Gastric cell isolation

Вазифанинг қўйилиши

●
Мавжуд геном йиғиш дастурларини ва уларнинг
натижаларини бирлаштириш усулларини таҳлил қилинг
●
де Брюйн графиги асосида йиғувчилар учун k
параметрини танлашнинг мавжуд усулларини таҳлил
қилиш
●
Маълумотнома бўлмаганда геномик йиғилиш сифатини
баҳолаш ва оптимал k параметрини танлаш усулини
ишлаб чиқиш.
●
Референс бўлмаганда турли хил геном йиғувчиларнинг
иш натижаларини бирлаштириш алгоритмини ишлаб
чиқиш

Танланган геном йиғувчилари

●
A5, Abyss, IDBA, Ray, SOAPdenovo, SPAdes, Velvet
●
Олинган йиғилишлар сифатини қиёсий таҳлил қилишга бағишланган мақолаларда келтирилган
●
графа де Брюйна концепцияси
ишлатилади
●
Очиқ
манба

Маълумотлар тўпламини синовдан ўтказиш

Организм	Encephalitozoon cuniculi	Candida parapsilosis	Saccharomyces cerevisiae S288C
Общая длина	2,497,519	13,078,488	12,157,105
Технология	Illumina HiSeq 2000 paired end	Illumina Genome Analyzer IIx	Illumina MiSeq
GC	47,31	38,68	38,15
Число последовательностей	11 хромосом	8 контигов