Abdullayeva Barnoning "bioinformatika"

Salomatlik va kasalliklarda gen ekspressiyasi

Sog'lom to'qimalarda gomeostaz hujayralar kundalik hodisalar bilan shug'ullanish uchun mexanizmga ega bo'lishini ta'minlaydigan va bundan tashqari bizning farovonligimizni ta'minlaydigan genlarning ifodasiga bog'liq. Biroq, hujayradagi genlarni ifodalash darajasidagi tekshirilmagan o'zgarishlar ko'pincha saraton kabi kasallik jarayonining boshlanishi va rivojlanishiga olib keladi. Shuning uchun kasallik to'qimalarida va normal to'qimalarda qanday genlar yoqilgan va o'chirilganligini aniqlash va solishtirish zamonaviy biotibbiyot tadqiqotlarida o'ziga xos xususiyatdir. Bu erda tasvirlangan yondashuvlardan foydalanib, kasallikka xos bo'lgan va kasallik jarayonini boshqaradigan genlar guruhlarini aniqlash mumkin. Bunday genlar, shuningdek, ushbu zaiflashtiruvchi kasalliklarni engish bo'yicha harakatlarimizda yangi terapiya uchun jozibali maqsadlarni taqdim etishi mumkin. Genom ketma-ketligidan olingan keng qamrovli ma'lumotlar tufayli, Ushbu usullarning aksariyati ma'lum va noma'lum genlarning ESTlarini chiqaradi. Shuning uchun ma'lum yoki yangi genlar keyingi tadqiqotlar uchun ustuvor ahamiyatga ega bo'ladimi, bu individual foydalanuvchiga bog'liq.

