Muhandislik qilingan oqsil-oqsil kompleksining strukturasini aniqlash va termodinamik stabilizatsiyasi

Protein barqarorligi
ishtirok etgan uchta atom orasidagi optimal yo'nalish chiziqli va ular orasidagi odatiy masofa
suv uchun moy (ya'ni, oqsillar uchun hidrofobik) yog'ning neftga yaqinligining natijasi bo'lishi mumkin yoki
CH···O bog dagi elektronegativ atomni ifodalaydi. Bunga ekzotikroq misollardan biri
oqsil ichidagi o'zaro ta'sir. Quvvat elektromanfiylikka, orasidagi masofaga bog'liq
hidrofobik aminokislotalar. Bu shuni ko'rsatdiki, oqsillarning tuzilishi ma'lum darajada tomonidan boshqariladi
3.1.4 Gidrofobik o'zaro ta'sirlar
Hidrofobik o'zaro ta'sirlar ko'plab biologik jarayonlarda muhim rol o'ynaydi, masalan
1958 yilda oqsilning birinchi kristallografik tuzilishini aniqlash bilan (Kendrew va boshq.
ikkilamchi struktura qurilish bloklarini barqarorlashtiruvchi vodorod aloqalari. Ion-iondan tashqari
aloqa geometriyasi. Katta van der Waals bilan juda zaif vodorod aloqalarining bir misoli
neftni neftga jalb qiluvchi dispersion o'zaro ta'sirlar (Southall va boshq. 2002). Hidrofobik ta'siri
suvning suvga yaqinligi. Bugungi kunning fikriga ko'ra, suv uchun neftdan qochish asosan hisoblanadi
3.1.3 Vodorod aloqalari
Vodorod aloqasi biologik tizimlarda ayniqsa muhim kuchdir. ning klassik ko'rinishi
elektronegativ atom va boshqa elektronegativ atom. Proteinlarda eng keng tarqalgan
kulon, kovalent va van der-vaals o'zaro ta'siri turli darajada ta'sir qiladi. Qarindosh
amid proton (=NH) va karbonil kislorod (-CO) 2,85 dan 3,00 Å gacha va O···H uchun odatiy
Turli CH donor guruhlari va aminokislotalar tomonining aromatik pi-tizimi qabul qiluvchilarining ishtiroki
suv uchun hidrofobik guruhlardan qochish. Quyidagi savoldan qochish kerak edi
va ishtirok etgan atomlarning yo'nalishi odatda 2-10 kkal/mol oralig'ida bo'ladi (Dill 1990). The
vodorod aloqalari bu hodisani kashf etgan Teylor va Kennard tomonidan tasvirlangan
juda kuchli bo'lishi mumkin bo'lgan o'zaro ta'sirlar vodorod aloqasi odatda eng kuchli nonkovalent hisoblanadi
ta'siri, uglerod kabi vodorod bog'lanish donor/akseptor kuchsiz bo'lganda kuzatiladi
1958) oqsillar arxitekturasi asosan ko'milgan yadrodan iborat ekanligi isbotlandi.
membrana va mitsel shakllanishi, oqsillarning o'zaro ta'siri, oqsil barqarorligidan tashqari. Birga
elektronegativ atomlar kislorod va azotdir. Bu shuni anglatadiki, har bir peptid aloqasi vodorod donori va vodorod
qabul qiluvchiga ega. Ushbu donor/akseptor guruhlari asosan shakllantirish uchun ishlatiladi
turli kuchlarning hissasi ishtirok etayotgan donor-akseptor juftligiga va ularga bog'liq
11
vodorod aloqalari - bu vodorod bilan kovalent bog'langan vodorod o'rtasida hosil bo'ladi
masofa 1,85 dan 2,00 Å gacha. Klassik ko'rinishdan tashqari, endi vodorod aloqalari ma'lum
zanjirlar ham tasvirlangan (Brandl 2001).
suv-suv vodorod bog'lanishi natijasida yuzaga keladi, chunki suvning o'zaro ta'siri o'zaro ta'sirlardan kuchliroqdir
1982 yilda bir qator protein tuzilmalarini tahlil qilganda (Teylor va Kennard 1982 JACS.
Machine Translated by Google

---