Bioinformatika

E’tibor bersangiz jadvalda faqatgina bir dona raqam qoldi, bu ADBFGC va E orasidagi raqam, demak E ushbu filogenetik daraxtda oxirgi bo’lib ADBFGC shoxlariga qo’shiladi. Ularning orasidagi raqamni ikkiga bo’lish orqali shoxlarning uzunligini topiladi. Shox uzunligi ADBFGC shoxlari uchun tadbiq qilishda yuqorida ko’rsatilgan usul qo’llaniladi.

• 
  E’tibor bersangiz jadvalda faqatgina bir dona raqam qoldi, bu ADBFGC va E orasidagi raqam, demak E ushbu filogenetik daraxtda oxirgi bo’lib ADBFGC shoxlariga qo’shiladi. Ularning orasidagi raqamni ikkiga bo’lish orqali shoxlarning uzunligini topiladi. Shox uzunligi ADBFGC shoxlari uchun tadbiq qilishda yuqorida ko’rsatilgan usul qo’llaniladi.
  

Mana shunday qilib UPGMA usuli orqali filogenetik daraxt qurish o’z nihoyasiga yetdi. Ana endi harflar o’rniga organizmlarnign nomini yozib chiqsak, filogenetik daraxtimiz tayyor bo’ladi.

• 
  Mana shunday qilib UPGMA usuli orqali filogenetik daraxt qurish o’z nihoyasiga yetdi. Ana endi harflar o’rniga organizmlarnign nomini yozib chiqsak, filogenetik daraxtimiz tayyor bo’ladi.
  

Filogenetik daraxtga e’tibor bersangiz odam va maymun bir shoxda turibdi, undan keyin ularga eng yaqin holatda it qo’shiladi. Odam, maymun, it sutemizuvchilar sinfiga kirgani bois filogenetik daraxtda bir klada (shox) da joylashganini ko’rish mumkin. Uning oldidagi kladada tovuq va toshbaqa joylashgan, demak ular o’zaro qo’shni, ya’ni qushlar va sudralib yuruvchilar sinfi o’zaro umumiy ajdodga ega ekanligi ko’rinib turadi. Sutemizuvchilar joylashgan klada hamda qushlar va sudralib yuruvchilar sinfi joylashgan klada o’zaro birlashib baliqlar sinfi vakillari bilan umumiy ajdodga ega ekanligini namoyon qilmoqda. Demak umumiy ajdod ikkiga ajraladi, bir tarmoqdan baliqlar, ikkinchi tarmoqdan esa sutemizuvchilar, qushlar va sudralib yuruvchilarning umumiy ajdodi rivojlanadi, keyinchalik esa ikkinchi kladaning umumiy ajdodi divergensiya qiladi, ya’ni ikkiga ajraladi.

• 
  Filogenetik daraxtga e’tibor bersangiz odam va maymun bir shoxda turibdi, undan keyin ularga eng yaqin holatda it qo’shiladi. Odam, maymun, it sutemizuvchilar sinfiga kirgani bois filogenetik daraxtda bir klada (shox) da joylashganini ko’rish mumkin. Uning oldidagi kladada tovuq va toshbaqa joylashgan, demak ular o’zaro qo’shni, ya’ni qushlar va sudralib yuruvchilar sinfi o’zaro umumiy ajdodga ega ekanligi ko’rinib turadi. Sutemizuvchilar joylashgan klada hamda qushlar va sudralib yuruvchilar sinfi joylashgan klada o’zaro birlashib baliqlar sinfi vakillari bilan umumiy ajdodga ega ekanligini namoyon qilmoqda. Demak umumiy ajdod ikkiga ajraladi, bir tarmoqdan baliqlar, ikkinchi tarmoqdan esa sutemizuvchilar, qushlar va sudralib yuruvchilarning umumiy ajdodi rivojlanadi, keyinchalik esa ikkinchi kladaning umumiy ajdodi divergensiya qiladi, ya’ni ikkiga ajraladi.
  
• 
  Umumiy holatda esa umurtqalilar kladasi umurtqasizlar (bizning filogenetik daraxtda – tunlam misolida) bilan umumiy ajdodga ega hisoblanadi. Mana shu tarzda filogenetik daraxtni tahlil qilish mumkin. UPGMA usuli avval boshda aytganimizdek filogenetik daraxt qurishning eng sodda ko’rinishi bo’lib, uning qator kamchiliklari mavjud. Ushbu metod orqali hisoblashda ba’zan organizmlar filogenetik daraxtda begona shoxlarda joylashib qoladi. Hozirgi kundagi eng zamonaviy hisoblangan Maximum-likelihood, Bayesian inference kabi usullar esa bunday kamchiliklarni o’zida bartaraf etganligi bilan ajralib turadi.
  

E’TIBORINGIZ UCHUN TASHAKKUR!!!

• 
  E’TIBORINGIZ UCHUN TASHAKKUR!!!
  

http://hozir.org