7 Ma’ruza Epigenetika va epigenomika

Epigenetik modifikatsiya turlari, DNK metilatsiyasi, genotipik metillanish, gen metilatsiyasi,
Birinchi ma'lum bo'lgan epigenetik modifikatsiya DNK metilatsiyasi edi. DNK metilatsiyasi - bu DNKdagi nukleotidlarga metil guruhining qo'shilishi. Ushbu reaktsiyani katalizlovchi fermentlar DNK metiltransferazalari deb nomlanadi. DNK metilatsiyasi barqaror va irsiy modifikatsiya bo'lsa-da, DNKdan metil belgilarini olib tashlaydigan fermentlar mavjud (DNK demetilazlari [en]). Eukariotlarda metil guruhi ko'pincha DNKdagi sitozinning azotli asosining beshinchi uglerod atomiga qo'shilib, 5-metilsitozin[en] yoki 5mC hosil qiladi (qoida tariqasida, CpG orollari[en] tarkibida sitozin bo'ladi. qoldiqlari guanin qoldiqlariga tutashgan) [3].
Metilatsiyaga uchragan nukleotidlarning joylashuvi turlar va hatto bir xil organizm hujayralari orasida sezilarli darajada farq qiladi. Hayvonlar DNK metilatsiyasini turli yo'llar bilan ishlatadilar; Shunday qilib, umurtqali hayvonlarda DNK metilatsiyasi darajasi juda yuqori, umurtqasizlarda esa o'rtacha qiymatlarga ega. Ba'zi organizmlarda, masalan, Caenorhabditis elegans nematodasida 5mC va DNK metiltransferazalari butunlay yo'q. Ehtimol, bu holatlarda DNK metilatsiyasining rolini boshqa mexanizmlar o'ynaydi.
2. «Epigenetik soatlar», genom DNKni bisulfitli ishlash, bisulfit sekvenslash, Metilspetsifik PZR (MSP), gistonlarni modifikatsiyalash turlari (atsetillash, metillash, fosforillash, ubikvitinillash va boshqalar).
Epigenetik soat - bu to'qima, hujayra yoki organning biologik yoshini aniqlaydigan epigenetik DNK belgilari to'plami. Epigenetik soatning eng mashhur namunasi Stiv Horvatning soati bo'lib, u inson genomining 353 epigenetik belgilarini hisobga oladi[1][2][3]. Epigenetik soatning boshqa versiyalari ham ishlab chiqilgan: uchta CpG dinukleotidining metillanishiga asoslangan K. Vaydner soati[4], I.Florat soati[5], G.Gannumning kompleks soati va C.Juliani soati, indikator. shundan dentin DNK namunalarida uchta genning metilatsiyasidan hisoblanadi.