1-mavzu. Bioinformatika faniga kirish. Bioinformatika fanining rivojlanish tarixi va bioinformatika fani istiqbollari

NCBI ma’lumotlar bazasida makromolekulalar ketma –ketliklarini taqqoslashga mo’ljallangan BLAST dasturiga kirishning umumiy ko’rinishi.


Clustal dasturi va unda ishlash tartibi. Ko’p miqdordagi ketma – ketliklarni taqqoslash uchun Clustal dasturi keng qo’llaniladi. Clustal tipidagi birinchi dastur seriyasi 1988 yilda D.Xiggins tomonidan ishlab chiqilgan. Keyinchalik D.Feng, R.Dullitl va V.Teylorlar tomonidan takomillashtirilgan. 1992 yilda Clustal dasturining ikkinchi avlodi Clustal V paydo bo’ldi va 1994 yilda ishlab chiqilgan uchinchi avlod Clustal W dasturi takomillashtirilgan algoritmlarning hisobiga juda ham qulay ishlash interfeysiga ega bo’ldi. Aytish lozimki, bu avlod dasturining qulayligi taqqoslanuvi ketma – ketliklarning FASTA formati ko’rinishida berilishi bilan belgilanadi. Clustal dasturining uchinchi avlodi ko’plab serverlar orqali (www.pbil.ibcp.fr, http://www.ebi.ac.uk) ikki xil ko’rinishda, interfaol va pochta tartibida beriladi. Interfaol ko’rinishda foydalnuvchi natijalarni kutish orqali qabul qiladi. Pochta tartibida ishlanganda esa natijalar foydalanuvchining elektron manziliga (ketma – ketliklar soni ko’p miqdorda bo’lganda) jo’natiladi. Clustal dasturida ishlash uchun birinchi navbatda o’rganilayotgan aminokislotalar yoki nukleotidlarning ketma – ketliklarini mumkin bo’lgan mavjud 7 ta serverlarning biridan (NBRF/PIR, EMBL/SWISS-PROT, Pearson/FASTA, Clustal(*aln), GCG/MSF(Pileup), GCG9/RSF, GDE) olish kerak. Bu holatlarda ko’proq FASTA formatidan foydalaniladi. Kiritilayotgan ketma –ketliklarning umumiy uzunligi www uchun 40000, e-mail serverlari uchun esa 60000 dan ortmasligi talab etiladi. Juftlik taqqoslanishlarida o’rganilayotgan ketma – ketliklarning barcha juftliklari taqqoslanadi. Bundan tashqari Clustal dasturi taqqoslanayotgan ketma – ketliklarning filogenetik munosabatlarini ko’rsatuvchi dendrogrammalarni tuzish uchun ham qo’llaniladi.





3-MAVZU. ZAMONAVIY BIOINFORMATSION MA’LUMOTLAR BAZALARINING TIPLARI..


Reja:
1. Zamonaviy molekulyar – genetik ma’lumotlar bazalari va ularning umumiy tuzilishi
2. Odam genomi ketma ketligini aniqlash bo’yicha “Odam genomi” loyihasi haqida
3. Turli organizmlar genomining xaritalanishi bo’yicha ma’lumotlar bazalari


Tayanch so’zlar: GenBank, identifikator, nukleotidlar ketma-ketligi, organizmning klassifikatsiyasi, European Molecular Biology Laboratory, tRNK, iRNK, BLAST, DNA Data Bank of Japan, NCBI