Odamidur ilmu donish birla odam, yôq esa, Odamidur ilmu donish birla odam, yôq esa

Sankoff-Morel-Sedergren algoritmi

• Sankoff-Morel-Sedergren algoritmi
• Sankoff-Morel-Cedergren algoritmi MSA va nukleotidlar ketma-ketligi uchun bir vaqtning o'zida filogenetik daraxtlarni yaratish uchun birinchi nashr etilgan usullardan biridir. Bu usul boʻshliqlar va nomuvofiqliklarni jazolaydigan ball funksiyalari bilan maksimal qisqalik hisoblaridan foydalangan holda bunday hodisalarning minimal sonini kiritadigan daraxtlarni qoʻllab-quvvatlaydi (boshqa qarashlarga koʻra, afzal qilingan daraxt maksimal darajaga koʻtaradigan daraxt ekanligi taʼkidlanadi). homologiya sifatida talqin qilinadi, bu boshqa optimal daraxtlarga olib kelishi mumkin bo'lgan istiqbol). Ichki tugundagi hisoblangan ketma-ketlik har bir mumkin bo'lgan daraxtdagi barcha tugunlar uchun baholanadi va yig'iladi. Eng past ballli daraxt yig'indisi ball funktsiyasini hisobga olgan holda optimal daraxtni ham, optimal MSA ni ham beradi. Ushbu usul hisoblash intensivligi sababli, bu ichki moslashish haqidagi dastlabki taxmin bir vaqtning o'zida bir tugun sozlanishi taxminiy hisoblanadi. To'liq versiya ham, taxminiy versiya ham dinamik dasturlash orqali hisoblanadi.

MALIGN va POY Eng so'nggi filogenetik daraxt/MSA usullari yuqori ballga ega bo'lgan daraxtlarni izolyatsiya qilish uchun evristikadan foydalanadi, ammo optimal bo'lishi shart emas. MALIGN usuli kladogramma ballini maksimallashtirish orqali bir nechta tekislashni hisoblash uchun maksimal parsimoniya texnikasidan foydalanadi, shu bilan birga POY mos keladigan MSAni yaxshilash bilan filogenetik optimallashtirishni birlashtirgan iterativ usuldan foydalanadi. [18] Biroq, bu usul yordamida evolyutsion gipotezalarni qurish minimal evolyutsion hodisalarni aks ettiruvchi qasddan daraxt qurilishi tufayli tarafkashlik uchun tanqid qilingan. [19] Bu usullar homologiya sifatida talqin qilinishi mumkin bo'lgan ketma-ketlik o'xshashligi miqdorini maksimal darajada oshiradigan daraxtlarni topish uchun evristik yondashuv sifatida ko'rib chiqilishi kerak degan fikrga yana qarshi chiqdi.

• MALIGN va POY Eng so'nggi filogenetik daraxt/MSA usullari yuqori ballga ega bo'lgan daraxtlarni izolyatsiya qilish uchun evristikadan foydalanadi, ammo optimal bo'lishi shart emas. MALIGN usuli kladogramma ballini maksimallashtirish orqali bir nechta tekislashni hisoblash uchun maksimal parsimoniya texnikasidan foydalanadi, shu bilan birga POY mos keladigan MSAni yaxshilash bilan filogenetik optimallashtirishni birlashtirgan iterativ usuldan foydalanadi. [18] Biroq, bu usul yordamida evolyutsion gipotezalarni qurish minimal evolyutsion hodisalarni aks ettiruvchi qasddan daraxt qurilishi tufayli tarafkashlik uchun tanqid qilingan. [19] Bu usullar homologiya sifatida talqin qilinishi mumkin bo'lgan ketma-ketlik o'xshashligi miqdorini maksimal darajada oshiradigan daraxtlarni topish uchun evristik yondashuv sifatida ko'rib chiqilishi kerak degan fikrga yana qarshi chiqdi.