Gastric cell isolation

Секвенcлаш
Секвенаторга
юклаш
Геном - бу организмнинг барча ДНК кетма-кетликларнинг тўпламидир, инсон геноми ~ 3 x 10-9 белгилардан иборат.

Геномни йиғиш. Муаммонинг долзарблиги

Молекулярная биология
Янги доривор моддаларни қидириш
Экология
Саратонни
даволаш
Эволюция назарияси
Генетик касалликлар
Палеогенетика
Популяцион геномика

Геномни йиғиш. Муаммо долзарблиги

●
Кўпчилик биоинформатик лойиҳалар геномни йиғишдан бошланади.
"de novo assembly" сўзлар тутган мақолалар сони йил сайин ошмоқда..
●
Pubmed
Web of Science

de novo да геномни йиғиш вазифаларининг мураккаблиги

●
Биологик аспект. Гетерозиготалик, қайтарилишлар,
Бошқа ДНК лар билан ифлосланиши
●
Секвенслаш. Секвенслаш хатоларининг мавжудлиги, фрагмент узунлиги билан бирга хатолар эхтимоллиги
●
Хисоблаш аспекти. Хотирага катта талаблар (юзлаб ГБ катта геномлар учун)
●
Аниқлик. Йиғишнинг тўғрилигини аниқлаб бўлмайди.

Вазифанинг долзарблиги

●
Худди шу маълумотларга кўра, улар бутунлай бошқача жавоб беришади - контиглар тўплами (геномнинг узун қисмлари)
●
Асосий алгоритмик концепция – граф де Брюйна
Турли жавоблар сабаблари: графикни соддалаштириш ва ўқиш филтрлаш учун эвристик алгоритмлар
●

Граф де Брюйн

• Ўқишлар к-ўлчовларга, к-ўлчовларга бўлинади: к белгилар кетма-

кетлиги

• де Брюйна графигининг чўққилари: барча к-ўлчовлар, де Брюйн

графигининг қирралари: ҳаммаси (к + 1) - ўлчовлар, чекка (к + 1)
префикси ва қўшимчасини боғлайди - ўлчов

• Геном - де Брюйне графигидаги Эйлер йўли