand va uning maqsadli retseptorlari o'rtasidagi bog'lanish jarayonida ma'lum turdagi erkin energiya o'zgarishini aks ettiradi. Asosiy tenglama bu komponentlarning chiziqli birikmasidir. Gibbsning erkin energiya tenglamasiga ko'ra, dissotsilanish muvozanat konstantasi K d va erkin energiya komponentlari o'rtasidagi bog'liqlik qurilgan.
Asosiy tenglamaning har bir komponentini baholash uchun turli xil hisoblash usullari qo'llaniladi. Masalan, ligandlar bilan bog'langanda qutb yuzasining o'zgarishi desolvatsiya energiyasini baholash uchun ishlatilishi mumkin. Ligandlar bilan bog'langanda muzlatilgan aylanadigan bog'lanishlar soni harakat muddatiga proportsionaldir. Molekulyar mexanika hisob -kitoblari yordamida konfiguratsiya yoki kuchlanish energiyasini hisoblash mumkin . Nihoyat, o'zaro ta'sir energiyasini qutbsiz sirtning o'zgarishi, o'rtacha kuchning statistik ravishda olingan potentsiallari kabi usullar yordamida baholash mumkin., hosil bo'lgan vodorod aloqalari soni va boshqalar Amalda, asosiy tenglamaning komponentlari ko'p chiziqli regressiya yordamida eksperimental ma'lumotlarga mos keladi. Bu kamroq aniqroq, ammo umumiyroq "global" modelni yoki aniqroq, ammo kamroq umumiy "mahalliy" modelni ishlab chiqarish uchun ligandlar va retseptorlarning cheklangan to'plamini ishlab chiqarish uchun ko'plab turdagi ligandlar va retseptorlarni o'z ichiga olgan turli xil o'quv majmuasi bilan amalga oshirilishi mumkin. [45]
