Termiz davlat universiteti Tabiiy fanlar fakulteti Botanika kafedrasi

II BOB. Oqsil strukturalari va ularni modellashtirish
2.1. Oqsil strukturalarini modellashtirish
Global statistik modelni amalga oshiradigan eng qadimgi EC usullari bilan bir qatorda, foydali kontaktlarni bashorat qilish uchun zarur bo'lgan bir nechta ketma-ketlikni moslashtirishning minimal hajmini taxmin qilish uchun ko'plab qo'llanmalar taklif qilingan. Dastlab, 1000 ta ketma-ketlik gomologlari aniq bashorat qilish uchun minimal deb hisoblangan. Yaqinda Marks va hamkasblari o'z usullari uchun ko'proq ketma-ketlikka xos uzunlikka bog'liq omilni tavsiya qilishdi. EVFold , bunda yaxshi olish uchun hizalanishdagi ketma-ketlik soni oqsil uzunligidan besh marta oshib ketishi kerak ab initio katlama natijalari. Boshqalar ham shunga o'xshash talablarni taklif qilishgan ammo so'nggi ishlar kovariatsiyani aniqlash algoritmlarini yaxshilash orqali bu chegarani biroz pasaytirdi yoki prognoz qilingan aloqa xaritasini dekodlash uchun tizimli ma'lumotlardan foydalanish. Biroq, bu taxminlarning hech biri ketma-ketliklar to'plamidagi xilma-xillikni ushlamaydi, bu kontaktni aniq bashorat qilish uchun ham muhimdir va shuning uchun ular noto'g'ri bo'lishi mumkin. Eng so'nggi ko'rsatmalardan biri taxminan 80% ketma-ketlik identifikatorida klasterlashgandan so'ng bir nechta ketma-ketlikni moslashtirishdagi xilma-xillikni ko'rib chiqadi: samarali ketma-ketliklar soni. Garchi turli guruhlar ketma-ketlikni aniqlashni tanlashda farq qilsalar ham , umumiy konsensus shuni ko'rsatadiki, samarali ketma-ketliklar soni hizalanish xilma-xilligining eng samarali o'lchovidir va shuning uchun bashorat aniqligining foydali prognozchisi. Eng so'nggi EC usullari eng yaxshi kontaktlarni bashorat qilish to'g'ri bo'lishi uchun taxminan 100 samarali ketma-ketlikni talab qiladi. To'g'ri bashorat qilinishi mumkin bo'lgan kontaktlarning soni samarali ketma-ketliklar soni bilan ortadi: aniq uch o'lchovli struktura modellarini yaratish uchun taxminan besh baravar ko'proq ketma-ketliklar kerak.