Asosiy qism kirish I bob. Drug design-dori vositalari

Dori vositalarini kompyuter yordamida loyihalash

Dori-darmonlarni loyihalashda eng asosiy maqsad ma'lum bir molekula nishonga bog'lanadimi yoki yo'qmi, agar shunday bo'lsa, qanchalik kuchli bo'lishini taxmin qilishdir. Molekulyar mexanika yoki molekulyar dinamika ko'pincha kichik molekula va uning biologik maqsadi o'rtasidagi molekulalararo o'zaro ta'sir kuchini baholash uchun ishlatiladi. Ushbu usullar kichik molekulaning konformatsiyasini bashorat qilish va kichik molekula unga bog'langanda sodir bo'lishi mumkin bo'lgan maqsaddagi konformatsion o'zgarishlarni modellashtirish uchun ham qo'llaniladi. [3] [4] Yarim empirik , ab initio kvant kimyosi usullari yoki zichlik funktsional nazariyasi ko'pincha molekulyar mexanika hisob-kitoblari uchun optimallashtirilgan parametrlarni ta'minlash uchun ishlatiladi, shuningdek, bog'lanish yaqinligiga ta'sir qiladigan dori nomzodining elektron xususiyatlarini (elektrostatik potentsial, qutblanish va boshqalar) baholashni ta'minlaydi. [23]
Bog'lanish yaqinligini yarim miqdoriy bashorat qilish uchun molekulyar mexanika usullari ham qo'llanilishi mumkin. Bundan tashqari, bilimga asoslangan skorlama funktsiyasi majburiy yaqinlik baholarini ta'minlash uchun ishlatilishi mumkin. Ushbu usullar chiziqli regressiya , mashinani o'rganish , neyron tarmoqlari yoki boshqa statistik usullardan kichik molekula va maqsad o'rtasidagi hisoblash natijasida olingan o'zaro ta'sir energiyasiga eksperimental yaqinliklarni moslashtirish orqali bashoratli bog'lanish tenglamalarini olish uchun foydalanadi. [24] [25]
Ideal holda, hisoblash usuli birikma sintez qilinishidan oldin yaqinlikni bashorat qila oladi va shuning uchun nazariy jihatdan faqat bitta birikma sintezlanishi kerak, bu juda katta vaqt va xarajatlarni tejaydi. Haqiqat shundaki, hozirgi hisoblash usullari nomukammal va eng yaxshi holatda faqat yaqinlikning sifat jihatidan aniq bahosini beradi. Amalda optimal dori topilgunga qadar dizayn, sintez va sinovning bir necha iteratsiyasi talab etiladi. Hisoblash usullari talab qilinadigan iteratsiyalar sonini kamaytirish orqali kashfiyotni tezlashtirdi va ko'pincha yangi tuzilmalarni taqdim etdi. 
Kompyuterlar yordamida dori vositalarini loyihalash dori vositalarini topishning quyidagi bosqichlaridan birida qo‘llanilishi mumkin:

1. 
   virtual skrining yordamida zarba identifikatsiyasi (tuzilma yoki ligandga asoslangan dizayn)
   
2. 
   yaqinlik va selektivlikni eng yaxshi optimallashtirish (tuzilmaga asoslangan dizayn, QSAR va boshqalar).
   
3. 
   yaqinlikni saqlab qolgan holda boshqa farmatsevtik xususiyatlarni optimallashtirish