|
5'3'
atg cccaagctgaatagcgtagaggggttttttcatcatttgaggacgatgta taa
1 a tg ccc aag ctg aat agc gta gag ggg ttt tca tca ttt gag gac gat gta taa
M P K L N S V E G F S F E D D V *
2 t gc cca agc tga ata gcg teg agg ggt ttt mushuk mushuk ttg agg acg atg tat
C P S * I A * R G F H H L R T M Y
3 g cc caa gct gaa teg cgt aga ggg gtt ttc atc att tga gga cga tgt ata
A Q A E * R R G V F I I * G R C I
DNK ketma-ketligini tarjima qilish uchun biz Biology Workbench da SIXFRAME deb nomlangan dasturdan foydalanamiz. Yoki to'g'ridan-to'g'ri http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-util/Options/sixframe.html saytiga tashrif buyurishingiz mumkin.
1. Biology Workbench-ga kiring va davom eting yoki yangi sessiya yarating.
2. Nuklein vositalari-ni tanlang va keyin fayl yonidagi katakchani belgilab, tarjima qilmoqchi bo'lgan ketma-ketlikni tanlang.
3. SIXFRAME-ni tanlang va keyin Run-ni tanlang.
4. Sizga turli parametrlarni tanlashingizni so'ragan quti beriladi. Odatiy bo'lib, butun DNK ketma-ketligining oltita o'qish ramkasini tarjima qilish kerak. Agar siz “Eng uzun ochiq oʻqish ramkasini koʻrsatish”ni tanlasangiz, dastur avtomatik ravishda start kodonidan (ATG) boshlanib, toʻxtash kodoni (TAA, TAG yoki TGA) bilan tugaydigan eng uzun oʻqish kadrini tanlaydi. Bu juda qulay.
5. Parametrlar tanlangandan so'ng Submit ni tanlang.
a) Barcha oltita o'qish ramkalari ko'rsatiladi. To'xtash kodonlari yulduzcha (*) bilan ko'rsatiladi.
b) Sahifaning pastki qismida siz "Eng uzun ORF"ni ko'rasiz. DNKingizning ushbu tarjimasini import qilish uchun har bir o'qish ramkasi yonidagi barcha boshqa qutilarni bosing va tanlangan eng uzun ORF yonidagi katakchani qoldiring. Keyin Import-ni tanlang. Ketma-ketlik.
c) Tarjima qilingan aminokislotalar ketma-ketligi bilan yangi fayl Protein asboblari ostida paydo bo'ladi.
Adabiyotlar sharxi.
Molekulyar filogenetik usullar gomologik sekanslarning evolyutsion tarixidan xulosa chiqaradi. Molekulyar filogenetikaning texnikasi individual oqsillar ketma-ketligini tahlil qilishda ishlab chiqilgan (Neyman 1971, Kashyap va Subas 1974), ammo zamonaviy sekvensiya ma'lumotlarining ko'pligi tufayli daraxtlarni bir nechta lokuslardan birgalikda tahlil qilish orqali xulosa chiqarish tobora keng tarqalgan (Delsuc 2005) ). Ko'proq ma'lumotlarni hisobga olgan holda, ko'p fokusli tahlillar ko'proq ma'lumotlarga nisbatan noaniqlikni o'rtacha hisoblash yo'li bilan yaxshiroq echilgan va kamroq xolis xulosalar chiqarishi kutilmoqda (Pamilo va Nei 1988). Multilokusli filogenetik tahlil qilish uchun bir qator usullar mavjud (Bininda-Emonds va boshq. 2002; de Keyroz va Geytsi 2007; Liu va boshq. 2009). Ularning aksariyati butun ma'lumotlar to'plamiga eng mos keladigan bitta evolyutsion daraxt haqida xulosa chiqarish bilan davom etadi. Bir nechta lokuslar bo'yicha bunday "o'rtacha" bu lokuslar umumiy evolyutsion tarixga ega bo'lishini taxmin qiladi. Biroq, ma'lumotlar to'plami bir nechta lokuslarni o'z ichiga olganida, alohida lokuslardan olingan daraxtlar nomuvofiq bo'lishi mumkin (Jeffroy va boshq. 2006). Bu erda asosiy savol - mos kelmaslik namuna olish xatosidan kelib chiqadimi yoki bu aniq genomik lokuslar evolyutsiyasidagi haqiqiy farqni ko'rsatadimi. Agar biz bir nechta lokuslardan bitta sarhisob daraxtini quradigan bo'lsak, unda biz avvalgisini taxmin qilamiz: har bir lokus bir xil asosiy daraxtning shovqinli bahosi.
