Kompyuter modellashtirish fanidan yakuniy nazorat savollari

Kompyuter modellashtirish fanidan yakuniy nazorat savollari.

1. 
   Oqsil va proteinlar 3D tuzilishlarini aniqlashda qo‘llanilayotgan fizikaviy tadqiqot usullari.
   

2. 
   Kimyoda komyuter modellashtirishda Hisoblashlarning empirik usullari
   

3. 
   MM hisoblash usullarining turlari
   

M + . U shbu kuch maydoni H yperChem dasturida molekulyar m exanika kuch m aydonining asosi hisoblanadi. Uning prototipi Chem 3D dasturidagi kabi Elindjerning M M 2 kuch maydonidir. H yperC hem dasturining. mualliflari potensiai funksiya ko‘rinishini aniqlab va yangi atom lar tiplari uchun parametrlarni qo‘shib, uni jiddiy modiflkatsiyalashdi. Parametrlarning m a’iumotlar bazasi tahrirlash uchun ochiq, Chunks foydalanuvchl param etrlaming qiymatlariga aniqlik kiritishi va ularni m a’ium otlar bazasiga kiritish! mumkin. Valent burchakiaxi cho‘zilishining potensial energiyasi uchun M M + da uchinchi darajaii hadiargacha bo‘lingan ifodalash ishlatiladi: £«,=71.94 X Ks((r-r,f+CS(r-r„Ÿ. ™ b o g ‘lar ^ * Bu esa molekula modeli geometriyasini maqbuliashtirish uchun yetarli. Faqat amaliyotning ko‘rsatishicha yuqori temperaturalarda m olekulyar dinam ik m odellashda uchinchi darajali hadning nogarm oniklik tuzatgichi sifatida qo‘üaniIishi yetarli emas. Chem3D dasturida valent boglanishiar deformatsiyasi energiyasini hisoblash uchun ishlatiladigan (7) ifoda moiekulyar-dinamik modellashda barqaror natijalarni beradi. V aient burchaklar deform atsiyasi energiyasini hisoblash Chem3D dasturidagi (19 formula) kabi oltinclii tartibh tuzatish aniqligigacha hisoblaydi. Egilish-qayrilish tuzatgichi va ichki ayianish energiyasini hisobiash usuHarida ahamiyatli farq yo‘q. .M.M+ kuchlanish maydonida elekirostatik o‘zaro ta’sirlarni hisoblash uchun (25) formuladagi zaryad-zaryad o‘zaro îa’siri hisobga olir^masdan, balki bogiam ing dipol momentlariga asoslangan yondoshuv ishlatiladi. Van-der-Vaals o‘zaro ta’siri energiyasini hisoblashda Chem3D dasturidagi kabi «6-exp» potensiali ishlatiladi.