Vм= ------------------ P.(Sr/Pr+1) Бунда: Vr - ташқи хажм
Vt - умумий хажм
Vq - калонкадан чиқиш хажми
Расмда гел хроматографиясида иккита модданинг хроматограммаси тасвирланган.
Vе – ташқи хажм (сиртқи)
Vq - ичкихажм
Vt - умумий хажм
Vчиқ -чиқиш хажми
VS – бўлиниш хажми
Крахмал (К) ва глюкозани (Г) сефадексдаги гел хроматограммаси.
Гел хроматографияда Vr-ажратиш хажми ўлчами хам мавжуд бўлиб, бу хажм, гел устунига текширилувчи аралашма юборилганда токи ажралиб чиқаётган ажралмада модда максимал концентрацияга етгунча ўтган эритувчи хажми билан белгиланади.
Ажратиш хажми ажратилаётган аралашма молекуласи ўлчамига боғлиқ. Тажрибаларда тасдиқланишича ажратиш хажмига ювилаётган модда концентрацияси хам ювилиш тезлиги хам калонка харорати хам таъсир қилмайди. Ажралиш хажми ажралаётган модданинг молекуляр массаси, логарифмига тўғри пропорционал.
Гел хроматографиясида жараённи эффективлиги моддаларни зоналарда ювилиши ва бу билан боғлиқ холда теоритик тарелкалар эффективлиги ортади. Гел хроматографиясининг сезиларли биринчи фактори, бу усулда хроматографик жараёнда кам хажмдаги гел иштирок этади ва моддаларнинг гел қатлами бўйлаб харакатланишига модда ва гел орасидаги ўзаро таъсир деярли сезилмайди. Натижада гел хроматографиясининг калонка эффиктивлиги ортади.
Иккинчи фактор, ювилиш жараёнида диффузион тенглик жуда секин ўрнатилади. Бу таъсирларни камайтириш учун майда заррачали геллар ва ювилиш тезлигини камайтириш талаб қилинади. Молекуляр масса камайиши билан диффузия тезлашади, кичик молекулали моддалар ва секин ювилишда диффузион таъсир сезилмайди. Ювилишга таъсир этувчи энг асосий омил диффузион тенгликка аста-секин эришишдан иборат.
Гел хроматографияси бошқа хроматографик усуллардан моддаларни ажралиш механизм билан фарқланади. Қўзғалмас фазадаги модда концентрациясининг қўзғолувчи фазадаги концентрациядан кам бўлиши метод учун характерлидир. Қўзғалмас ва қўзғалувчи фаза фарқ қилмаган холда қўзғалмас фаза гел структурасига боғлиқ холда гел ғовакларига шимилади.
Агарда турли ўлчамдаги молекуляр массали турли дори моддаларни гел хроматографиясида бир-биридан ажратилганда яхши натижаларга эришилади. Бунда айрим моддалар учун ички хажм тўғри келиб, қолган таркибдаги моддаларни ажралишига ўлиқ эришилмайди. Шуни инобатга олиб Лорент Т.С., Килландер Ж., томонидан молекулаларни ажралишидаги жараённи аниқлаш учун қуйидаги формула тавсия этилади: