Microsoft Word bombus IoD accepted mbe withfigs docx

Bioinformatics
32:289–291. 
Ghisbain G, Lozier JD, Rahman SR, Ezray BD, Tian L, Ulmer JM, Heraghty SD, Strange JP, Rasmont P, 
Hines HM. 2020. Substantial genetic divergence and lack of recent gene flow support cryptic 
speciation in a colour polymorphic bumble bee (Bombus bifarius) species complex. 
Syst. 
Entomol.
45:635–652. 
Goulson D. 2003. Bumblebees: their behaviour and ecology. Oxford University Press, USA 
Downloaded from https://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msab086/6199435 by guest on 12 April 2021

---

30 
Grabherr MG, Russell P, Meyer M, Mauceli E, Alföldi J, Di Palma F, Lindblad-Toh K. 2010. Genome-
wide synteny through highly sensitive sequence alignment: Satsuma. 
Bioinformatics
26:1145–1151. 
Guerrero RF, Hahn MW. 2017. Speciation as a sieve for ancestral polymorphism. 
Mol. Ecol.
26:5362–
5368. 
Han F, Lamichhaney S, Grant BR, Grant PR, Andersson L, Webster MT. 2017. Gene flow, ancient 
polymorphism, and ecological adaptation shape the genomic landscape of divergence among 
Darwin’s finches. 
Genome Res.
27:1004–1015. 
Hebert PDN, Penton EH, Burns JM, Janzen DH, Hallwachs W. 2004. Ten species in one: DNA barcoding 
reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly Astraptes fulgerator. 
Proc. Natl. 
Acad. Sci.
101:14812–14817. 
Henikoff S, Ahmad K, Malik HS. 2001. The centromere paradox: stable inheritance with rapidly 
evolving DNA. 
Science
293:1098–1102. 
Hewitt G. 2000. The genetic legacy of the Quaternary ice ages. 
Nature
405:907–913. 
Hines HM. 2008. Historical biogeography, divergence times, and diversification patterns of bumble 
bees (Hymenoptera: Apidae: Bombus). 
Syst. Biol.
57:58–75. 
Hines HM, Cameron SA, Williams PH. 2006. Molecular phylogeny of the bumble bee subgenus 
Pyrobombus (Hymenoptera : Apidae : Bombus) with insights into gene utility for lower-level 
analysis. 
Invertebr. Syst.
20:289–303. 
Irwin DE, Milá B, Toews DPL, Brelsford A, Kenyon HL, Porter AN, Grossen C, Delmore KE, Alcaide M, 
Irwin JH. 2018. A comparison of genomic islands of differentiation across three young avian 
species pairs. 
Mol. Ecol.
27:4839–4855. 
Janoušek V, Munclinger P, Wang L, Teeter KC, Tucker PK. 2015. Functional organization of the 
genome may shape the species boundary in the house mouse. 
Mol. Biol. Evol.
32:1208–1220. 
Jones JC, Wallberg A, Christmas MJ, Kapheim KM, Webster MT. 2019. Extreme differences in 
recombination rate between the genomes of a solitary and a social bee. 
Mol. Biol. Evol.
36:2277–2291. 
Juric I, Aeschbacher S, Coop G. 2016. The strength of selection against neanderthal introgression. 
PLOS Genet.
12:e1006340. 
Kawakami T, Wallberg A, Olsson A, Wintermantel D, Miranda JR de, Allsopp M, Rundlöf M, Webster 
MT. 2019. Substantial heritable variation in recombination rate on multiple scales in 
honeybees and bumblebees. 
Genetics
212:1101–1119. 
Kirkpatrick M, Ravigné V. 2002. Speciation by Natural and Sexual Selection: Models and Experiments. 
Am. Nat.
159:S22–S35. 
Kolmogorov M, Yuan J, Lin Y, Pevzner PA. 2019. Assembly of long, error-prone reads using repeat 
graphs. 
Nat. Biotechnol.
37:540–546. 
Downloaded from https://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msab086/6199435 by guest on 12 April 2021

---

31 
Lamichhaney S, Berglund J, Almén MS, Maqbool K, Grabherr M, Martinez-Barrio A, Promerová M, 
Rubin C-J, Wang C, Zamani N, et al. 2015. Evolution of Darwin’s finches and their beaks 
revealed by genome sequencing. 
Nature
518:371–375. 
Lecocq T, Dellicour S, Michez D, Lhomme P, Vanderplanck M, Valterová I, Rasplus J-Y, Rasmont P. 
2013. Scent of a break-up: phylogeography and reproductive trait divergences in the red-
tailed bumblebee (Bombus lapidarius).