Биоинформатика

ЭТАПЫ ВЫПОЛНЕНИЯ МНОЖЕСТВЕННОГО ВЫРАВНИВАНИЯ

В ПРОГРАММЕ MUSCLE

На сегодняшний день наиболее оптимальной и наиболее современной из доступных on-line ресурсов, является программа MUSCLE (http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/). Данное сокращение произошло от полного названия программы - Multiple Sequence Comparison by Log- Expectation. MUSCLE обеспечивает большую точность выравнивания и большую скорость выполнения работы чем ClustalW и T-Coffee. На рисунке 21 представлено окно программы, представленной на браузере веб сервера EMBL-EBI.

Рис. 21 Окно программы MUSCLE на браузере веб сервера EMBL-EBI
2.Для выполнения множественного выравнивания биологических последовательностей в этой программе так же подходит формат FASTA (см. выше). Как и для работы с программой ClustalW, необходимо создать файл с сохраненными в нем FASTA форматами последовательностей. Используем имеющийся у нас набор последовательностей.
3.Опций, которые предлагаются пользователю в этой программе не много:
utput Format – выбор формата для файла содержащего результат множественного выравнивания. Лучше оставить выставленный по умолчанию формат ClustalW, поскольку его воспринимают большинство других биоинформатических ресурсов.

Output Tree – определяет будет ли выводится дерево и после какой итерации;

Output Order - определяет порядок, в котором последовательности появятся в конечном выравнивание (рис. 22).

Рис. 22 Окно программы MUSCLE с выставленными опциями и введенными последовательностями

4. 
   После этого нажимаем Submit. Результат представлен на рисунке 23.
   

Рис. 23. Результат множественного выравнивания аминокислотных последовательностей с помощью программы MUSCLE