Бухоро амирлигиXVIII асрнинг иккинчи ярмидан бошлаб олий ҳокимият вакиллари - аштархоний хонлари ўрнини амирлар эгал- лаши билан ташкил топади. Жумладан, Нодиршоҳ даврида амалдаги ҳокимият эгаси Муҳаммад Ҳаким амири кабир буюк амир унвонини олади. Унинг ўғли Муҳаммад Раҳим оталиқ (1747-1758 й.) 1748 йил Эрон тахт вориси Абдулфайзнинг ўғли Абдулмомин (чингизий- лардан бўлган 9 ёшли бола)ни ўлдиради ва 1753 йил зодагонлар ҳамда руҳонийлар розилиги билан Бухоро тахтига амир унвони билан ўтиради. Шу тариқа Бухоро хонлиги негизида ташкил топган бу давлат олий ҳукмдор унвонидан келиб чиқиб амирлик номи билан юритила бошлади. Ҳокимият тепасига манғитлар сулоласи келади ва бу сулола 1920 йили инқилоб натижасида ҳокимиятдан четлаш- тирилади. Бухоро амирлигида дастлабки даврда Муҳаммад Раҳим томонидан мамлакатни марказлаштиришга қаратилган маъмурий- сиёсий ислоҳотлар амалга оширилади. Шоҳ Мурод (1785-1800 й.) сохта хонлик анъанасига чек қўйилиб, амир унвони билан расман тахтга ўтиради. У мамлакатда қаттиқ тартиб интизом ўрнатади. Солиқ ислоҳотини амалга ошириб, айрим солиқларни бекор қилади. Олий ҳокимият эгаси амир ҳисобланган. Унинг ҳузурида йирик ер эгалари, руҳонийлар ва давлат хизматчиларидан иборат маслаҳат кенгаши мавжуд бўлган. Давлат бошқарувида кўчманчи аҳоли қабила бошлиқлари, яъни иноқлар (катта иноқ, кичик иноқ) ҳам фаол иштирок этишган. Улар кўпроқ қўшимча топшириқларни ижро этишган. Хусусан, кичик иноқда олий ҳукмдор муҳри сақланган. Бухоро амирлигида марказий бошқарув даргоҳда мужассам- ланган. Қушбеги амирдан кейинги олий мансабдор шахсга айланган. У мамлакат бошқаруви, хазина ва пойтахтдаги аҳволни назорат қилган. Шунингдек, унга барча вилоятлар бўйсунган. Девонбеги олий мансабдор шахслардан ҳисобланган. У хазина кирим-чиқими, сарой хўжалиги ва закот йиғиш ишларини бошқарган. Одатда, у қуйи қушбеги деб аталган. Оталиқ асосан Самарқанд ва Бухоро, яъни амирликнинг марказий ҳудудларининг сув тақсимотига бош бўлган. Саройда шиговул амирнинг шахсий ёрдамчиси бўлган. У элчилар қабулини ҳам уюштирган. Удайчилар амирга жойлардаги аҳвол тўғ- рисида ахборот бериб турувчилар бўлган. Мирза (мунший) амирнинг шахсий котиби ва амир қабулхонаси бошлиғи ҳисобланган. Парвоначи олий ҳукмдор ёрлиқларини тегишли кишиларга етказиш ва араблар аҳолиси билан шуғулланишни амалга оширган. Додхоҳ амир номига келган арзларини амирга ва унинг жавобини манфаат- дорларга етказишга масъул бўлган. Тўқсабо дастлаб ҳукмдор олдига таом тортиш ишини бажарган. Х1Х асрга келиб эса ҳарбий мансабдор шахс даражасига кўтарилган. Кўкалдош мамлакат миқёсида хавфсизлик хизматини бошқарган. Юқорида кўрсатилган мансабдор- лардан ташқари қўшимча лавозимлар ҳам жорий этилган. Улар зиммасига айрим ҳолларда бошқарувга оид ишлар ҳам юклатилган. Қўшинга тўпчилар қисмининг қўмондони ва Бухоро ҳарбий қароргоҳи бошлиғи раҳбарлик қилган. Қўрчибоши қурол-аслаҳага масъул ҳисобланган. Удайчи уруш пайтида ҳарбийларни тақсим- ловчи амалдор бўлган. Шайхулислом мафкуравий муносабатлар ва дин ишларини бошқарган. Унга мухтасиб, раислар, садр (вақф мулклари ҳисоби ва назорати билан шуғулланувчи)лар бўйсунган. Қози Калон умумий судлов ва фуқаролик ишларини юритишга бошчилик қилган. Унга қози аскар, жойлардаги қозилар ва муфтий (ривоят ва фатво билан таъминловчи)лар бўйсунган. Амир Шоҳ Мурод даврида суд тизими ислоҳотлари натижасида амир ҳузурида 40 нафар фақиҳдан иборат олий маҳкама таъсис этилади. XIX аср иккинчи ярмига келиб алоҳида ишлар ва 2000 сўмдан ортиқ низоли ишлар Қози Калон томонидан кўриб чиқилган.