Saraton bilan bog'liq genlar

Saraton irsiy kasallikdir. Ifoda profilini yaratish kuchli genomik vosita sifatida saraton molekulyar tibbiyoti va saraton tadqiqotlarida katta va'da beradi. Buning sababi shundaki, saraton murakkab poligen va multifaktorial kasallik bo'lib, hujayralar genomidagi ketma-ket o'zgarishlar va o'simta va xost hujayralarida molekulyar o'zgarishlarning to'planishi natijasida yuzaga keladi. Bunday genetik o'zgarishlar proliferatsiya, differentsiatsiya, hujayra sikli, DNKni tiklash va apoptoz kabi tartibga solish yo'llari va hujayra jarayonlariga ta'sir qiladi, shuningdek, genetik beqarorlik, o'sma paydo bo'lishi, malignite va invaziv va dori-darmonlarga chidamli fenotipga olib kelishi mumkin. Shu sababli, o'smalarning molekulyar xatti-harakatlarini tushunish ularning molekulyar tasnifiga yordam beradi va terapevtik yondashuvlar bo'yicha qaror qabul qilishga yordam beradi.
Transkripsiya profilining hisoblash usullari saraton biologiyasining barcha jihatlarini yanada chuqurroq tushunish uchun qo'llanildi. Masalan, yuqori darajada ifodalangan genlarning identifikatsiyasi muhim ma'lumotlarni taqdim etishi mumkin, bu bizning o'simta paydo bo'lishi haqidagi tushunchamizni kuchaytirishi yoki biomarkerlar yoki malign o'zgarishlarning prognostik belgilari bo'lib xizmat qilishi mumkin. DDD ko'krak, yo'g'on ichak, o'pka, tuxumdonlar, oshqozon osti bezi va prostata saratoni kabi turli xil saratonlarda gen ifodasini tekshirish uchun ishlatilgan. Scheurle va boshqalar tomonidan olib borilgan tadqiqotda bu saratonlar o'xshash ifoda profillarini baham ko'rishi aniqlandi, bu tushuncha RT-PCR kabi boshqa laboratoriya usullari yordamida isbotlangan.Silikon usullarda kallikrein genlari aniqlangan, KLK6 va KLK10 kolorektal, oshqozon osti bezi va tuxumdon saratoni.
Shunchaki genlarning ro'yxatini aniqlash va tuzishdan tashqari, ko'plab tadqiqotlar, mos ravishda oshqozon va yo'g'on ichak saratonini o'rganuvchi so'nggi ikkita tadqiqotda ko'rsatilgandek , silikada aniqlangan genlar funktsional ahamiyatga ega ekanligini ko'rsatdi. Ushbu tadqiqotlarda DDD yordamida differentsial tarzda ifodalangan genlar o'simta hujayralari biologiyasining hujayra proliferatsiyasi va bostirib kirishi kabi asosiy jihatlarida muhim ahamiyatga ega ekanligi tasdiqlandi. Ikkala tadqiqotda ham o'zgartirilgan gen ifodasi ex vivo yordamida PCR bilan tasdiqlanganoddiy to'qimalarga nisbatan saraton to'qimalari. RNK gen ekspressiyasini yo'q qilish uchun ishlatilgan, bu o'simta hujayralarining ko'payishi va invaziyasini kamaytirishga olib keldi. DDD yaqinda promotor o'xshashligi bo'lgan genlarni aniqlash uchun ishlatilgan va shuning uchun kolorektal saraton bilan birgalikda tartibga solinadi. Xuddi shunday, yaqinda DGED yordamida oshqozon saratonida pastga regulyatsiya qilingan genlar aniqlandi. Yanglin va boshqalar tomonidan olib borilgan ushbu tadqiqotda KCNE2, pastga regulyatsiya qilingan gen, oshqozon saratoni bilan bog'liq yangi gen sifatida aniqlandi. Bundan tashqari, KCNE2 ning funktsional ahamiyati ta'kidlangan, buning natijasida haddan tashqari ekspressiya o'sishni inhibe qilgan. Yaqinda o'tkazilgan tadqiqot turli xil o'sma turlarining to'qimalariga xos gen ifodasini ko'rsatdi. Dennisva boshqalar SAGE va DDD dan turli xil o'sma turlarining markerlari sifatida ishlatilishi mumkin bo'lgan turli xil o'sma turlarining ifoda naqshlarida qat'iy farqlarni ko'rsatish va bemorning prognozi va optimal, moslashtirilgan terapiyani yaxshiroq baholash uchun foydalangan. Dennis va boshqalar tomonidan o'tkazilgan tadqiqot, shuningdek, yangi potentsial o'sma belgilarini aniqladi. Lipofilin B ko'krak va tuxumdonlar saratoni bilan cheklanganligi aniqlangan, glutation peroksidaza 2 esa yo'g'on ichak va oshqozon osti bezi saratonida ayniqsa kuchaytirilgan.
Saratonning oxirgi bosqichlari bilan bog'liq genlarni aniqlash uchun SAGE dan foydalanish yaqinda ko'rsatildi. Shen va boshqalar tomonidan olib borilgan tadqiqotda rivojlangan ko'krak saratoni ifodasi yaxshi xulqli to'qimalar kutubxonalari bilan taqqoslandi va ko'krak adenokarsinomasi bilan bog'liq bo'lgan ellik uchta differentsial ifodalangan genlarni aniqlash uchun, ularning bir qismi RT tomonidan muvaffaqiyatli tasdiqlangan. PCR. Xuddi shunday, ko'krak metastazlari bilan bog'liq genlar SAGE yordamida aniqlangan . Ko'krak bezi saratoni rivojlanishida estrogenning roli SAGE yondashuvi yordamida aniqlangan. SAGE tahlili yaqinda oshqozon saratoni biomarkerlarini aniqlash uchun ishlatilgan. Yasui va boshqalar tomonidan o'tkazilgan tadqiqotda SAGE uchta toifadagi differentsial ifodalangan genlarni aniqlash uchun ishlatilgan; me'da saratonida me'da shilliq qavatiga nisbatan me'da saratonida, erta bosqichdagi kasallik bilan solishtirganda rivojlangan me'da saratonida va birlamchi o'smalarga nisbatan limfa tugunlarida metastazda. Keyinchalik diagnostikada foydalanish uchun ushbu genlarni ifodalovchi 395-elementli cDNK mikromassivi ishlab chiqarilgan. Yasui va boshqalar tomonidan o'tkazilgan tadqiqot silico gen ifodasi profilini tarjima qilishda qo'llanilishini ifodalaydi .
Bcl-x2 yangi jigar saratoni bilan bog'liq gen sifatida aniqlangan jigar saratoni, shu jumladan jigar saratonini tavsiflash uchun silico EST profillash usullarida qo'llaniladigan yaqinda o'tkazilgan tadqiqot. Xuddi shunday, SAGE va mikroaray tahlilining kombinatsiyasi siydik pufagi saratonining biomarkerlarini aniqlash uchun ishlatilgan. Vang va boshqalar tomonidan olib borilgan ushbu tadqiqotda UCA1 kasallikning o'ziga xos va sezgir biomarkeri sifatida aniqlandi, bu siydik pufagi saratoni bilan kasallangan bemorlarning siydigida aniqlanishi mumkin. Boshqa bir tadqiqotda ko'krak saratonida aneksin A1 ifodasining yo'qolishini aniqlash uchun CGAP EST kutubxonalarining siliko tahlili bilan birgalikda mikroarray tahlilidan foydalanilgan. Ushbu tadqiqot va bu erda keltirilgan tadqiqotlar saratonni aniqlash va kasalliklarni tasniflashda klinik ahamiyatga ega bo'lgan biomarkerlarni topishda silico strategiyalarining ahamiyatini ko'rsatadi.