Табий фанлар факультети экология кафедраси

2-Амалий машғулот.
Маълумотлар базаси ва улардан фойдаланиш.
Ишдан мақсад: Нуклеотид кетма-кетликлар маълумотлар базаси (EMBL, DDBJ, NCBI, UniGene, STACK, EMBL-SVA) ресурслари билан танишиш. Геном маълумотлар базаси (Genomes Server, Proteome Analysis, Ensembl) ресурслари билан танишиш. Оқсил кетма-кетликлари маълумотлар базаси ҳамда аминокислота кетма-кетликлари маълумотлар базаси (UniProtKB/Swiss-Prot, GOA, ENZYME) ресурслари билан танишиш. NCBI маълумотлар базаси BLAST таҳлили ва Ugene 1.21.0 дастурий таъминотидан фойдаланиб генларни анотация қилишни ўрганиш.
Масаланинг қўйилиши: Тингловчи амалий машғулотда келтирилган вазифаларни бажариши, таҳлил қилиши ва натижа олиши лозим.


Ишни бажариш учун намуна.
1-вазифа. 1-амалий машғулот натижасида аниқланган QTL маркерининг G.hirsutum ғўза тури тўлиқ геномидан фойдаланиб In silico PCR алгоритми билан Ugene 1.21.0 дастурида тегишли ДНК кетма-кетлигини аниқланг.






2-вазифа. In silico PCR маҳсулотидан олинган ДНК кетма-кетлигини NCBI маълумотлар базасига юкланг.





3-вазифа. NCBI маълумотлар базасига юкланган ДНК кетма-кетлигини таҳлил қилиш учун BLAST тугмасини босинг.





4-вазифа. Қидирув натижасида топилган кетма-кетликларни бирма-бир таҳлил қилинг.



5-вазифа. Тегишли (мос келувчи) ген/оқсил ёки локус кетма-кетликларини Ugene 1.21.0 дастурида ҳам таҳлил қилиб кўринг.








Назорат саволлари:

1. 
   Маълумтолар базаси ҳақида нималарни биласиз?
   
2. 
   Нуклеотид кетма-кетликлар маълумотлар базасига мисоллар келтиринг?
   
3. 
   Оқсил кетма-кетликлар маълумотлар базасига мисоллар келтиринг?
   
4. 
   Генлар/оқсилларни анотация қилишда қандай биоинформатик дастурлардан фойдаланилади?
   
1. 
   BLAST таҳлили ҳақида тушунчангиз борми?