Mavzu: Valent bog`lar va malekular orbitalar nazariyalar o`rtasidagi o`zaro farqlar Reja

4-rasm. Modellar olishga mo’ljallangan BuilQsar programmasi.

Mavzu: CCDC (Dambridje Crystollographic Data center)electron bazasi bilan onlayn tanishish.Mercuri dasturi imkoniyatlari bilan tanishish.


Reja:

1. 
   Kembridj kristallografik ma'lumotlar markazi haqida
   
2. 
   CCDC kristall tuzilish ma'lumotlari bazasi.
   
3. 
   Mercuri dasturi imkoniyatlari
   
4. 
   Foydalanilgan adabiyotlar
   

Kembrij kristallografik ma'lumotlar markazi kimyo va kristallografiyani jamiyat manfaati uchun rivojlantirishga bag'ishlangan. U butun dunyo boʻylab strukturaviy kimyoni hamkorlikda olib borilgan tadqiqotlar orqali va kichik molekula kristalli tuzilmalari boʻyicha dunyodagi yagona keng qamrovli, eng soʻnggi va toʻliq taʼminlangan bilimlar bazasi boʻlgan Kembrij Strukturaviy maʼlumotlar bazasini (CSD) ishlab chiqish orqali qoʻllab-quvvatlaydi.

