Iqtisodiyoti 14 nashriyalar 275 iqtisodiyoti profilga qaring 102

METABOLOMIKA UCHUN MA'LUMOT BAZALARI VA RESURSLARI
5
Machine Translated by Google

---

Metabolomik ma'lumotlar bazalari yangi va hali ham yaxshilanmoqda. Ushbu ma'lumotlar bazalarida har xil turdagi ma'lumotlar mavjud
va Kioto genlar va genomlar entsiklopediyasi (KEGG).
HMDB insondagi barcha metabolitlarni aniqlashdan iborat. MassBankdagi 39 293 spektr
har qanday tirik mavjudot, shu jumladan bakteriyalar, o'simliklar va hayvonlar (Smit, O'Maille, Want, Qin, Trauger,
METLIN 75 000 dan ortiq endogen va ekzogen metabolitlarning omboridir.
metabolitlar va yo'llar strategiyasi (LIPID MAPS), Madison metabolomika konsortsiumi ma'lumotlar bazasi,
asboblar (Fahy, Sud, Cotter, Subramaniam 2007). Madison metabolomika konsortsiumi ma'lumotlar bazasi
spektroskopiya va massa spektrometriyasi (MS) (Kui, Lyuis, Xegeman, Anderson, Li, Shulte,
Westler va boshqalar. 2008). Madison metabolomikasidagi birikmalarning joriy umumiy soni
tuzilmalari, ammo lipid xaritalari resursida lipid proteomasi, miqdoriy ma'lumotlar mavjud.
va molekulyar biologiya/biokimyo ma'lumotlari (Wishart, Jewison, Guo, Wilson, Nox, Liu, Djoumbou)
HMDB kimyoviy, klinik,
Brandon, Custodio va boshqalar. 2005). LIPID MAPS nafaqat lipid molekulyarlarining eng katta ma'lumotlar bazasi
lipid biologiyasi uchun ko'plab vositalar, jumladan, massa spektrometriya asboblari, struktura vositalari va yo'l
olib borilgan. Metabolomika yangi soha ekanligi va yangi yondashuvlar hali ham kashf qilinayotgani kabi,
molekulyar og'irliklar, spektrlar, bog'liq kasalliklar va biokimyoviy yo'llar. maqsadi
va boshqalar. 2013). Ma'lumotlar bazasidagi har bir metabolit ma'lumotni o'z ichiga olgan "Metabocard" ni o'z ichiga oladi
inson plazmasidagi lipidlarni baholash, makrofag lipidomining birinchi to'liq xaritasi va
massa spektrometriyasi yordamida aniqlangan (Horai, Arita, Kanaya, Nihei, Ikeda, Suwa, Ojima va boshq. 2010).
ma'lumotlar bazalari - Inson Metabolome ma'lumotlar bazasi (HMDB), MassBank, METLIN, lipid
kimyoviy birikmalarni kimyoviy aniqlash va tuzilishini talqin qilish uchun foydalidir
konsentratsiya, anatomik joylashuv va tegishli kasalliklarni o'z ichiga olgan ma'lumotlar. Orasida
Yadro magnit-rezonansiga (NMR) asoslangan metabolomik tadqiqotlar uchun manbadir.
6
Machine Translated by Google

---

(Kanehisa 2002).
turli asboblar yoki boshqa laboratoriyalar qiyin. Mumkin bo'lgan yechim (Wishart 2007).
So'nggi paytlarda transkriptomika va proteomika vositalari sezilarli yaxshilanishlarga erishdi
ularni alohida ishlatishdan ko'ra to'liqroq ma'lumotlarda. NMR spektroskopiyasi va MS eng ko'p
spektrometriya (MS) birlashtirilgan eng yaqin keladi. Ya'ni, NMR va MSni birgalikda ishlatish natijasida yuzaga kelishi mumkin
tadqiqotda ishlatiladigan asboblarning har biri o'z tiliga ega. Bu bilan ishlashni ta'minlaydi
2011). Proton NMR (1H NMR) metabolomika uchun eng ko'p qo'llaniladi. NMR yondashuvlari
va murakkab aralashmalardan metabolitlarning miqdorini aniqlash. NMR spektroskopiyasi ma'lum yadrolarga tayanadi
umumiy hisobot standartlari va ma'lumotlar formatlarini o'rnatish buni ancha osonlashtiradi
LIMS kabi elektron hisobga olish tizimiga ma'lumotlarni kiritish orqali ma'lumotlarni standartlashtirish. The
biosuyuqliklar yoki to'qimalardan ma'lumotlarni yig'ish uchun ishlatiladigan umumiy texnologiyalar. NMR aniqlash uchun ishlatilishi mumkin
radiochastota to'lqinlari yordamida kuzatilishi mumkin bo'lgan darajalar (Griffin, Atherton, Shockcor, Atzori)
konsortsium ma'lumotlar bazasi - 20 306. Va nihoyat, KEGG metabolik yo'llar haqida ma'lumotni o'z ichiga oladi
Metabolomik ma'lumotlarni solishtiring va toping.
magnit spinga ega va magnit maydon ichiga joylashtirilganda turli energiyani qabul qilishi mumkin
ontologiyalar (Wishart 2007). Muammo turli xil turlarining ko'pligi bilan yanada og'irlashadi
organizmdagi metabolitlar, lekin yadro magnit-rezonans (YMR) spektroskopiyasi va massasi
yillar, metabolizm uchun vositalar hali ham paydo bo'lmoqda. Hech bir analitik vosita hammasini o'lchay olmaydi
Metabolomika hisobotlari va ma'lumotlar bazalari hozirda umumiy til etishmasligidan aziyat chekmoqda
odatda to'qimalarda 20-40 metabolitni va siydik namunalarida 50 ta metabolitni aniqlay oladi (Griffin, Shockcor 2004).