1. Genomlar organizmning chizmalari sifatida Genomlar ketma -ketligini aniqlash

Barmoq izlari genlari xaritasi:
Butun genomni bitta cheklovli endonukleaza bilan hazm qilish mumkin emas, chunki biz jeldagi barcha bo'laklarni ajrata olmaymiz.
EcoR1 -da 6bp tanib olish ketma -ketligi mavjud, ya'ni agar biz butun genomni faqat EcoR1 bilan hazm qilsak, u deyarli 80,0000 bo'lak ishlab chiqaradi. Va bu parchalar jelda farqlanmaydi.
Shunday qilib, birinchi bosqichda genom kichikroq bo'laklarga bo'linadi yoki tanlangan katta gen yoki DNK bo'lagi bo'laklarga bo'linadi va bakteriyalar plazmidiga kiritiladi. DNK fragmentlarining klonlari bakterial vektorlarda hosil bo'ladi.

Tarkibi
1970-80-yillarda DNK sekansirovkasi usullari qo'lda bo'lgan, masalan, Maksam-Gilbert va Sanger sekansirovkasi. Bu usullar yordamida bir nechta butun bakteriofaglar va hayvonlarning virusli genomlari ketma -ketlikda joylashtirildi, lekin 1990 -yillarda tezroq, avtomatlashtirilgan sekanslashtirish usullariga o'tish katta bakterial va eukaryotik genomlarning ketma -ketligini osonlashtirdi. [10]
Butun genom ketma-ketligiga ega bo'lgan birinchi organizm Haemophilus grippi 1995 yilda. [11] Undan keyin, birinchi navbatda, boshqa bakteriyalar va ba'zi arxeylarning genomlari, asosan, ularning kichik genom o'lchamlari tufayli, ketma -ket joylashtirildi. H. influenzae 1 830 140 ta DNK juftlik genomiga ega. [11] Aksincha, bir hujayrali va ko'p hujayrali eukaryotlar Dubay amoeba va odamlar (Homo sapiens) mos ravishda ancha katta genomlarga ega (C-qiymati paradoksiga qarang). [12] Dubay amoeba minglab xromosomalarga tarqalgan 700 milliard nukleotid juftlik genomiga ega. [13] Odamlarda nukleotid juftlari kamroq bo'ladi (har bir jinsiy hujayrada taxminan 3,2 milliard - inson genomining aniq hajmi hali ham qayta ko'rib chiqilmoqda). A. dubia ammo ularning genom hajmi alohida bakteriyalarning genom hajmidan ancha ustundir. [14]
Birinchi bakterial va arxaeal genomlar, shu jumladan H. influenzae, Shotgun ketma-ketligi bilan ketma-ketlashtirildi. [11] 1996 yilda birinchi eukaryotik genom (Saccharomyces cerevisiae) tartiblangan edi. S. cerevisiae, biologiyada namunali organizm faqat 12 millionga yaqin nukleotid juftlik genomiga ega, [15] va birinchi bir hujayrali eukaryot butun genomining ketma -ketligiga ega bo'lishi kerak. Birinchi ko'p hujayrali eukaryot va hayvonlar, butun genomini ketma -ketlikda bo'lish uchun nematod qurti edi: Caenorhabditis elegans [16] Eukaryotik genomlar bir necha usullar bilan ketma-ketlashtiriladi, shu jumladan qisqa DNK fragmentlarini Shotgun ketma-ketligi va bakterial sun'iy xromosomalar (BACs) va xamirturush sun'iy xromosomalari (YACs) kabi DNK kutubxonalaridan kattaroq DNK klonlarini sekvensiyalash. [17]
1999 yilda insonning eng qisqa avtosomasi bo'lgan 22-xromosomaning butun DNK ketma-ketligi nashr etildi. [18] 2000 yilga kelib, ikkinchi hayvon va ikkinchi umurtqasizlar (hali birinchi hasharotlar) genomlari - meva chivinlari ketma -ketligi tuzildi. Drosophila melanogaster - eksperimental tadqiqotlarda model organizmining mashhur tanlovi. [19] Birinchi o'simlik genomi - model organizmning genomi Arabidopsis thaliana - shuningdek, 2000 yilga kelib toʻliq ketma-ketlashtirildi. [20] 2001 yilga kelib, butun inson genomi ketma-ketligining loyihasi chop etildi. [21] Laboratoriya sichqonchasining genomi Muskul mushaklari 2002 yilda qurib bitkazilgan. [22]
2004 yilda Inson genomi loyihasi inson genomining to'liq bo'lmagan versiyasini nashr etdi. [23] 2008 yilda Gollandiyaning Leyden shahridan bir guruh birinchi ayol ayol genomining (Marjolein Kriek) ketma -ketligi haqida xabar berishdi.