10-Amaliy mashg‘ulot. Mavzu: Biologik makromolekulalarni vizualizatsiya qilish dasturlari. Dars maqsadi

Bepul molekulyar vizualizatsiya dasturlari. Mashhur bepul molekulyar vizualizatsiya dasturiy paketlariga misollar:

• 
  Jmol , java-ga asoslangan ochiq manbali dastur mustaqil yoki applet shakllarida mavjud. Applet Proteopedia-da va Molecular Workbench bepul o'quv dasturida qo'llaniladi . Jmoldan samarali foydalanish buyruq skript tilini o'rganishni talab qiladi.
  
• 
  FirstGlance in Jmol , Jmol uchun ochiq manbali foydalanuvchi interfeysi Nature jurnalidagi maqolalarda yangi makromolekulyar tuzilmalar haqida xabar beruvchi 3D View havolalarida foydalaniladi. Proteopedia-ning avtomatik ravishda ekilgan sahifalarida ( PDB kodi bilan sarlavhali sahifalar) Jmol in First Glance-da strukturani yanada o'rganish uchun havolalar mavjud . Jmoldagi FirstGlance hech qanday holatda Jmoldagi barcha quvvatdan foydalanmasa ham, u makromolekulaning asosiy strukturaviy xususiyatlarini hech qanday buyruq skripti tilini o'rganmasdan ko'rsatadi . Ko'proq ...
  
• 
  Chimera (faqat notijorat maqsadlarda foydalanish uchun bepul).
  
• 
  Kinemages, Mage va KiNG (KiNG = Kinemage, Keyingi avlod) molekulyar tuzilishga muallifning nuqtai nazarini taqdim etish uchun mo'ljallangan. Ular ixtisoslashgan sohalarda ustunlik qiladi, lekin umumiy maqsadli vizualizatsiya uchun maqbul emas. KiNG Proteopedia-da ishlatilishi mumkin; misolini Gemoglobin #Gemoglobin_subbirligi_bog'lash_O₂ da ko'rish mumkin .
  
• 
  RasMol , 1993 yilda chiqarilgan ochiq manbali mustaqil dastur va hali ham mashhur. RasMol-dan samarali foydalanish buyruq skript tilini o'rganishni talab qiladi.
  
• 
  Protein Explorer , Chime uchun keng va kuchli ochiq manbali foydalanuvchi interfeysi . 2009-yilda Protein Explorer-ning quvvati va foydalanish qulayligini birlashtirgan boshqa hech narsa mavjud bo'lmasa-da, Chime brauzer plaginini o'rnatish va ishlatish bilan bog'liq qiyinchiliklar tufayli u ishlatilmaydi. Jmol hozirda ancha kuchliroq va ishga kirishish osonroq bo'lgani uchun, ayniqsa OS X da, Protein Explorer-ga texnik xizmat ko'rsatish 2007 yilda to'xtatildi. Protein Explorer-ni Jmol bilan amalga oshirish boshlandi , ammo bu loyiha boshlang'ich bosqichida. (Ko'ngillilar kerak!)
  
• 
  Chime , 1996-yilda chiqarilgan bepul brauzer plagini, endi uning o'rniga Jmol . Ochiq manba emas.
  
• 
  Molsoft tomonidan ishlab chiqarilgan ICM-brauzer va bepul ActiveICM plagini endi Molecular and Cellular Proteomics Journal va PLoS (Public Library of Science) jurnallarida takomillashtirilgan tarkibni ko'rish uchun ishlatiladi , masalan, kengaytirilgan versiyada ko'rish mumkin. brauzer va alohida Datapack bilan ushbu misol maqola . Yuklab olish va/yoki plaginni talab qiladi. Ochiq manba emas.
  
• 
  HOLLOW mustaqil molekulyar vizualizatsiya dasturi emas; ammo oqsillarning sirt tasvirlarini ishlab chiqarishni osonlashtiradi. Siz PDB faylini kiritasiz va oqsil bo'shliqlari va kanallarining "quymasini" tashkil etadigan qo'g'irchoq suv atomlarining PDB faylini olasiz.
  
• 
  RINalyzer Protein ma'lumotlar bankidagi PDB fayllarida saqlanadigan oqsilning uch o'lchovli tuzilishidan tuzilgan qoldiq o'zaro ta'sir tarmoqlarini (RIN) tahlil qilish va vizualizatsiya qilish imkonini beradi. RINalyzer bir vaqtning o'zida, interaktiv 2D vizualizatsiya va RINni Cytoscape'da , UCSF Chimera vizulizatsiya/modellashtirish tizimida ko'rsatilgan molekulyar 3D strukturasi bilan birgalikda o'rganish imkonini beradi. Cytoscape - molekulyar o'zaro ta'sir tarmoqlarini tahlil qilish va vizualizatsiya qilish uchun bepul, ochiq kodli dasturiy platforma. Har qanday PDB yozuvi uchun RIN ma'lumotlarini PDB kodidan foydalanib yuklab olish mumkin , muqobil ravishda RING veb-serveridan RIN yaratish uchun foydalanish mumkin.
  

  Jmol First Glance dasturi. Proteopediadagi har bir molekula molekula ostidagi havoladan foydalangan holda (1d66 kabi PDB kodi bilan sarlavhalangan sahifalarda ) Jmolda First Glance - da o'rganilishi mumkin .Jmol-dagi FirstGlance-ga to'g'ridan-to'g'ri kirganingizda , istalgan PDB kodini kiritishingiz yoki kompyuteringizdan PDB faylini yuklashingiz mumkin, masalan, AlphaFold tomonidan bashorat yoki homologiya modeli .FirstGlance in Jmol ( firstglance.jmol.org ) bu veb-brauzerda on-layn rejimda ishlaydigan ochiq, ochiq manbali, makromolekulyar vizualizatsiya dasturiy taʼminot toʻplami. 

• 
  narvon zinapoyalari
  
• 
  to'ldirilgan halqali atom tasvirlari
  
• 
  "lolipoplar" bo'lib, unda asoslar ellipsoidlar va shakarlar naychalar sifatida ko'rsatilgan.
  

Bazalar, shuningdek, yo'nalishni ko'rsatish uchun bo'rtmalari bo'lgan yoki bo'lmasdan qutilar yoki elliptik naychalar sifatida ko'rsatilishi mumkin. Maxsus tasvirlarning ranglari mos keladigan atomlarga mos kelishi uchun avtomatik ravishda yangilanadi.