Kurs ishi mavzu: dnk va rnk nukleotidlar ketma-ketliklari ma`lumot bazalari

Biologik annotasyon va kuratsiya.
To'g'ridan-to'g'ri alohida tadqiqotchilar tomonidan taqdim etilgan va ilmiy adabiyotlarda muhokama qilingan individual ketma-ketliklarni ehtiyotkorlik bilan davolashning ahamiyati aniq. Bunday ketma-ketliklar ko'pincha xususiyatlar va funktsiyalarni yoritib beruvchi eksperimental tadqiqotlar mavzusi bo'lib kelgan, genom loyihasini taqdim etish ko'p hollarda "faqat" genlarni bashorat qilish dasturlariga asoslangan dastlabki gen izohlarini o'z ichiga oladi. GENBANK yozuvlaridagi eng muhim xususiyatlardan biri bu protein kodlash ketma-ketligi (CDS). GENBANK yozuvlaridagi barcha CDS funksiyalari tarjima qilinadi va keyinchalik TrGENBANK va SWISS-PROT proteinlar ketma-ketligi maʼlumotlar bazalariga qoʻshiladi. Bundan tashqari, GENBANK yozuvlaridagi kodlash hududlari oqsil ma'lumotlar bazalariga o'zaro havola qilinadi (/db_xref kvalifikatsiyasi orqali) va tegishli GENBANK yozuvlari boshqa maxsus ma'lumotlar bazalari (masalan, turlarga xos ma'lumotlar bazalari) bilan bog'langan. Ushbu o'zaro havolalar boshqa maxsus ma'lumotlar bazalarida to'g'riroq saqlanadigan kirishga tegishli qo'shimcha ma'lumotlarga kirish imkonini beradi.
Ma'lumotlar bazasining joriy siyosati ketma-ketlik izohi berilmagan yuborishlarni rad etishdan iborat, agar ular EST yoki tugallanmagan HTGlarni tavsiflamasa. Webin ham, Sequin ham ketma-ketlik izohlarini qo'shishga imkon beradi - har qanday miqdordagi tegishli xususiyatlar mos keladigan xususiyatlar shakllari orqali ketma-ketlik xususiyatlari jadvaliga osongina qo'shilishi mumkin. Biologik kuratorlar guruhi yangi taqdim etilgan ma'lumotlarni ko'rib chiqadi va tekshiradi, barcha majburiy ma'lumotlar taqdim etilganligini, biologik xususiyatlarning etarli darajada tavsiflanganligini va har qanday kodlash mintaqalarining kontseptual tarjimalari genetik tarjima qoidalariga rioya qilishini ta'minlaydi.
Yuboruvchilarga ketma-ketliklarini izohlashda yordam berish uchun foydalanish qo'llanmalari GENBANK-EBI World Wide Web saytida va Webin ichida mavjud.
WebFeat. Xususiyatlar jadvali kaliti va kvalifikatsiya ta'riflarining to'liq ro'yxati, ulardan foydalanishning to'liq tushuntirishlari.
GENBANK izohiga misollar. Ayrim umumiy biologik ketma-ketliklar (masalan, ribosoma RNK, mitoxondrial genom) uchun GENBANK tomonidan tasdiqlangan xususiyatlar jadvali izohlari tanlovi.
DE liniyasi standartlari. Taqdim etish uchun mos tavsiflarni yaratish bo'yicha ko'rsatmalar va ma'lumotlar bazasi konventsiyalari.