|
2. Ishchi kitobini saqlash:
a) Uskunalar panelidagi tugma yordamida yoki
b) CTRLҚS tugmalar birgalikda bosiladi.
Agar kitob saqlanmagan bo`lsa, "Kabi saqlash" dialog menyusi chiqadi. Fayl nomi maydoniga ishchi kitobingiz nomini kiriting yoki dasturda tavsiya etilganini qoldiring. OK tugmasini bosing. Agar kitob oldin saqlangan bo`lsa, dialog oynasi chiqmaydi.
Boshqa nom bilan saqlash uchun CTRLҚS ni bosish, fayl nomini yozish va OK ni bosish kerak.
Ishchi kitobni yozish - Fayl menyusidan Yopish buyrug`i (CTRLҚF4). Agar bir necha ishchi kitob ochilgan bo`lsa, u holda Fayl menyusida Hammasini yopish buyrug`i bosiladi. Ishchi kitob varaqlardan iboratdir.
Mavzu: BuildQSAR dasturida struktura – xossa /bioligik faollik modellarini olish.
Reja:
Kirish.
BuildQSAR dasturi haqida.
BuildQSAR ishlash prinsplari.
Biologik faollik modellarini olish.
Kirish
Kompyuter kimyosi - kimyoning informatsion texnologiyalarsiz
tasavvur qilish qiyin bo’lgan sohasi bo’lib, zamonaviy kimyoning
ajralmas qismidir. Ushbu fan kvant-kimyoviy hisoblashlar bilan
cheklanib qolmasdan o’z ichiga empirik usullarda birikmalarning turli xil fizik-kimyoviy xarakteristikalar hisobi, moddalar reaktsion
qobiliyatini baholash va biologik faolliklarini ifodalovchi matematik modellar tuzish, hamda dinamik jarayonlarni modellash kabi izlanishlarni qamrab olmoqda. Dunyo olimlari tomonidan turli xil kimyoviy, spectral va boshqa muammolar modellashtirish dasturlari yordamida yechilmoqda. Mazkur muammolarni hal qilishdazamonaviy DFT usullarini o’z ichiga Firefly/GAMESS, Hyperchem kabi dasturlar keng qo’llanilmoqda.
Ushbu o’quv qo’llanma 5110300 “Kimyo o’qitish metodikasi”
va 5140500 “Kimyo” bakalavriatura ta’lim yo’nalishi talabalari uchun kiritilgan “Kompyuter kimyo” hamda “Kimyoda kompyuter
modellashtirish” fanlari o’quv dasturlari asosida tayyorlandi. O’quv qo’llanma talabalarda sohaga oid bilim olishiga va kompyuter dasturlaridan foydalangan holda o’quv va ilmiy izlanishlar jarayonlarida yuzaga keladigan muammolarga mustaqil ravishda yechim topa olish ko’nikmalarini shakllantirishga qaratilgan. Korvin Xansh tomonidan asos solingan QSAR sohasi kompyuter kimyoda birikmalarning tuzilish formulalari asosida yangi parametrlarning aniqlanishiga va ularning biologik faolligini bashorat qilishda qo’llanilishiga olib keldi va yangi tipdagi hisoblash majmualarining hamda In Silico sohasining yaratilishiga sabab bo’ldi. Bugungi kunda informatsion texnologiyalar rivojlanishi bilan kimyoda qo’llaniladigan hisoblash usullari hamda majmualari sifat va miqdor jihatdan jadal rivojlanmoqda. Informatsion texnologiyalar rivojlanishi tarixiga bog’liq holda yaqin o’tmishga nazar solsak, 1960-1970 yillarda bitta hisoblash usuli bitta majmuani tashkil qilgan. IBM370/195, CDC7600 va UNIVAC1110 kompyuterlari sekundiga 500 ming - 2 million (o’rtacha 105) operatsiya bajargan. Ushbu kompyuterlarda bitta hisoblash usulida berilgan geometriya optimizatsiya qilinmasdan (Inglizchada: Single point calculations) hisoblashlar bajarilgan, jumladan birikmaning umumiy energiyasi, dipol momenti, atomlardagi zaryad taqsimotlari, orbital energiyalari va shu kabi kattaliklar aniqlangan. Lekin geometriya optimallashtirilganidan keyingi hisoblangan xarakteristikalar oldingi hisoblangan xarakteristikalardan farq qilishi mumkin .
Chet el statistik ma’lumotlarida keltirilicha bitta dorini
amaliyotga tadbiq qilish uchun uning dastlabki sintez qilingan yoki
o’simliklardan ajratib olingan vaqtidan hisoblaganda 5 yildan 16
yilgacha vaqt va 100 mln. dollar mablag’ sarf bo’larkan. Harajatlarni kamaytirish uchun 1000-ta birikmaning farmakologiyasini o’rganish o’rniga ularning ichidagi faol bo’lishi mumkin bo’lgan bir nechta birikmalarni o’rganish harajatlarni keskin kamaytiradi. Birikmalarning tuzilish formulalari asosida ularning biologik faolliklarini bashorat qilish, struktura-biologik faollik bog’liqliklarini o’rganish talab qilinardi. Bu sohadagi birinchi ishni, bugungi kunda “QSAR otasi” nomini olgan Korvin Hansh 1971 yilda amalga oshirgan. U biologic faollik va LogP orasida miqdoriy bog’liqlik mavjudligini aniqlagan. LogP birikmalarning xujayra membranasidagi lipid qo’shqatlamidan o’tishini ifodalovchi kattalik bo’lib, taqsimlanish koeffisienti deyiladi. LogP QSAR sohasida qo’llanilgan 1-chi deskriptor bo’ldi. Deskriptor – organik birikmalar tuzilishining o’ziga xos
hususiyatini ifodalovchi parameter. Birikma tuzilish formulasi asosida hisoblanadigan xar qanday son deskriptor bo’lishi mumkin. Masalan,molekulyar massa, atom zaryadlari, dipol moment va boshqalar.
Do'stlaringiz bilan baham: |
