1. Genomlar organizmning chizmalari sifatida Genomlar ketma -ketligini aniqlash

Tartibni tartibga solish uchun ishlatiladigan hujayralar
DNKning to'liq nusxasini o'z ichiga olgan deyarli har qanday biologik namuna, hatto juda oz miqdordagi DNK yoki qadimgi DNK - to'liq genom sekansirovkasi uchun zarur bo'lgan genetik materialni berishi mumkin. Bunday namunalar tuprik, epiteliya hujayralari, suyak iligi, sochlar (sochda soch follikulasi mavjud ekan), urug'lar, o'simlik barglari yoki DNK o'z ichiga olgan hujayralar bo'lgan boshqa narsalarni o'z ichiga olishi mumkin.
Hujayralarning aralash populyatsiyasidan tanlangan bitta hujayraning genom ketma-ketligini texnikasi yordamida aniqlash mumkin bitta hujayrali genomlar ketma-ketligi. Muayyan mikroorganizm turining bir hujayrasini morfologik yoki boshqa farqlovchi xususiyatlariga ko'ra mikroskop yordamida aralash populyatsiyadan ajratib olish mumkin bo'lgan hollarda bu atrof-muhit mikrobiologiyasida muhim afzalliklarga ega. Bunday hollarda organizmni madaniyatda ajratish va o'sishining odatda zarur bo'lgan bosqichlari o'tkazib yuborilishi mumkin, bu organizm genomlarining ancha keng spektrini ketma-ketlashtirishga imkon beradi. [24]
Yagona hujayrali genom ketma-ketligi implantatsiyadan oldingi genetik tashxis usuli sifatida sinovdan o'tkazilmoqda, bunda in vitro urug'lantirish natijasida hosil bo'lgan embriondan hujayra olinadi va embrion bachadonga o'tkazilishidan oldin tahlil qilinadi. [25] Implantatsiyadan so'ng, homilasiz DNKni onadan oddiy venipunktur yordamida olish va homilaning butun genom sekansirovkasi uchun ishlatish mumkin. [26]
Dastlabki texnikalar Tahrirlash
Deyarli butun inson genomining ketma -ketligi birinchi marta 2000 yilda qisman ov miltig'ining ketma -ketligi texnologiyasi yordamida amalga oshirilgan. Kichik (4000–7000 taglik juftlik) genomlar uchun to'la genomli ov miltig'ining ketma -ketligi 1979 yilda ishlatilgan bo'lsa -da, [27] kengroq dastur, og'zaki uchli ketma -ketlikdan foydalandi. ikki o'qli miltiqning ketma-ketligi. Loyihalashtirish loyihalari uzoqroq va murakkabroq genomlarni qabul qila boshlagach, ko'p guruhlar DNK fragmentining ikkala uchini ketma -ketlikda ajratish orqali foydali ma'lumot olish mumkinligini anglay boshladilar. Garchi bitta fragmentning ikkala uchini ketma-ketlashtirish va juftlashtirilgan ma'lumotlarni kuzatib borish, ikkita alohida bo'lakning bir uchini ketma-ketlashtirishdan ko'ra qiyinroq bo'lsa-da, ikkala ketma-ketlik qarama-qarshi yo'nalishda yo'naltirilganligi va har bir qismdan alohida bo'lak uzunligiga teng ekanligi ma'lum bo'ldi. boshqasi asl nishon fragmentining ketma -ketligini tiklashda qimmatli edi.
Juft uchlarini ishlatishning birinchi nashr etilgan tavsifi 1990 yilda inson HPRT lokusining ketma -ketligi doirasida bo'lgan [28], garchi juftlangan uchlari an'anaviy miltiq miltig'ini ketma -ketligi yondashuvi qo'llanilgandan keyin bo'shliqlarni yopish bilan chegaralangan. Doimiy uzunlikdagi fragmentlarni nazarda tutgan holda, sof juft-uchli ketma-ketlik strategiyasining birinchi nazariy tavsifi 1991-yilda edi. [29] 1995-yilda turli oʻlchamdagi fragmentlardan foydalanish innovatsiyasi kiritildi [30] va sof juftlik oxiri ketma-ketligi ekanligini koʻrsatdi. strategiya katta maqsadlarga erishish mumkin edi. Bu strategiya keyinchalik genomik tadqiqotlar instituti (TIGR) tomonidan bakteriyalar genomining butun ketma -ketligini aniqlash uchun qabul qilindi. Haemophilus grippi 1995 yilda [31] va keyin Celera Genomics tomonidan 2000 yilda butun meva chivinlari genomini, [32] va keyinchalik butun inson genomini ketma-ketlashtirish. Hozirda "Life Technologies" deb nomlanuvchi amaliy biosistemalar Celera Genomics va Inson genomlari loyihasi tomonidan ishlatiladigan avtomatik kapillyar sekanserlarni ishlab chiqardi.