Ushbu algoritmlardan biri, SAGEmap, SAGE ma'lumotlarini sharhlash uchun maxsus ishlab chiqilgan onlayn vositadir. Har qanday manbadan olingan SAGE ma'lumotlari ushbu omborga yuborilishi mumkin va shuning uchun turli xil manbalardan olingan SAGE ma'lumotlari o'rganilishi mumkin. SAGEmap-da ommaviy to'qimalardan va turli turlarning hujayra liniyalaridan olingan SAGE ma'lumotlari to'plangan. Barcha SAGE ma'lumotlari, shu jumladan to'qimalar turi, omonatchi va to'qimalarning har qanday davolanishi haqida ma'lumotlar mavjud. Ayrim SAGEmap teglar kutubxonalarini solishtirish maxsus to'qimalar kutubxonalarida differensial ifodalangan teglar ro'yxatini taqdim etish uchun amalga oshirilishi mumkin. SAGEmap NCBI tomonidan qo'llab-quvvatlanadigan foydalanuvchilarga qulay vosita bo'lib, tez-tez yangilanib turadi. Biroq, SAGEmap bilan bog'liq kamchiliklardan biri shundaki, teg ishlab chiqarish bilan bog'liq bir martalik ketma-ketlik tufayli bitta soniga ega teglar chiqarib tashlanadi. Bu ko'p miqdorda teglarga ozgina ta'sir qiladi (ya'ni bir nechta hisoblar) lekin bittadan kam bo'lgan teglar yo'qolishiga olib kelishi mumkin. Shunga qaramay, yuqori sonli teglarni o'z ichiga olgan bunday tahlil statistik ahamiyatga ega bo'lgan farqlarni osongina aniqlash imkonini beradi.
X profil yaratuvchisi
cDNA XProfiler ikkita kutubxona hovuzi o'rtasida gen ifodasini solishtiradigan yana bir vosita bo'lib, bu erda har bir hovuz bitta kutubxona yoki bir nechta kutubxonalar guruhi bo'lishi mumkin. Masalan, foydalanuvchi kasal o'pka to'qimasini sog'lom o'pka to'qimasi bilan solishtirishi mumkin yoki bundan tashqari, foydalanuvchi ikki xil turdagi kasal o'pka to'qimasini solishtirishi mumkin. Gen kutubxona hovuzida "mavjud" bo'lishi uchun ushbu gen uchun UniGene klasterida kamida bitta EST ketma-ketligi bo'lishi kerak. XProfiler har bir hovuzda topilgan barcha genlarni sanab o'tadi va ularni noyob yoki noyob bo'lmagan deb tasniflaydi. XProfiler ularni qo'shimcha ravishda ma'lum yoki noma'lum genlarga tasniflaydi. Natijalar nihoyat ushbu genlar ikkala hovuz o'rtasida qanday taqsimlanganligini ko'rsatish uchun jadvalga kiritilgan.
CGAP XProfiler onlayn vositasidan odatiy chiqish. Ushbu misolda ko'krak bezi saratoni to'qimalari oddiy to'qimalar bilan taqqoslanadi. Ushbu namunaviy taqqoslash 2006 yil 21 oktyabrda qilingan.
Birinchidan, foydalanuvchi har bir hovuz uchun to'qimalar turlarini (kelib chiqish organini) tanlaydi. Keyin foydalanuvchi har bir hovuz uchun qanday to'qimalarni tayyorlash metodologiyasini qo'shishni xohlashini hal qiladi (masalan, hujayra chizig'i, ommaviy to'qimalar, mikrodisseksiyalangan va hokazo). Keyingi qadam qiziq bo'lgan kutubxona protokolini tanlashdir (masalan, normallashtirilgan kutubxonalar, ajratilgan kutubxonalar va boshqalar). Keyin foydalanuvchi har bir hovuzga qanday toʻqima gistologiyasi kiritilishini hal qiladi (masalan, bitta hovuzdagi normal toʻqima va boshqasida saraton toʻqimasi) va nihoyat hovuzlar nomlanadi va soʻrov yuboriladi.
X-Profiler hovuzlarni foydalanuvchi talablariga mos keladigan kutubxonalar bilan to'ldiradi. Keyin hovuzlar ko'rib chiqilishi va kerak bo'lganda o'zgartirilishi mumkin. Tekshiruvdan so'ng hovuzlar taqqoslash uchun taqdim etiladi.
Natijalar sahifasida uchta ma'lumot to'plami mavjud:
Ushbu tahlil uchun UniGene Build raqami.
Har bir kutubxona to'plamiga havolalar.
Gen ifodasini taqqoslash natijalari jadval shaklida bo'ladi.
Gen ifodasi o'zgarishi qiziqishlar hajmiga ko'ra noyob yoki noyob bo'lmagan deb tasniflanadi. Noyob genlar uchun mumkin bo'lgan natijalar o'z ichiga oladi.
Birinchi hovuz geni faqat birinchi hovuzda topiladi.
Ikkinchi hovuz geni faqat ikkinchi hovuzda topiladi.
Birinchi hovuz yoki ikkinchi hovuz Ikkala hovuzdagi genlarning umumiy soni. Bu genlar hovuzda yoki ikkalasida ham topiladi, lekin boshqa kutubxonada emas.
Birinchi hovuz va ikkinchi hovuz genlari ikkala hovuzda ham topilgan, lekin boshqa kutubxonada emas.
Shunday qilib, ikkala hovuz o'rtasida ifodasi sezilarli darajada o'zgargan barcha genlarni aniqlash mumkin (masalan, oddiy va saratonli ko'krak to'qimalari alohida hovuzlar sifatida, shuning uchun ko'krak saratonida o'zgargan genlarni aniqlaydi). 2 -rasmda ushbu misol solishtirishdan olingan natijalar ko'rsatilgan.
