|
2.1 Biologik ma'lumotlar bazasi Entsiklopediya
Biologik ma'lumotlar bazalari ilmiy tajribalar, nashr etilgan adabiyotlar, yuqori tajribali tajriba texnologiyasi va hisoblash tahlili natijasida to'plangan hayot haqidagi ma'lumotlar kutubxonalari.[iqtibos kerak] Ular tadqiqot sohalari, shu jumladan ma'lumotlarni o'z ichiga oladi genomika, proteomika, metabolomika, mikroarray gen ekspressioni va filogenetik.[2] Biologik ma'lumotlar bazalarida joylashgan ma'lumotlar genlarning funktsiyasini, tuzilishini, lokalizatsiyasini (uyali va xromosomal), mutatsiyalarning klinik ta'sirini hamda biologik ketma-ketliklar va tuzilmalarning o'xshashligini o'z ichiga oladi.
Biologik ma'lumotlar bazalarini keng ravishda ketma-ketlik, tuzilish va funktsional ma'lumotlar bazalariga ajratish mumkin. Nuklein kislota va oqsillar ketma-ketligi ketma-ket ma'lumotlar bazalarida saqlanadi va tuzilish ma'lumotlar bazalarida RNK va oqsillarning tuzilgan tuzilmalari saqlanadi. Funktsional ma'lumotlar bazalari gen mahsulotlarining fiziologik roli haqida ma'lumot beradi, masalan, fermentlar faoliyati, mutant fenotiplar yoki biologik yo'llar. Organizmlarning namunaviy ma'lumotlar bazalari turlarga xos ma'lumotlarni ta'minlovchi funktsional ma'lumotlar bazalari. Ma'lumotlar bazalari olimlarga tuzilishidan ko'plab biologik hodisalarni tahlil qilish va tushuntirishda yordam beradigan muhim vositadir biomolekulalar va ularning o'zaro ta'siri, umuman olganda metabolizm organizmlar va tushunish uchun evolyutsiya ning turlari. Ushbu bilim kasalliklarga qarshi kurashni engillashtirishga yordam beradi, rivojlanishiga yordam beradi dorilar, ba'zi bir genetik kasalliklarni bashorat qilish va turlarning asosiy aloqalarini aniqlash hayot tarixi.
Biologik bilimlar turli xil umumiy va maxsus ma'lumotlar bazalari o'rtasida taqsimlanadi. Bu ba'zan ma'lumotlarning izchilligini ta'minlashni qiyinlashtiradi. Integrativ bioinformatika bu bitta muammo bo'lib, unifikatsiyalangan kirishni ta'minlash orqali hal qilishga harakat qilmoqda. Bitta echim - bu biologik ma'lumotlar bazalari o'zaro bog'liqlik bilan boshqa ma'lumotlar bazalariga qo'shilish raqamlari o'zaro bog'liq bo'lgan bilimlarni bir-biriga bog'lash.
Relyatsion ma'lumotlar bazasi tushunchalari Kompyuter fanlari va Axborot olish tushunchalari raqamli kutubxonalar biologik ma'lumotlar bazalarini tushunish uchun muhimdir. Biologik ma'lumotlar bazasini loyihalash, ishlab chiqish va uzoq muddatli boshqarish bu fanning asosiy yo'nalishi hisoblanadi bioinformatika.[3] Ma'lumotlar tarkibiga genlar ketma-ketligi, matnli tavsiflar, atributlar va ontologiya tasniflar, havolalar va jadval ma'lumotlari. Ular ko'pincha yarimtuzilgan ma'lumotlar, va jadvallar, ajratilgan yozuvlar va XML tuzilmalari sifatida ifodalanishi mumkin.
Nuklein kislotalarni tadqiq qilish Ma'lumotlar bazasi chiqarilishi
Biologik ma'lumotlar bazalarini topish uchun muhim manba bu jurnalning har yilgi maxsus sonidir Nuklein kislotalarni tadqiq qilish (NAR). Ma'lumotlar bazasi NAR nashrida erkin foydalanish mumkin va ular bilan bog'liq bo'lgan ko'pchilik uchun ochiq bo'lgan onlayn ma'lumotlar bazalarini toifalarga ajratish mumkin biologiya va bioinformatika. Onlayn Molekulyar Biologiya Ma'lumotlar Bazasi To'plami deb nomlangan masala bo'yicha ma'lumotlar bazasida 1380 ta onlayn ma'lumotlar bazalari keltirilgan.[4] MetaBase va Bioinformatics Links Collection kabi ma'lumotlar bazalarining boshqa to'plamlari mavjud. Ko'pgina biologik ma'lumotlar bazalari veb-saytlar orqali mavjud bo'lib, foydalanuvchilar ma'lumotlarni onlayn ravishda ko'rib chiqishlari mumkin bo'lgan ma'lumotlarni tashkil qiladi. Bundan tashqari, asosiy ma'lumotlar odatda turli xil formatlarda yuklab olish uchun mavjud. Biologik ma'lumotlar ko'plab formatlarda mavjud. Ushbu formatlarga matn, ketma-ketlik ma'lumotlari, oqsil tuzilishi va havolalar kiradi. Ularning har birini ma'lum manbalardan topish mumkin, masalan:
Matn formatlari tomonidan taqdim etiladi PubMed va OMIM.
Tartib ma'lumotlari tomonidan taqdim etiladi GenBank, DNK nuqtai nazaridan va UniProt, oqsil jihatidan.
Proteinli tuzilmalar tomonidan ta'minlanadi PDB, SCOPva KATH.
Turlarga xos ma'lumotlar bazalari ba'zi turlar uchun mavjud, asosan tadqiqotlarda ko'pincha ishlatiladi (Model organizmlar). Masalan, EcoCyc an E. coli ma'lumotlar bazasi. Boshqa mashhur model ma'lumotlar bazalari o'z ichiga oladi Sichqoncha genomining informatikasi uchun laboratoriya sichqonchasi, Muskul mushak, Rat Genom ma'lumotlar bazasi uchun Rattus, ZFIN uchun Danio Rerio (zebrafish), PomBase[7] bo'linadigan xamirturush uchun Schizosaccharomyces pombe, FlyBase uchun Drosophila, WormBase nematodalar uchun Caenorhabditis elegans va Caenorhabditis briggsaeva Xenbase uchun Xenopus tropicalis va Ksenopus laevis qurbaqalar.
Do'stlaringiz bilan baham: |
