Laboratoriya mashg’ulot №1 Mavzu: Zamonaviy bioinformatsion ma’lumotlar bazalari haqidagi ma’lumotlar bilan tanishish. Bibliografik ma’lumotlar bazalari. Matnli ma’lumotlarni olish instrumentlari. Ishning maqsadi
Laboratoriya mashg’ulot № 1 Mavzu: Zamonaviy bioinformatsion ma’lumotlar bazalari haqidagi ma’lumotlar bilan tanishish. Bibliografik ma’lumotlar bazalari. Matnli ma’lumotlarni olish instrumentlari.
Ishning maqsadi: Talabalarni internetdagi eng muhim bioinformatsion ma’lumotlar bazasi GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/index.html), gen va genom ma'lumotlar bazasi va Protein ma'lumotlari banki (PDB), (http://www.rcsb.org/pdb/) - biologik makromolekulalar tuzilmalari ma'lumotlar bazasi bilan tanishtirishdir.
Kerakli jihozlar va materiallar:kompyuter, internet tarmog’i, bioinformatsion ma’lumotlar bazalari.
Nazariy tushuncha: Biologik ma’lumotlar bazalari – ilmiy tajribalar, nashr etilgan adabiyotlar, tadqiqot texnologiyasi va hisoblash ishlari natijasida to’plangan bilimlardan saralangan hayot haqidagi fanga tegishli bo’lgan ma’lumotlar kutubxonasidir. Ma’lumotlar bazasining tarkibiga genlar ketma –ketligi, matnli tavsiflar va jadvalli ma’lumotlar kiradi. Biologik ma’lumotlar bazasi olimlarga biomolekulalarning strukturasi va o’zaro ta’siri, butun organizm darajasida ro’y beruvchi metabolizmlar, turlarning rivojlanishini anglashga ko’maklashuvchi vosita bo’lib hisoblanadi. Bunday ma’lumotlarga ega bo’lish kasalliklarga qarshi kurashishni osonlashtiradi, effektiv dori vositalarini ishlab chiqishga ko’maklashadi hamda hayotning tarixiy taraqqiyotida organizmlar o’rtasidagi o’zaro munosabatlarni aniqlashga yordam beradi.
GenBank— nuklein kislota ketma –ketliklarining kompyuter fayllari ko’rinishida saqlanishi. GenBank’ning hajmi: 1982: 680 338 harf 606 ketma –ketlik ichida, 1992: 101 008 486 harf 78 608 ketma –ketlik ichida, 2002: 28 507 990 166 harf 22 318 883 ketma –ketlik ichida, 2004: 44 575 745 176 harf 40 604 319 ketma –ketlik ichida, 2005: 56 037 734 462 harf 52 016 762 ketma –ketlik ichida (o’rtacha ~165 000 organizmga tegishli)
Ishni bajarish tartibi: National Center for Biotechnology Information- Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/about/ Molekulyar biologiya ma'lumotlarining milliy manbai sifatida NCBI missiyasi sog'liqni saqlash va kasalliklarni boshqaruvchi asosiy molekulyar va genetik jarayonlarni tushunishda yordam beradigan yangi axborot texnologiyalarini ishlab chiqishdan iborat. Aniqrog'i, NCBIga molekulyar biologiya, biokimyo va genetika haqidagi bilimlarni saqlash va tahlil qilish uchun avtomatlashtirilgan tizimlar yaratish vazifasi yuklatilgan.
1.2-rasm. GenBank ma’lumotlar bazasining ishchi oynasi OMIM-http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim
Mutatsiyalar haqidagi ma’lumotlar bilan ma’lumotlar bazasidagi OMIM va OMIA dasturlari orqali tanishish mumkin. Bu mutatsiyalar Mendel qonunlariga muvofiq hayvonlar va odamlarda kuzatilgan.
1.3-rasm. OMIM ma’lumotlar bazasining ishchi oynasi Bioinformatik ma’lumotlar bazalari Eugenes ma’lumotlar bazasi eukariot organizmlar geni va genom ma’lumotlariga doir axborotlarni o’zida saqlovchi ma’lumotlar bazasi.
Swiss-Prot-oqsillarning aminokislota ketma-ketliklarini saqlovchi baza.
KEGG-metabolizim haqida ma’lumotlarni saqlovchi baza.
FlyBase-drosofila haqidagi ma’lumotlarni saqlovchi baza.
COG-ortologik genlar haqidagi ma’lumotlarni saqlovchi baza.
COP-oqsillarning strukturaviy klassifikatsiyasi haqidagi ma’lumotlarni saqlovchi baza.
PFAM-oqsil oilalari bo’yicha ma’lumotlar banki.
GO-genlar klassifikatsiyasi haqidagi ma’lumotlarni saqlovchi baza.
ProDom-oqsil domenlari haqidagi ma’lumotlarni saqlovchi baza.
AsMamDB-sutemizuvchilardagi alternativ splaysing
NCBI Entrez- Nukleotid yoki aminokislotalar ketma-ketliklari haqidagi ma’lumotlarga kirish.
Ecocyc- E.coli haqidagi genlar saqlovchi ma’lumotlar bazasi.
PSD (Protein Sequence Database) – oqsil ketma – ketliklari annotatsiyasi va klassifikatsiyasi bo’yicha ma’lumotlar bazasi. http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textpsd.shtml
Topshiriqlar: 1. Zamonaviy bioinformatsion ma’lumotlar bazalari haqida ma’lumot bering
2.OMIM va OMIA dasturlarining ahamiyati
3.NCBI ma’lumotlar bazasi haqida tushuncha bering
4. Drozofila haqidagi ma’lumotlarni saqlovchi ma’lumotlar bazasi haqida tushuncha bering
5. PubMed ma’lumotlar bazasining ahamiyati
Nazorat shakli: Zamonaviy bioinformatsion ma’lumotlar bazalari haqida hisobot yozish.
Tavsiya etiladigan adabiyotlar: Леск А. Введение в Биоинформатику. М., БИНОМ, 2015
Астахонов Т.В. Сравнительньш анализ информационньгх биополимеров. Компьютерьг и суперкомпьютеры в биологии. М. Ижевск: Институт компьютерньш исследований. 2002.
Горбань А.Н. Нейроинформатика. Новосибирск: Наука 1998.
Каменская Г.И. Биоинформатика. Москва, 2008
Нейрокомпьютерм и их применение//Галушкин А. И.//М.: ИПРЖР//2000.
Internet manzillari: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/about/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/GenBank/GenbankOver
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim
