Биоинформатика

Наиболее далекими между собой (по количеству эволюционных событий) являются Bacillus subtilis  и Xanthomonas oryzae. Процент идентичности – 7.01 %.
ВЫПОЛНЕНИЕ МНОЖЕСТВЕННОГО ВЫРАВНИВАНИЯ В ПРОГРАММЕ MATLAB

Для выполнения множественного выравнивания в программе MatLab используется команда multialign.

В общем виде программа в Matlab для построения филогенетического дерева выглядит следующим образом:
seqs = fastaread('pf01.fa')– чтение биологических данных из файла в fasta формате
ma = multialign(seqs,'verbose',true) – выполнение множественного выравнивания с включением информации о последовательностях
showalignment(ma) – вывод множественного выравнивания в отдельное окно
Рассмотрим более подробно эти функции.

1. 
   seqs =fastaread(file) – считывает данные из файла в FASTA формате в структуру MATLAB и создает массив данных seqs, включающий в себя бинарную структуру для каждой последовательности с информацией о тесте последовательности и данные об ней (рис. 26). Перед загрузкой данных в рабочую среду Matlab биологические последовательности, полученные из баз банных или других источников, сохраняют в файле с расширением fa в отдельной рабочей директории.
   

Рис. 26 Массив seqs и его структуры в программе Matlab, хранящие тест последовательности и данные об ней

2. 
   multialign – команда, выполняющая прогрессивное множественное выравнивание для набора последовательностей в Matlab
   

Синтаксис

SeqsMultiAligned = multialign(Seqs)
SeqsMultiAligned =multialign(Seqs, 'Weights', WeightsValue)
SeqsMultiAligned =multialign(Seqs, 'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue)
SeqsMultiAligned =multialign(Seqs, 'GapOpen', GapOpenValue)
SeqsMultiAligned =multialign(Seqs, 'ExtendGap', ExtendGapValue)
SeqsMultiAligned =multialign(Seqs, 'Verbose', VerboseValue)