Биоинформатика

Один из возможных способов окраски аминокислотных остатков при визуализации множественного выравнивания белковых последовательностей

Цвет	Тип остатка	Аминокислоты
Желтый	Маленькие неполярные остатки	Gly, Ala, Ser, Thr
Зеленый	Гидрофобные	Cys, Val, He, Leu, Pro, Phe, Tyr, Net, Trp
Фиолетовый	Полярные	Asn, Gin, His
Красный	Отрицательно заряженные	Asp, Glu
Синий	Положительно заряженные	Lys, Arg

Как и в случае с нуклеотидными последовательностями, результатом работы кроме выравнивания, будет являться следующие файлы:

Result summary – содержащий таблицу весов (Scores Table);

Phylogenetic Tree – содержащий в скобочной структуру информацию об эволюционном расстоянии между последовательностями;

(
(
(
(
(
sp|Q57LS3|PDXK_SALCH:0.00000,
sp|P40192|PDXK_SALTY:0.00000)
:0.17296,
(
sp|Q3YZC3|PDXK_SHISS:0.00088,
sp|B2TX08|PDXK_SHIB3:0.00266)
:0.15683)
:0.10558,
sp|Q7VYK4|PDXK_BORPE:0.27320)
:0.02987,
tr|Q5H184|Q5H184_XANOR:0.32665)
:0.04278,
sp|O00764|PDXK_HUMAN:0.38477,
(
tr|Q89ZB9|Q89ZB9_BACTN:0.39935,
sp|P39610|PDXK_BACSU:0.41574)
:0.02317);
В данном случае необходимо обращать внимание на то, какую матрицу выбрали в качестве матрицы замен. Этот выбор очень сильно влияет на конечный результат (рис. 20)