|
Metagenomika: Kim qaerdadir yashaydi va ular nima qilishyapti?
Ayrim turlarning genomlarini o'rganishdan tashqari, tobora kuchayib borayotgan DNK-sekventsiya texnologiyalari ko'plab turlar yashaydigan atrof-muhit namunalari genomlarini bir vaqtning o'zida tartiblash imkonini beradi. Bu maydon
deyiladi
metagenomika.
Ushbu tadqiqotlar odatda yo'naltirilgan
har xil muhitda yashaydigan mikroblar turlarini tushunishga harakat qilish. Ichakdagi mikroblar populyatsiyasini o'rganish va populyatsiyaning turli xil parhezlarga javoban qanday o'zgarishini kuzatish, turli mikroblarning ko'pligi va turli kasalliklar o'rtasida bog'liqlik bor-yo'qligini bilish uchun DNK ketma-ketligini qo'llash katta qiziqish uyg'otmoqda. patogenlar uchun. Odamlar atrof -muhitning DNK sekansidan foydalanadilar
metagenomik
Namunalar qaysi mikroblar Yerning turli muhitlarida (dengizdan, tuproqdan, havodan, gipersalingacha) yashaydilar?
hovuzlar
, mushukning najaslariga, ba'zi umumiy sirtlarga biz har kuni tegib turamiz).
"Kim qayerda yashaydi" ni aniqlashdan tashqari, turli muhitdagi mikrob populyatsiyalarining ketma-ketligi, shuningdek, muhitda qanday oqsil kodlovchi genlar mavjudligini ham aniqlashi mumkin. Bu tadqiqotchilarga o'sha muhitda qanday metabolik jarayonlar sodir bo'lishi mumkinligi haqida ma'lumot berishi mumkin. Muayyan muhitda qanday kimyo bo'lishi mumkinligi haqida muhim ma'lumot berishdan tashqari, genlar katalogi
to'planadi
biotexnologiyada qo'llaniladigan yangi fermentlarni kashf qilish uchun ham muhim manba bo'lib xizmat qilishi mumkin.
Genom nima?
Genom - bu sizning barcha DNKlaringiz uchun ajoyib so'z. Kartoshkadan kuchukchalargacha barcha tirik organizmlar o'z genomiga ega. Har bir genom o'z hayoti davomida ushbu organizmni yaratish va saqlash uchun zarur bo'lgan ma'lumotlarni o'z ichiga oladi.
Sizning genomingiz - bu bitta hujayradan hozirgi odamga aylanishingizga yordam beradigan barcha ko'rsatmalarni o'z ichiga olgan operatsion qo'llanma. U sizning o'sishingizni boshqaradi, organlaringizga o'z vazifalarini bajarishga yordam beradi va shikastlanganda o'zini tiklaydi. Va bu sizga xosdir. Sizning genomingiz va uning qanday ishlashi haqida qanchalik ko'p bilsangiz, shuncha o'z sog'ligingizni tushunasiz va sog'liqni saqlash to'g'risida qaror qabul qilasiz.
Belgilangan fermentlar majmuasidan foydalanib, genetik xaritani tuzish mumkin. Buning uchun RFLP deb ataladigan usul yoki genetik marker, cheklash fragment uzunligi polimorfizmi ishlatiladi.
Biroq, hozirgi xaritalash usuli faqat polimorfik cheklash joylari bilan cheklangan.
Bizning genomimizda juda kam sonli polimorfik joylar bor, shuning uchun RFLP yordamida genomimizning butun xaritasini tuzish juda qiyin.
Noma'lum DNK bo'laklarini cheklash endonukleazasi yordamida xaritaga kiritish mumkin, keyinchalik hazm qilingan DNK bo'laklari o'lchamiga qarab gel elektroforez yordamida ajratiladi.
Cheklov xaritasi yopishqoq uchlari yoki to'mtoq uchlari bo'laklarining ikkita turini hosil qildi, har ikki turdagi cheklov hazm qilish quyidagi rasmda ko'rsatilgan,
Eco R1 yordamida hazm qilishni cheklash yopishqoq uchlarini hosil qiladi va Sam1 bilan to'mtoq uchlarini hosil qiladi.
DNK namunasi DNK ekstraktsiya usullari yordamida chiqariladi.
Ikki xil cheklovchi endonukleazlardan foydalangan holda, DNK namunasi uchta usulda hazm qilinadi, buning uchun namunaning uch xil alikvotlari tayyorlanadi.
Bitta alikvotni bitta cheklovchi ferment bilan, ikkinchi alikvotni soniyali ferment bilan hazm qiling va uchinchi alikvotni ikki marta hazm qiling (yuqoridagi rasmga qarang).
Ovqat hazm qilishdan so'ng, har bir DNK bo'laklari agaroz jel elektroforezida yoki PAGEda tegishli o'lchamlarga qarab ajratiladi (siz har qanday elektroforez usullaridan foydalanishingiz mumkin).
Cheklovni xaritalash usuli genlarni plazmid yoki DNKning qisqaroq bo'lagiga xaritalash uchun ishlatiladi, garchi cheklash hazm qilish yoki cheklash usuli yordamida butun genomni xaritalash zerikarli, noaniq va ko'p vaqt talab qiladigan usul.
Cheklov fermenti DNKni ma'lum bir joyda, cheklash joyi deb nomlangan joyda kesadi.
* kesish joyini ko'rsatadi.
Cheklash xaritasi butun genomdan yoki DNK bo'lagidan barcha cheklash joyini ko'rsatadi yoki joylashtiradi.
Do'stlaringiz bilan baham: |
