Замонавий биоинформацион дастурлар. Режа

Download 26,72 Kb.

bet	4/4
Sana	02.07.2022
Hajmi	26,72 Kb.
	#731645

1 2 3 4

Bog'liq
3-dars (3)

Маълумотларни қидириш. БЛАСТда ишлаш учун, аввало, қидирилиши керак бўлган сўровни ва унга монанд кетма-кетликни ёзиш керак бўлади ёки маълумотлар базасидаги кетма-кетликлар сони кўп бўлиши мумкин. БЛАСТ маълумотлар базасидан сўралган кетма-кетликларга ўхшаш бўлган кетма-кетликларни қидиради. Оддий ҳолатларда, сўралган кетма-кетлик маълумотлар базасидаги кетма-кетликлардан анчагина кичик бўлади, масалан, сўралган кетма-кетликда нуклеотидлар сони 1000 ни ташкил қилса, маълумотлар базасида ушбу кетма-кетликка оид нуклеотидлар сони бир неча миллиард бўлиши мумкин.
БЛАСТ нинг асосий ғояси шундаки статистикавий муҳим таққослашларда кўп ҳолларда юқори-ҳисобловчи сегмент жуфтлари (ҲСП) тўпланади. БЛАСТ сўралган кетма-кетлик билан маълумотлар базасидаги кетма-кетликлар орасидан ҳеуристиc алгортимдан фойдаланиб худди Смит-Вотермен алгоритми даражасига етадиган юқори ҳисобловчи таққослашлар учун қидиради. Смит-Ватерман мукаммал йўли ГенБанк сингари катта геном маълумотлар базасини қидиришда жуда секин ишлайди.

Download 26,72 Kb.

Do'stlaringiz bilan baham:

1 2 3 4