Genomika asoslari

Jadval-1
Insonda infeksiyalar keltirib chiqaradigan viruslar klassifikatsiyasi (Zingchenka Paul 2005).

t/r	Oila	Nuklein kislota turi	Asosiy vakillari.
1	Daxviridae	DNK	CHechak tabiiy Vina virusi
2	Herpasviridae	DNK	Oddiy gerpes virusi 1 va2 turi chechak virusi, lishay, sitomegalovirus, epshteyn barr virusi.
3	Adenoveridae	DNK	Inson adenovirusi ,sut, sut emizuvchilar adenoviruslari.
4	Parvaviridae	DNK	Kilxem kalamushining latent virusi, adenovirusli satellitlar
5	Papavaviridae	DNK	SHoup papilomasi virusi palioma virusi, SV-40 vakuolazirlanadigan virus.
6	Hepadnaviridae	DNK	B gepatiti virusi.
7	Orthomyxoviridae	RNK	A, B va C gripplari virusi
8	Paramyxoviridae	RNK	1, 2, 3 va 4 paragripp vakizamik viruslari, qizamiq virusi, respirator-sintsitial virus.
9	Retroviridae	RNK	Inson immunotanqisligi virusi, Raus sarkomasi virusi.
10	Bunyaviridae	RNK	Bunyamver virusi, Ukuniem virusi.
11	Togaviridae	RNK	Sindbis virusi, sariq terlama virusi, kana entsefaleti virusi, qizilcha virusi.
12	Coronaviridae	RNK	Inson koronavirusi, qushlar bronhiti virusi.
13	Reoviridae	RNK	Inson reovirusi, umurtqalilar reovirusi.
14	Picornaviridae	RNK	Inson poliomieliti virusi, A gepatiti virusi, YAshur virusi
15	Arenaviridae	RNK	Limfotsiotar xereomeningiti virusi
16	Rhobdoviridae	RNK	Quturish kasalligi virusi, vezikulyar stomatit virusi.

Viruslar hamma guruhdagi organizmlarni shikastlaydi. Bugungi kunda 500ga yaqin issiqqonli hayvonlarning o`simliklarda 300 dan ko`p 30 ming xil turdagi shtamm va tiplari idenfikatsiya qilingan. Hozirgi viruslarning evolyutsion klassifikatsiyasini tuzish uchun kerakli bo`lgan ma’lumotlar yetarlicha emasdir. Bazali taksonlariga oilalar kiradi – viruslarning ma’lum bo`lgan xususiyatlariga asoslanadi, ularni ajratishda viruslar ma’lum xususiyatlari- o`lchamlari, morfologiyasi, qobiqlarining mavjudligi, tashxisda virusli infeksiyalarini aniqlashda muhim ahamiyatga egadir. Bugungi kunda, 70 dan ortiq oilalarga tasnif berilgan, ular orasida 17 oila inson va hayvon viruslari hisoblanadi.

Viruslar tadqiqot obyektlari sifatida molekulyar biologiya va genetika, gen muhandisligida keng qo`llaniladi.
Bakteriyalarda olib boriladigan tajribalar virus bakteriyalarini va ular xo`jayini bakteriyalarda DNK reparatsiyasi va reparativ fermentlar induksiyasini kashf etilishiga olib kelgan.
Viruslarda xo`jayin hujayrasini tanlash chegaralangan. O`simliklar va baliq viruslari sut emizuvchilar hujayrasini shikastlay olmaydi va aksincha poliomielit virusi tabiiy sharoitlarda faqatgina yuqori primatlarni shikastlash xususiyatiga egadir. Quturish virusi sut emizuvchilarning xohlagan vakilini shikastlaydi, lekin o`simliklar bu virus bilan kasallanmaydi.
Viruslar o`lchami 25-50 nm, ko`plari faqatgina elektron mikroskoplarda ko`rinadi. Katta hajmdagi chechak viruslari va ospavaksina viruslarning diametri 250 nm ga yaqinlashadi. Faglar bosh qismining diametri 50 nm, dum qismi 100-200 nmga teng bo`ladi. Virus DNK si massasi 1·10<sup>6</sup>-200·10<sup>6,</sup> RNK massasi 10<sup>6</sup> dan 15·10<sup>6</sup> Da gacha bo`ladi.
Viruslarning yashash shakllaridan ikki xil shakli aniqlangan. Virion hujayradan tashqarida tinim davrini o`tayotgan shakllari virus hujayra kompleksi oddiy viruslar nuklein kislota va oqsil qobiqdan iborat kapsida shu bilan birga nukleokapsid atamasi ham ishlatiladi. Oddiy virusning struktur birligi nuklein kislotalar va kapsidlardan tuzilgan murakkab viruslar oqsil kapsiddan va nuklein kislotadan tashqari lipoproteinli membrana uglevodlar strukturasi, oqsillar fermentlardan tashkil topadi.
Virus va hujayraning o`zaro ta’siri 3 xil shakli farqlanadi.

1. 
   Mahsuldor infeksiya – bunda zararlangan hujayralarda virion nuklein kislotasi virus uchun maxsus sintezlarni o`tadi va viruslarning yangi avlodini shakllanishiga olib keladi.
   
2. 
   Abortiv infeksiya – avlodlar hosil bo`lmaydi. Oraliq bosqichida reproduksiya sikli buziladi.
   
3. 
   Virogeniya – fag virusining nuklein kislotasi xo`jayin hujayrasiga joylashadi. Virus esa provirus profag holatida bo`ladi. Virusning avtonom reproduksiyasi amalga oshmaydi va virus replikatsiyasi xo`jayin hujayrasining DNK si bilan birgalikda amalga oshadi. Bunday viruslar meyyoriy viruslar deb ataladi. Ularga sinogenli virus va faglarga kiradi hamda ular hujayra mezogeniyasini amalga oshiradi. Mezogenlarda bakteriyalarning profag bilan simbioz kuzatiladi.
   

Ma’lum chastotali mezogenli hujayralar fag qismlarini hosil qiladi va mezogenga uchrashi mumkin. Hujayralar nobud bo`lish va erish xususiyatiga ega.
Bunda kapsid hujayra proteazaga nisbatan ta’sirchanligini namoyon qiladi parchalanadi va nuklein kislota erkin holda ajraladi. Hayvonlarning ko`pgina viruslari hujayraga pinositoz orqali kiradi. Bir xil bakteriofaglarda hujayraga erkin nuklein kislota kiradi.
Viruslar ko`payishini tajribada E.coliga spetsifik bo`lgan 1-faglarda va λ-fagida kuzatish mumkin. Fagning dum qismi hujayraning maxsus retseptoriga yopishadi. Undagi lizotsim fermenti hujayra kobig’ida maxsus teshik hosil qiladi. Fagning ichki qismda DNK ning chiziqli yopishqoq uchlari shaklida joylashgan bo`ladi ular o`zaro komplementar bo`lib bir-biri bilan juftlashishi mumkin. E.coli hujayraning ichiga tushgandan so`ng λ fagining genomi halqasimon joylashadi va bakterial DNK ligaza fermenti yordamida tiklanadi. Hujayraga fag DNK sining o`tkazishidan so`ng infeksiyaning ikki xil alternativ yo`llari yoritilgan – litik va mezogen yo`llari.
Mateit bosqichi davomiyligida infeksiyaning metik yo`lida fag genomi fag DNK sini va fagning oqsilli qobig`ini sintezga majbur qiladi. Ma’lum vaqtdan so`ng bakteriya hujayra qobig`ining yuza qismiga fag yopishgandan so`ng bakteriyalar parchalanadi lizisga uchraydi yangi hosil bo`lgan qismlar erkin holda tashqariga chiqadi va rivojlanishning yangi sikli boshlanadi. Mezogen yo`lida fag DNK ning yopiq halqa sifatida xo`jayin hujayrasining halqasimon xromosomaga integrirlanadi. Bunday hujayralar mezogen deb ataladi. O`tkazilgan fag DNK si esa profag deb ataladi. Profag DNK si hujayraning normal tarkibiy qismi sifatida faoliyat ko`rsatadi. Hujayra bo`linishi davrida fag DNK sining yangi nusxalari hosil bo`ladi.
Hayvonlar hujayralarida viruslar DNK si metik yo`l bilan ko`payishi mumkin. Permissiv hujayralar permissiv bo`lmagan hujayralarda viruslar ko`payishi bloklanadi. Virus DNK si esa ko`payadi birinchi uslubda xo`jayin hujayrasiga genomiga integratsiyasi va u bilan birgalikda replikatsiya bo`lish ikkinchi uslubda virus DNK si plazmida hosil qiladi – halqasimon DNK molekulasida replikatsiya o`tadi.