Маъруза мавзуси 10-мавзу. Секвенирлаш – днкнинг бирламчи нуклеотидлар кетма-кетлигини аниқлаш. Нуклеотидлар кетма-кетлиги асосида организмларни идентификация қилиш

Назорат саволлари:

1. 
   Сэнжер усули асосидаги секвенирлашда қандай принцип ётади?
   
2. 
   Секвенирлаш ўтказишда занжирнинг узишда қандай компонентлар керак?
   
3. 
   ПЗР-амплификацияси ассиметрик реакциясида фрагментларни тозалашни тушунтиринг?
   
4. 
   Blastn программаси ёрдамида кўплаб тўғрилашлар қандай ўтказилади?
   
5. 
   BLAST ёрдамида бирламчи нуклеотидлар кетма-кетлигини қандай таҳлил қилинади?
   
6. 
   BLAST билаш ишлашни принципларини кўрсатинг?
   

Асосий адабиётлар
Sambrook, J. Molecular cloning: A laboratory manual. 2^nd ed / J. Sambrook, E.F. Fritsch, T. Maniatis. - Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. - 1626 p.


Қўшимча адабиётлар

1. 
   Altschul S.F. Basic Local Alignment Search Tool / S.F. Altschul, W. Gish, W. Miller, E.W. Myers, D.J. Lipman // J Mol Biol. - 1990. - V.215. - P.403-410.
   
2. 
   Altschul S.F. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs / S.F.Altschul, T.L. Madden, A.A. Schaffer, J. Zhang, Z. Zhang, W. Miller, D.J. Lipman // Nucleic Acids Res. - 1997. - V.25. -3389-3402.
   
3. 
   Alphey, L. DNA sequencing from experimental methods to bioinformatics / L. Alphey. - Berlin etc.: BIOS sci. publ., 1997. - 224 p.
   
4. 
   Inoue, H. Enhanced separation of DNA sequencing products by capillary electrophoresis using a stepwise of electric field strength / H. Inoue, M. Tsunako, Y. Baba // Chromotogr. - 1998. - V.802. - P.179-184.
   
5. 
   Lario, A. Automated laser-induced fluorescence DNA sequencing / A. Lario, A. Gonzplez, G. Dorado // Anal. Biochem. - 1997. - V.247. - P.30-33.
   
6. 
   Watts, D. Automated fluorescent DNA sequencing on the ABI PRISM 310 Genetic Analyzer / D. Watts, J.R. MacBeath // Methods Mol. Biol. - 2001. - V.167. - P.153-170.