Biokimyo va molekulyar biologiya

Aptamerlarning o‘ziga xosligi
Aptamerlarning organizmga tezda moshlashadi hamada ayrim kasalliklarni davolashda keng qo'llanilishi bilan ajralib turadi. Aptamerlarni tanlash uchun eng yaxshi maqsad bu dissotsilanish konstantalari (Kd) katta bo'lgan aptamerlar komplekslarining oqsillari nanomolyar va pikomolyar diapazondagi oqsil nishonlari organizm uchun muqobil variyant hisoblanadi. Turli hil past molekulyar og'irlikdagi Kd odatda 10-6 dan 10-7 gacha bo'lgan aptamerlarning oqsil nishonlariga yuqori sezgirligi quyidagicha izohlanadi bunday komplekslarda aptamerning ta'sir qilish maydoni bilan maqsadli molekula ishlab chiqadi. Aptamerlarning o'xshash oqsillarni ajratish qobiliyati quyidagicha aniqlanadi. Agar aptamer oqsil bilan bog'langan bo'lsa oqsil molekulasiningo'zgaruvchan shaklga keladi, keyin o'zaro ta'siri ko'proq bo'ladi. Masalan OIV-1 virusi oqsilini OIV-2 virusi oqsili tanlab oladi, bu oqsillar faqat 65% gacha o'zgaruvchan bo'ladi . Proteinkinaza C aptamerlari fermentning chambarchas bog'liq izoformasi bilan ta'sir o'tkazadi, atigi 4% ga farq qiladi . Ayrim aptomerlar mutatsiyaga uchragantrombinga ta'siri natijasida ularning nukletidlarini o'zgartirish kiritadi , gepatit C virusi replikatsiyasida va OIV-1 virusining teskari transkriptazasida ishtirok etadi.
Aptamer konformatsiyalari
Aptamerlarning xarakterli xususiyati – ularning ikkinchi darajali strukturaning shakllanishi konservativ motivlarni tahlil qilish ѐrdamida, kompyuter modellashtirish va fermentativ tekshirish asosida o'rganiladi. Aptamerlarning liposomalar bilan o'zaro aloqasi - bu juftlashtirilmagan saytlar oligonukleotidlar. Barqaror ikkilamchi tuzilishga ega bo'lgan joylarda aptomerlarning elementar birligi o'zaro ta'sirini ta'minlash uchun zarur bo'lgan qismlari (oligonukleotid) asosida shakllanadi. Bundaaptamerlarning ko'plab saytlari ma'lumot tashish ekanligini tasdiqlaydi, bu bilan bog'langandan keyingina barqaror konformatsiyaga ega bo'lgan nishonto'qimaga yuboriladi . Aptamer odatda bitta ѐki ikkita strukturaviy shakllarda namoyon bo'ladi. Aptamerlarning o'ziga xos xususiyati juda xilma xilligi bilan bog'liq bo'lgan konformatsiyalar (soch turmalari, psevdo tugunlar va G-kvartetlar) (3-rasm), oligonukleotidlarni, funktsional guruhlarni o'zgartirish hisobiga vodorod ionlarini ko'chirish orqali konfarmatsiyalar hosil qilishda ishtirok etadi hamda elektrostatik va Van der Vaals kuchlari asosida funktsional guruhlar bilan o'zaro ta'siri molekulyardarajada sodir bo'lishi bilan yakunlanadi.



3-rasm. Aptamerlar tomonidan hosil qilingan ikkilamchi tuzilmalar:
1,4 - soch turmaklari, 2 - soxta tugun, 3 - G-kvartet
Proteinli aptamerlar ma'lum tashqi maydonlarini taniydilar bunday aptomerlar – epitoplar deyiladi . Oqsillarning joylashuviga ko'ra aptamerlar, tarkibida mavjud bo'lgan oqsillar holati va oqsillarningaptamerlar tomonidan tan olingan epitopni o'z ichiga olishi mumkin bo'lgan uch o'lchovli modellari ishlab chiqilgan va denanturatsiyaga tez kirushuvchan oqsillar ham aptomer hosil qiladi . Tanlangan ketma-ketliklarning aksariyati bitta va bir xil bo'ladi ѐlg'on tugunli tuzilishga ega va o'zaro ta'sir qiluvchi aptamerlarning bir xil sinfi fermentning tabiiy RNK-bog'lovchi markazi mavjuddir.