Muhandislik qilingan oqsil-oqsil kompleksining strukturasini aniqlash va termodinamik stabilizatsiyasi

Protein-oqsil o'zaro ta'siri
qutbli va qutbsiz qoldiqlarning hizalanishi bilan. Qadoqlash zichligi ichki qism bilan taqqoslanadi
bir nechta yamoqlarga bo'linadi, ulardan kamida bittasi standart o'lchamda (Chakrabarti va Janin
Birinchidan, oqsilni aniqlash joylari odatda yuqori kimyoviy va topologik to'ldiruvchilikni ko'rsatadi,
2002).
Protein yuzasining qolgan qismiga qaraganda ko'proq hidrofobik, garchi katta o'zgarishlar yuz bersa ham (Jons
umumiy tamoyillarni ushbu va ushbu sohadagi boshqa tadqiqotlardan olish mumkin (Jansson va boshq. 1996; Stites
tipik ferment-ligand komplekslari bilan solishtirganda. Protein interfeyslari odatda standart o'lchamdan kattaroqdir
1997 yil; Bogan va Torn 1998; Chakrabarti va Janin 2002).
oqsillarning ichki qismiga o'xshab, majburiy bo'lmagan oqsil-oqsil komplekslarining interfeyslari juda ko'p
.
umuman oqsillarning hal qiluvchi ta'sir qiladigan yuzalariga o'xshash. Bog'lash yuzasi odatda emas
Lo Konte va uning hamkasblari tomonidan o'rganilgan oqsillar, ularning foizi biroz yuqoriroq.
Sirt nisbatan tekis
To'rtinchidan, majburiy protein komplekslarining interfeyslari ko'pincha hidrofobik xususiyatga ega bo'lsa-da,
aminokislotalar tarkibida boshqa protein sirtlari bilan solishtirganda kichikdir.
zaryadlangan qoldiqlarda: aspartat, glutamat va lizin, lekin argininda emas. Biroq, farq
Ikkinchidan, o'rtacha interfeys maydoni katta. O'rtacha taqsimot juda keng, ammo komplekslarning yarmi 1600 +/-
400 Å2 "standart o'lcham" ga to'g'ri keladi.
18
taxminan yarmi yadroni tashkil qiladi.
tirozin, fenilalanin, triptofan, shuningdek, histidin va metioninda. Ular ham tugaydi
shuningdek, oqsillar orasidagi qutbli aloqalarni ta'minlaydi.
erituvchidan. Standart o'lchamdagi interfeys har bir oqsildan taxminan 22 aminokislotadan iborat,
sirtning qolgan qismidan faqat kichik farqlarni ko'rsatadi. Ular aromatik qoldiqlarga boy:
polar bo'lmagan atomlar 63% ga nisbatan o'rtacha 56% sirt. Aminokislotalar tarkibi
Interfeys ichidagi oqsillar va tartiblangan suv molekulalari yaqin o'rashga hissa qo'shadi va
aminokislotalar erituvchiga ma'lum darajada ta'sir qiladi va markaziy hududni yopish uchun xizmat qilishi mumkin
va Tornton, 1996; Lo Konte va boshqalar. 1999). Istisnolardan biri - interfeysdagi yadro qoldiqlari
Uchinchidan, ko'plab oqsil interfeyslari hal qiluvchi bilan qoplangan aminokislotalarning yadrosini o'z ichiga oladi.
Machine Translated by Google

---