Kurs ishi mavzu: dnk va rnk nukleotidlar ketma-ketliklari ma`lumot bazalari

2-jadval. GENBANK ma'lumotlar bazasini taqdim etish mexanizmlarining qisqacha mazmuni



3-rasm. Yevropa bioinformatika instituti (EBI) xizmatlari WWW bosh sahifasi.
Internet
EBI WWW serveri molekulyar biologiya axborot resurslarining keng doirasiga eng ilg'or tarmoq kirishini ta'minlaydi. EBI molekulyar biologiya arxivlariga qo'shimcha ravishda, FastA va BLITZ ketma-ketligi o'xshashligini qidirish, ma'lumotlar bazasi so'rovi/qidiruv va oqsil tuzilishini bashorat qilish xizmatlari taklif etiladi. URL orqali EBI WWW serveriga ulaning: http://www.ebi.ac.uk .

4-rasm. EBI ketma-ketligini qidirish tizimi (SRS).


Tarmoq fayl serveri
EBI Network fayl serveri elektron pochta (elektron pochta) orqali ma'lumotlar bazalarining to'liq to'plamiga, jamoat mulki dasturiy ta'minotiga va EBI tomonidan yuritiladigan hujjatlarga kirish imkonini beradi. Elementlar fayl server manziliga elektron pochta xabarida buyruq yuborish orqali serverdan olinadi. Fayl-serverdan foydalanish bo'yicha batafsil ko'rsatmalar va joriy ro'yxatni Internet-manzilga [e-mail] manziliga xabar matnida HELP so'zi bilan xabar yuborish orqali olish mumkin. Ko'rsatmalarning to'liq to'plami avtomatik ravishda qaytariladi.
FTP server
EBI anonim fayl uzatish protokoli (FTP) serveri EBI molekulyar biologiya arxivlari kataloglari boʻylab navigatsiya qilish va fayllarni qidirish imkonini beradi. Ko'pgina kataloglarda yo'nalishni aniqlashda yordam beradigan "README" fayllari mavjud. Foydalanuvchilar ftp.ebi.ac.uk manzilidagi anonim FTP serveriga "anonim" foydalanuvchi nomi va parol sifatida o'zlarining elektron pochta manzillaridan foydalanishlari kerak.

3-jadval. GENBANK nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasining har kuni yangilanadigan nusxalarini saqlaydigan saytlar


Ketma-ket qidiruv obyektlari
EBI tashqi foydalanuvchilarga o'z ketma-ketliklarini GENBANK Nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi va SWISS-PROTdagi eng mavjud ma'lumotlar bilan solishtirish imkonini beruvchi bir qator xizmatlarni taqdim etadi. BLITZ Kollinz va Sturrokning (Edinburg universiteti) MPsrch dasturiga asoslangan bo'lib , u proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalarini nozik qidirish uchun taniqli Smit va Uoterman. U EBIda MasPar massiv-parallel kompyuterida amalga oshiriladi. Batafsil ko'rsatmalarni [e-mail] manziliga xabar matnida HELP so'zi bilan elektron pochta xabarini yuborish orqali olish mumkin. Mail-FastA Pearsonning FastA dasturiga asoslangan. U nukleotidlar yoki aminokislotalar ketma-ketligini ma'lumotlar bazasiga nisbatan sezgir taqqoslashni amalga oshiradi. Qo'shimcha ma'lumotni [e-mail] manziliga xatning matn qismida HELP so'zi bilan xat yuborish orqali olish mumkin.