Shu bilan bir qatorda, gorizontal genlarni uzatish (HGT), duragaylash, nasllarni to'liq saralash (ILS) va shunga o'xshash turli jarayonlar tufayli genomning turli mintaqalarida turli xil tarixga ega bo'lishlarini kutishimiz mumkin (Ley, Lapointe va boshq. 2011). rekombinatsiya. Agar biz bunday jarayonlar sodir bo'lgan deb hisoblasak, unda turli xil joylardan olingan daraxtlar bir-biriga mos kelmaydi deb kutishimiz kerak. Binobarin, barcha ma'lumotlar to'plamidan kelib chiqadigan "qisqacha" daraxtlar qisman vakili bo'lishi mumkin yoki eng yomon holatda, har qanday lokus evolyutsiyasining vakili emas. Bu shovqin emas, balki muntazam xato bo'lgani uchun, biz qo'shimcha ma'lumotlarni qo'shish orqali uning kamayishini kutishimiz mumkin emas (Philippe va boshq. 2011). Agar biz genomlarni keltirib chiqargan evolyutsiya jarayonida haqiqiy heterojenlik mavjud deb hisoblasak va nomuvofiqlik bunga dalolat bo'lsa, unda biz ko'p fokusli ma'lumotlarni bir xil tarix bilan bog'liq bo'lgan guruhlarga bo'lish usullarini izlashimiz kerak (Bull va 1993; Huelsenbeck va boshqalar). 1994; Cunningham 1997; Waddell va 2000).
Mos kelmaslik bilan bog'liq ko'plab usullar uning biologik asoslari to'g'risida aniq taxminlarni keltirib chiqaradi. Bunday "mexanistik" yondashuvlar HGT (Hallett va Lagergren 2001; Dessimoz va boshq. 2008; Abbi va boshq. 2010), ILS (Rannala va Yang 2003; Heled va Drummond 2010), rekombinatsiya (Kosakovskiy Pond va boshq.) Ni ishlab chiqish uchun ishlab chiqilgan. 2006), genlarning takrorlanishi (GD) (Chen va boshq. 2000; Boussau va boshq. 2013) va kombinatsiyalangan ILS / GD modellari (Bansal va boshq. 2010; Doyon va boshq. 2010; Szollsi va Daubin 2012). ). Shu bilan birga, mexanik yondashuvlar hisoblashda taqiqlashi mumkin va boshqa nomuvofiqlik manbalariga nisbatan mustahkam bo'lmasligi mumkin. Biz diqqatimizni "jarayon-agnostik" deb ta'riflaydigan alternativ usullar sinfiga qaratamiz. Ushbu ma'lumotlar biologik asosga oid taxminlarga tayanmasdan, ma'lumotlar to'plamidagi har qanday muhim nomuvofiqlikning mavjudligini va hajmini aniqlashga qaratilgan. Amaldagi jarayon-agnostik yondashuvlar mos kelmaslikning statistik sinovlari (Planet 2006; Leigh, Lapointe va boshq. 2011) va ma'lumotlar to'plamlarini birlashtiruvchi va o'ziga o'xshash guruhlarga bo'linishga asoslangan klasterlash yondashuvlari (Nye 2008; Ley, Shliep va boshqalar) shaklida amalga oshiriladi. al. 2011).
Nye's Tree of Trees (2008) genlar orasidagi filogenetik o'xshashliklarni boshqa daraxt sifatida umumlashtiradi, meta daraxt deb nomlanadi, bu erda uchi ko'p fokusli ma'lumotlardan olingan daraxtga to'g'ri keladi va ichki tugun uning daraxt daraxtlarining konsensusini anglatadi. Meta-daraxtga daraxtlararo Robinson-Fulds (1981) masofasidan qo'shni qo'shilishga o'xshash algoritm (Saitou va Nei 1987) yordamida xulosa qilinadi.
Do'stlaringiz bilan baham: |
