Биоинформатика

Методы, используемые только для аминокислотных последовательностей

Метод	Описание
Poisson	Расчёт ведется, основываясь на предположении, что число аминокислотных замен на каждый сайт соответствует распределению Пуассона
Gamma	Расчёт ведется, основываясь на предположении, что число аминокислотных замен на каждый сайт соответствует Гамма распределению с заданным параметром α.

Примеры использования функции расчета попарного расстояния между последовательностями:
2.1. Используем массив данных seqs, содержащий выбранные для анализа биологические последовательности. Произведем расчет попарного расстояния, между последовательностями используя метод 'Jukes-Cantor', учитываем сайты с пробелами и игнорируя сайты с гепами (gap) 'pairwise-delete'. И с преобразованием входящих данных в квадратную матрицу 'squareform',true.
dist = seqpdist (seqs,'method','jukes-cantor','indels','pairwise-delete','squareform',true)
2.2. Используем массив данных seqs, содержащий выбранные для анализа биологические последовательности. Произведем расчет попарного расстояния, между последовательностями используя метод Jukes-Cantor и используя строку указания типа последовательностями 'Alpha','DNA'
distances = seqpdist(seqs,'Method','Jukes-Cantor','Alpha','DNA');
2.3. Используем массив данных seqs, содержащий выбранные для анализа биологические последовательности. Произведем расчет попарного расстояния, между последовательностями используя метод Jukes-Cantor с учетом точечных мутаций во множественном выравнивании
dist = seqpdist(seqs,'Method','jukes-cantor',….