Microsoft Word bombus IoD accepted mbe withfigs docx

ZF
ST
and 
d
XY
in 20 kbp steps up to 5 Mbp away from each centre for the within-species, sympatric, and 
allopatric comparisons separately.
Measuring overlap between IoDs and centromere repeats 
We measured overlap in the positions of IoDs and putative centromere repeat sequence for each 
comparison, using permutation tests in 
regioneR
as described above. Here, the positions of both IoDs 
and repeats were randomised along each pseudochromosome whilst maintaining their size and 
1,000 permutations were used to assess significance of the observed overlap. We used Z-scores to 
assess the effect size. 
Uncovering evidence for structural variants between species 
We used the program manta (Chen et al. 2016) to look for evidence of structural variants (SVs) 
between 
B. sylvicola 
and 
B. incognitus 
genomes. Manta uses mapped paired-end sequencing reads 
to discover, assemble and score large-scale SVs. In particular, we wanted to test whether there was 
evidence that the IoDs we identified could be the result of large inversions. As Manta is designed to 
run on a small set of samples, we ran it on the bam files of 12 
B. sylvicola 
and 12 
B. incognitus 
samples using default settings and then filtered the output for inversions that were fixed between 
the two species.
Data accessibility 
The 
Bombus sylvicola 
genome assembly and Illumina whole genome resequencing reads for 
B. 
sylvicola
, 
B. incognitus
, and 
B. bifarius
are available at NCBI under BioProject PRJNA646847. 
Alignments of the PEPCK locus generated from this data are available as Supplementary Information. 
COI sequences generated by this study are available at NCBI (accessions pending). All custom scripts 
used in the data analysis are available on GitHub at 
https://github.com/MattChristmas/Pyrobombus-
speciation
. 
Acknowledgments 
Downloaded from https://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msab086/6199435 by guest on 12 April 2021

---

28 
We thank Isabel Sullivan, Jacqueline Staab and Michael Osbourn who aided in specimen collection, 
identification and preservation and Lisa Danback, Kate Schleicher, Ying Thao, Anna Grobelny and 
Breana Cook who carried out phenotypic measurements. U.S. Forest Service provided access to field 
sites. We thank Baptiste Martinet for help with amplifying the COI locus. This research was funded by 
Swedish Research Council Formas grant 2016-00535 and a SciLifeLab National Biodiversity Project 
NP00046 to MTW. MK is financially supported by the Knut and Alice Wallenberg Foundation as part 
of the National Bioinformatics Infrastructure Sweden at SciLifeLab. The authors acknowledge support 
from the National Genomics Infrastructure in Stockholm and Uppsala funded by Science for Life 
Laboratory, the Knut and Alice Wallenberg Foundation and the Swedish Research Council. The 
computations and data handling were enabled by resources provided by the Swedish National 
Infrastructure for Computing (SNIC) at UPPMAX partially funded by the Swedish Research Council 
through grant agreement no. 2018-05973. 
References 
Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. 1990. Basic local alignment search tool. 
J. Mol. 
Biol.
215:403–410. 
Bayes JJ, Malik HS. 2009. Altered heterochromatin binding by a hybrid sterility protein in Drosophila 
sibling species. 
Science
326:1538–1541. 
Begun DJ, Aquadro CF. 1992. Levels of naturally occurring DNA polymorphism correlate with 
recombination rates in D. melanogaster.