Genomika asoslari

Genomika organizmlar genomlarini o’rganish bilan shug’ullanadi (odatda DNK sekvenirlashlari). Uning kelib chiqishi va genomikasi bo’yicha
in silico - "kremniy yilda", ba’zan o’rganish faqat hisoblash (kompyuter) usullari yordamida amalga oshiriladi, deb ko’rsatish uchun ishlatiladi. Kremniyni eslatish zamonaviy kompyuterlarning elementar bazasi kremniy yarimo’tkazgichlariga asoslanganligi bilan bog’liq.
Birinchi ketma-ket virusli genomga ega bo’lgan Nikla, genomikaning asosiy sa’y-harakatlari turli xil organizmlarning DNK ketma-ketliklarini aniqlashga va genetik xaritalash masalalariga - genomning alohida qismlarining funksionalligini aniqlashga qaratilgan.
Keyinchalik, genomika genlarning o’zaro ta’siri (epistaz) va bir xil genning (pleiotropiya) ta’sirining ko’plab namoyishlari bilan bog’liq turli xil intragenomik hodisalarni o’rganish bilan bog’liq ishlarni ham o’z ichiga boshladi. Shu bilan birga, genlarning funktsiyalarini tushuntirish vazifalari hali ham asosan genetika va molekulyar biologiya muammolariga bog’liq. Hozirgi vaqtda genomika bilan shug’ullanadigan masalalar ro’yxatiga RNK sintezi (transkripsiyasi) va transkriptning o’zaro ta’siri (transkriptomika) ham kiradi.
Ushbu o’quv qo’llanma tez rivojlanayotgtez rivojlanayotgan genomika sohasi - hisoblash genomikasiga bag’ishlangan ( Computational genomics) yo’naltirilgan. Nomidan ko’rinib turibdiki, hisoblash genomikasi genomika tomonidan o’rganilgan jarayonlar va ob’ektlarning kompyuter modellarini yaratish orqali ularning xatti-harakatlarini bashorat qilishga harakat qiladi va shuningdek, genomika bilan bog’liq molekulyar biologik tadqiqotlar bilan birga xizmat qiladi.
Hisoblash genomikasi echishga urinayotgan masalalar qo’yidagi savollarni o’z ichiga oladi:

• 
  organizmlar genomlaridagi ba’zi nukleotidlar ketma-ketliklarining funktsiyalarini aniqlash va bashorat qilish;
  
• 
  mavjud bo’lgan natijalarni qayta ishlash nuqtai nazaridan ham, yangi vazifalar va tadqiqot maqsadlarini qo’yishda ham klassik molekulyar tadqiqotlarni matematik qo’llab-quvvatlash;
  
• 
  ayrim tashqi ta’sir va ogohlantirishlarga javob beradigan genlarni aniqlash;
  
• 
  nukleotidlar ketma-ketligidagi to’liq bo’lmagan / noto’g’ri tandem takrorlanishlarini aniqlash;
  
• 
  nukleotid kontekstining genomdagi regulyativ ketma-ketliklarning ishlashiga ta’sirini tahlil qilish;
  
• 
  "keraksiz" DNK muammosini hal qilish, ya’ni. genomning turli qismlari, shu jumladan funktsional yuki hozirda bizga noma’lum bo’lgan qismlarning ahamiyatini tahlil qilish.