Биоинформатика

distances = seqpdist(data,'Method','Jukes-Cantor','Alpha','DNA');
UPGMAtree = seqlinkage(distances,'UPGMA',data)
h = plot(UPGMAtree,'orient',’left’);
title('UPGMA Distance Tree of data using Jukes-Cantor model');
хlabel('Evolutionary distance')
При наличии версии Matalb старше 8-ой, возможно построения филогенетического дерева методом «ближайших соседей» (Neighbor-Joining)- йших соседей"ева мее дем рась и, с использованием функции seqneighjoin. Этот метод рассчитывает попарные расстояния с использованием метода максимальной экономии. (maximal parsimony)
NJtree = seqneighjoin(distances,'equivar',data)
h = plot(NJtree,'orient',’left’);
title('Neighbor-Joining Distance Tree of data using Jukes-Cantor model');
xlabel('Evolutionary distance')

4. 
   Визуализация сконструированного объекта в виде филогенетического дерева с помощью функции рlot
   

Синтаксис

plot(Tree)
H = plot(...)
plot(..., 'Orientation', OrientationValue, ...)
Описание
plot(Tree) преобразует объект в фигуру типа филограма или кладограма. Значимые значения узлов филогенетического дерева, отображены в горизонтальном направлении. Вертикальные расстояния являются произвольными и не имеют никакого значения.
plot(..., 'Type', TypeValue, ...) определяет метод для визуализации филогенетического дерева. TypeValue - строка, определяющая способ для рисования филогенетического дерева. Варианты топологии филогенетических деревьев представлены на рисунке 38.
Доступные методы:

Метод	Внешний вид
'square' (default)
'angular'
'radial'
'equalangle'
'equaldaylight’

Рис. 38. Топология филогенетических деревьев, выполненных в программе Matlab c использованием опции TypeValue

plot(..., 'Orientation', OrientationValue, ...) определяет ориентацию корневого узла, и, следовательно, ориентация филограмы или кладограммы на рисунке, когда выбран тип построение 'square' или 'angular'. Доступные атрибуты:

'left' (default) - ориентация слева на право;
'right' – ориентация справа налево;
'top' - ориентация сверху вниз;
'bottom' – ориентация снизу вверх.