Kurs ishi mavzu: genom bazalari

Xamirturush genomlari.
Saccharomyces cerevisiae yoki novvoy xamirturush biologik tadqiqot uchun ideal eukaryotik mikroorganizmdir. Xamirturushlarni ko'paytirish oson va ularning genomlarini boshqarish oson. Bu odamlar kabi boshqa eukariotlar bilan solishtirish mumkin bo'lgan gen tuzilishi va funktsiyasining informatsion modelini yaratishga imkon beradi. S. cerevisiae genomining 16 ta xromosomalarining (13 Mb) toʻliq ketma-ketligi 1996 yilda Yevropa, AQSH, Kanada va Yaponiyaning 100 dan ortiq laboratoriyalari tomonidan yakunlangan. S. cerevisiae, shuningdek, Schizosaccharomyces pombe (uchta xromosoma ichida 14 Mb mavjud) odamlar va boshqa yuqori eukaryotik organizmlar biologiyasini tushunish uchun havolalar sifatida juda muhimdir. Saccharomyces Genom ma'lumotlar bazasi (SGD) xaritalash va ketma-ketlik ma'lumotlarini, shuningdek, oqsillar va ularning funktsiyalarini har tomonlama tahlil qilishni ta'minlaydi. Bundan tashqari, xamirturush genlari reestri va ba'zi xromosomalarga nukleotidlar ketma-ketligi o'zgarishi jadvallarini yuklab olish uchun fayl uzatish protokoli (FTP) saytiga havolalar mavjud. Ushbu jadvallar SGD tomonidan ifodalangan tizimli nukleotidlar ketma-ketligiga kiritilgan o'zgarishlarning qisqacha mazmunini, bu o'zgarishlarning manbasini va gen nomi o'zgarishlarini tushuntiruvchi jadvalga havolani o'z ichiga oladi.





Sutemizuvchilar genomlari.
Ko'pgina umurtqali hayvonlar biologik jarayonlar uchun modellarni ishlab chiqishda foydalidir. Sichqonlar odamlardagi kabi biologik jarayonlarni modellashtirish uchun eng muhim organizm sifatida ko'rib chiqilgan. Shu maqsadda 1991 yildan buyon sichqon genomini saqlash va navigatsiya qilish uchun bir nechta ma'lumotlar bazalari yaratilgan. AQShning Meyn shtatidagi Bar-Harbor shahridagi Jekson laboratoriyasidagi kabi muassasalar ko'plab normal, mutant va transgen sichqon va kalamush turlarini o'z ichiga olgan loyihalar uchun butun dunyo bo'ylab resurslarni taqdim etadi. Ushbu ob'ektdagi genom ma'lumotlar bazasi guruhlari tomonidan ishlab chiqilgan informatik vositalar ketma-ketlik va gen ekspressiyasini tahlil qilish va boshqa tegishli biologik va kompyuter ma'lumotlari bilan integratsiyalashuv uchun mos keladigan yuqori sifatli ma'lumotlarni olish, saqlash va boshqarish uchun foydalaniladigan ma'lumotlar bazalariga kirish imkonini beradi.

1994 yilda Ark DataBase (ArkDB) deb nomlangan genom xaritalash ma'lumotlar bazasi turli xil qishloq xo'jaligi chorva mollari bilan bog'lanish uchun moslashtirildi va ishlab chiqildi. Bu turlarga cho'chqa, tovuq, qo'y, qoramol va ot kiradi. Ma'lumotlar bazasi ma'lum bir tur uchun barcha genom ma'lumotlarini markaziy manbada birlashtiradi. To'liq ma'lumotlar izi mavjud bo'lib, dastlabki xaritalardagi ma'lumotlarni, tajribalar orqali asl qog'ozlarga va birlamchi ma'lumotlarga qaytarish imkonini beradi.