9- seminar. Oqsil molekulalarida gomologik domenlarni izlash Protein domeni oqsilning uchinchi darajali tuzilishining elementi bo'lib, u ancha barqaror va mustaqil protein substruktsiyasi bo'lib

strukturaviy xususiyatlar uzoq vaqt saqlanib turadi. Ushbu qoidadan 
istisnolar bormi? 1 ga teng ehtimollik bilan umumiy ajdodlari bo'lgan, ammo 
muhim tarkibiy farqlarga ega bo'lgan oqsillarning mavjudligi mumkinmi?
Strukturaviy o'xshashlikni oqsil domenlarining birliklarida tavsiflash 
mumkin. SCOP ma'lumotlariga ko'ra, agar ikkilamchi strukturaning asosiy 
elementlari bir-biriga mos keladigan va bir xil nisbiy yo'nalishga ega bo'lsa, 
oqsillar bir xil domenga ega. Haqiqiy oqsillarga ushbu ta'rifni qo'llash, 
qaysi elementlarni asosiy deb hisoblash kerakligini hal qilishda mumkin 
bo'lgan sub'ektivlik tufayli tartibsizlikka olib kelishi mumkin. Shunga 
qaramay, oqsillarni qiyosiy tahlilidan foydalanib, muntazam ravishda sodir 
bo'ladigan va (β a) -barrel, OB-katlama, immunoglobulin va Rossman stakasi 
singari o'xshash tarkibiy qismlarni aniqlash mumkin edi. Ammo aksariyat 
hollarda, oqsillarning uchlamchi tuzilishini aniqlash taxminan yuz beradi va 
hatto mutaxassislar turli xil oqsillarga muayyan turdagi katlamni tayinlashda 

---

xato qilishadi. Amaldagi mezon noaniq bo'lishi mumkin va ko'pincha nafaqat 
tarkibiy ma'lumotlarga, balki tegishli oqsillarning evolyutsion va funktsional 
xususiyatlari to'g'risidagi ma'lumotlarga ham asoslangan bo'lishi mumkin. 
Quyida faqat strukturaning ma'lumotlariga asoslangan stackinglarni aniqlash 
usullari ko'rib chiqiladi. Shunga o'xshash uslubga ega bo'lgan oqsillar 
umumiy ajdodlarga ega bo'lishi shart emas. \
Tuzilishdagi o'xshashliklar mustaqil ravishda paydo bo'lishi mumkin, 
masalan, ikkilamchi struktura elementlari uchun ruxsat berilgan mekansal 
moslashuvlarning cheklanganligi tufayli. Ammo buning teskarisi ham