1. Mass-spektroskopiyaning boshqa spektroskopikk usullardan asosiyfarqi

Metastabil ionlar
Ionlanish xonasida namunaga elektron oqimining kuchli ta’siri natijasida hosil bo‘lgan ayrim ionlar metastabil xususiyatga ega. Ularning ionlanish xonasidan chiqib ketishi qarorli bo‘lib, ayrimlari kollektorga (ionlar dastasi tomonidan keltirayotgan zaryadlarni to‘plovchi elektrod) etmasdan ham dissotsiatsiyalanishi mumkin. Bu ionlarning ayrimlari boshlang‘ich massasi M₁ bo‘lgan holda kollektorga parchalanmasdan etib olishi mumkin, ammo ayrimlari ionlanish xonasidan chiqishdan avval parchalanish xususiyatiga ega. SHunday qilib, mass-spektrda metastabil o‘tishlarga xos bo‘lgan, boshlang‘ich va oxirgi ionlarning cho‘qqilari namoyon bo‘ladi. Metastabil ionlarning boshlang‘ich va oxirgi massalarini aniqlash molekula tuzilishi to‘g‘risida xulosa qilishgaimkon beradi.
Masalan, metanol va uni deyteriy o‘rin almashgan hosilasining spektrida quyidagi metastabil ionlar ko‘rinadi:

Amin mass-spektrida aminli bo‘laklardan iborat bo‘lgan metastabil ionlar mavjud.

Agar massasi M₁ ion parchalanib massasi M₂bo‘lgan ion hosil qilsa mass-spektrda metastabil ion namoyon bo‘lib, yning massasi ga teng. SHunday qilib, spektrda massasi M* bo‘lgan metastabil ionning topilishi boshlang‘ich ion massasi va undan hosil bo‘lgan ion massasi M₂ ni aniqlashda imkon beradi. Masalan, toluol mass spektrida me 91 (C₇H₇) va me 65 (C₅H₅) intensiv ion cho‘qqilari namoyon bo‘ladi; shu bilan birga meq46,8 ga teng metastabil ionning hosil bo‘lishi (46,4q65²91) shuni tasdiqlaydiki, ya’ni massasi 65 bo‘lgan ion massasi 91 bo‘lgan iondan hosil bo‘lishi uchun boshlang‘ich iondan massasi 26 ga teng bo‘lgan zarracha (S₂N₂) chiqib ketishi lozim ekan.
Qaytadan guruxlanuvchi ionlar
Aksariyat birikmalar mass-spektrda zaryadlangan yoki zaryadlanmagan bo‘lakchalar hosil qiladi, ammo ularning spektrda namoyon bo‘lishini ko‘p hollarda bog‘larning oddiy uzilishi yordamida tushuntirish qiyinchilik tug‘diradi. Bunday ionlar dissots.jarayonida atomlarning qayta guruhlanishi natijasida hosil bo‘ladi, bularni ko‘p hollarda H atomining bir atomdan ikkinchi atomga ko‘chishi bilan izohlash mumkin. H atomining ko‘chishi geteroatomlar (O.C.N) ga nisbatan ,  yoki -holatlardan bo‘lishi mumkin.

N atomining ko‘chishi uning geteroatom bilan birlashib neytral molekula sifatida ajralib chiqishi bilan ham bo‘lishi mumkin.

Qayta guruxlanish to‘yinmagan uglevodorodlarda ham uchraydi, ammo hamma qayta guruxlanishni topish oson emas. Mol. ionning parchalanishi va qayta guruxlanishi natijasida hosil bo‘lgan neytral bo‘lakchalarni topish qiyin, chunki bu jarayonga zaryadlangan zappachalar ham uchrashi mumkin. Ikkita neytral bo‘lakchalar bir-biri bilan birlashib barqaror molekula hosil qilishi mumkin, shuning uchun ham mass-spektrda neytral bo‘lakchalarning metastabil ionlarini o‘rganish maqsadga muvofiq, chunki u yordamida qayta guruxlanish bo‘lgan yoki bo‘lmaganligini bilish mumkin.