CSD 50 yil oldin dunyodagi birinchi raqamli ma'lumotlar bazalaridan biri sifatida tashkil etilgan va hozirda 800 000 dan ortiq yozuvlarni o'z ichiga oladi. CCDC retseptorlarni modellashtirish, ligand dizayni, joylashtirish, qo'rg'oshinni optimallashtirish, formulalarni o'rganish va materiallarni tadqiq qilish uchun zamonaviy tizimli tahlil dasturlari va ekspert tadqiqot xizmatlarini taqdim etish orqali tadqiqotchilar uchun o'z qiymatini oshiradi. CSD-dagi barcha yozuvlar onlayn mavjud va butun ma'lumotlar bazasi va tegishli dasturiy ta'minot xizmatlari butun dunyo bo'ylab 1400 ga yaqin tadqiqot saytlariga, shu jumladan 80 mamlakatdagi akademik muassasalarga va dunyodagi eng yirik farmatsevtika va kimyo kompaniyalariga yetkaziladi.Kembrij universitetining kimyo bo'limida paydo bo'lgan CCDC endi Buyuk Britaniyaning mustaqil tadqiqot kengashi hisoblanadi
CCDC kristall tuzilish ma'lumotlari bo'yicha dunyodagi yagona keng qamrovli va dolzarb ma'lumotlar bazasidir. Bu butun dunyo bo'ylab olimlar tomonidan dori-darmonlarni kashf qilish, materialshunoslik, formulalarni o'rganish, strukturaviy kimyo bo'yicha tadqiqotlar va ta'lim uchun har kuni foydalaniladigan muhim manbadir.CCSD ning 800 000-chi yozuvi - bu metall organik mis konstruktsiyasi (CSD refcode: TUWMOP), Xaled Hassanein, Oscar Castillo, Carlos J. Gomes-Garcia, Féliks Zamora va Pilar Amo-Ochoa tomonidan "Kristal o'sishi va dizayni" nashrida. Ushbu tuzilma haqidagi bilimlar CSDdagi tuzilmalarning boyligi bilan birgalikda yangi materiallar dizayni haqida ma'lumot beradi va yangi kristall tuzilmalarni bashorat qilish va rentgen ma'lumotlarini tasdiqlash uchun ishlatiladi.Pilar Amo-Ochoa, Instituto de Ciencia Molecular (ICMol), Ispaniya, shunday dedi: Tuzilishi tetrakis (m-(2,4-diokso-3,4-dihidropirimidin-1(2H)-il) ekanligidan xursandmiz. )asetato)-bis(dimetil sulfoksid)-di-mis(ii) dimetilsulfoksid solvati ma'lumotlar bazasidagi 800 000-chi yozuvdir. Biz CSD dan biologik ahamiyatga ega bo'lgan ligandli mis (ii) birliklarini o'z ichiga olgan konstruktsiyalar sonini bilish uchun foydalanamiz. Eng yangi metall organik tuzilmalarga kirish va dunyo bilan baham ko'rish imkoniyatiga ega bo'lish bizning ushbu ramkalar va komplekslarni tushunishimiz uchun asosdir.
"CCDC ning ajoyib o'sishi kristallografik hamjamiyatning o'z natijalarini hamma joyda olimlarga foyda keltirishi uchun baham ko'rishga bo'lgan sodiqligidan dalolat beradi", dedi Kolin Grum, CCDC ijrochi direktori. "Birinchi kristall tuzilma to'plamidan ellik yil o'tgach, biz molekulyar konformatsiya va molekulyar o'zaro ta'sirlar o'rtasidagi ajoyib o'zaro bog'liqlik haqida ko'proq va ko'proq o'rganish orqali ushbu noyob ma'lumotlar resursidan foydalanmoqdamiz."Robin Rojers, Crystal Growth & Design muharriri qo'shimcha qildi: "Men har doim CSDning kuchi va uning ilmiy hamjamiyatga nima olib kelishining katta muxlisi bo'lganman va 1999 yilda mening shaxsiy tuzilmam 200,000 sifatida nishonlanganida juda xursand bo'ldim. CSDdagi th tuzilmasi. ACS bilan Crystal Growth & Designni tashkil etishdagi asosiy maqsadlarimdan biri CCDC bilan kuchli hamkorlikni yo'lga qo'yish edi. va men mualliflarimiz, sharhlovchilarimiz va o'quvchilarimiz o'rtasidagi uzluksiz hamkorlik va CCDC tomonidan taqdim etilgan bebaho xizmatlar uchun ishlashda davom etaman.Kembrij Strukturaviy ma'lumotlar bazasi menejeri Suzanna Uord shunday dedi: "Biz ¾ million yozuvga erishganimizdan so'ng, 800 000-chi yozuv CSD orqali baham ko'rilgani juda hayajonli.
Bu har yili ilmiy maqolalarda nashr etiladigan kristall tuzilmalarning ko'p sonini, shuningdek, CCDC orqali Xususiy aloqa sifatida baham ko'rilgan boshqa nashr qilinmagan tuzilmalarning o'sishini ko'rsatadi.CSD ning 800 000-chi yozuvini http://dx.doi.org/10.5517/cc1jj92f orqali osongina onlayn ko'rish mumkin.Ushbu maxsus tuzilma to'rtta ko'prikli urasil-1-metilkaboksilato ligandlari va apikal pozitsiyalarni egallagan ikkita dimetil sulfoksid molekulasi bo'lgan di-mis eshkakli g'ildirakdir. Ushbu dimerik ob'ektlar supramolekulyar varaqlarni ta'minlash uchun barcha urasil qoldiqlarini tayanch juftlik o'zaro ta'sirida ishtirok etishga qodir. Di-mis eshkaklari qadimgi davrlardan beri pigmentlar va fungitsidlar sifatida ishlatilgan va bugungi kunda organik sintezlarda katalizatorlar yoki oksidlovchi moddalar sifatida ishlatiladi. Antiferromagnit bog'lanishning zamonaviy nazariyalarini ishlab chiqishda oddiy mis eshkakli g'ildirak tuzilishi, ya'ni mis asetat monohidrat muhim ahamiyatga ega edi. Uratsil RNK nuklein kislotasi tarkibidagi to'rtta nukleobazaning biri bo'lib, u dastlab 1900 yilda Alberto Askoli tomonidan kashf etilgan.
Merkuriy - kristall tuzilmani vizualizatsiya qilish, tadqiq qilish va tahlil qilishdir.Mercury 3D strukturasini vizualizatsiya qilish va kristallashni o'rganish uchun keng qamrovli vositadir.Uzoq nasl-nasabi va 10 000 dan ortiq yuklab olishlari bilan Merkuriy kristallografik hamjamiyat ichida tanlov vizualizatori sifatida mustahkam o'rnashgan. 
Mercury yanada rivojlangan Mercury xususiyatlari va CSD litsenziyasi bilan mavjud bo'lgan Kembrij Strukturaviy ma'lumotlar bazasini (CSD) o'rganishga ega bepul yuklab olish sifatida mavjud. Bunday litsenziya bo'lmasa, ilg'or funksiyalar kulrang bo'ladi. Agar sizning muassasangiz CSD litsenziyasiga ega bo'lsa, Mercury nusxasini ro'yxatdan o'tkazish orqali ushbu funksiyani olishingiz mumkin. Sizning muassasangizda CSD litsenziyasi bor yoki yo'qligini tekshirish yoki CSD litsenziyasini qanday olish haqida ma'lumot olish uchun biz bilan bog'laning . Ushbu ilg'or xususiyatlar haqida ko'proq ma'lumotni CSD-Core Mercury sahifamizda topishingiz mumkin
Mercury-ning ushbu versiyasi displey sozlamalarini sozlash uchun juda ko'p imkoniyatlarga ega va nashr sifatidagi tasvirlarni yaratish uchun keng qo'llaniladi. Uslublar menejeri ish, nashr va taqdimot uchun bir qator oldindan belgilangan displey uslublarini o'z ichiga oladi, shuningdek, o'zingizning shaxsiy displey sozlamalaringizni saqlash va almashish imkoniyatini beradi. Mercury yordamida yaratilgan ajoyib 3D tasvirlarni turli umumiy formatlarda eksport qilish mumkin. Bundan tashqari, POV-Ray yordamida yuqori sifatli nurli kuzatuvli tasvirlarni berish mumkin.
Merkuriy tizimli ma'lumotlarni turli formatlardan yuklay oladi va kristall tuzilmalarni tekshirish va tahlil qilishda yordam beradigan keng imkoniyatlarni taqdim etadi. Istalgan yo'nalishda har qanday miqdordagi birlik kataklarining qadoqlash diagrammalarini yarating, eng kichik kvadratlar va Miller tekisliklarini aniqlang va tasavvur qiling va kristall orqali istalgan yo'nalishda bo'lak oling. Simulyatsiya qilingan diffraktsiya naqshlari ko'rsatilgan har qanday kristall struktura uchun hisoblanishi mumkin. 
Merkuriyning o'ziga xos va asosiy xususiyati vodorod aloqalarini, qisqa bog'lanmagan kontaktlarni va foydalanuvchi tomonidan belgilangan turdagi kontaktlarni, masalan, 2-4Å diapazonidagi xlor... kislorod kontaktlarini aniqlash va ko'rsatish qobiliyatidir. Molekulyar aloqalar tarmoqlarini qurish va o'rganish orqali siz kristall qadoqlashni boshqaradigan asosiy o'zaro ta'sirlar haqida tushunchaga ega bo'lasiz.


Foydalanilgan manbalar

1. 
   https://www.cambridgenetwork.co.uk/node/506478#:~:text=The%20CSD%20is,cam.ac.uk
   
2. 
   https://www.ccdc.cam.ac.uk/Community/csd-community/freemercury/
   
3. 
   https://www.ccdc.cam.ac.uk/mercury/
   
4. 
   http://library.mephi.ru/934/936/fulltext/1151/1209